PDB-6e3z: Structure of Bace-1 in complex with Ligand 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e3z

タイトル

Structure of Bace-1 in complex with Ligand 8

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / bace protease / hydrolase / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Shaffer, P.L.

引用

ジャーナル: Acs Symp.Ser. / 年: 2020
タイトル: Discovery and Chemical Development of JNJ-50138803, a Clinical Candidate BACE1 Inhibitor
著者: Gijsen, H.J.M. / Lin, J. / Houpis, Y.

履歴

登録	2018年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e3z.cif.gz	478.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e3z.ent.gz	406.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e3z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6e3z_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6e3z_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6e3z_validation.xml.gz	49.7 KB	表示
CIF形式データ	6e3z_validation.cif.gz	72.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/6e3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/6e3z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3nsh-1 4i0i-1 3l5b-2 4xeo-2 3hvg-3 4lxm-2 4frs-1 3rth-d 5qcp-3 3h0b-1 4fsl-1 2zjj-d 3tpl-3 4j17-d 6c2i-d 3h0b-3 4ke0-2 5qd0-1 3s7l-d 2wjo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

146 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	232.178, 100.500, 63.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.220, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-629- HOH
2	1	A-692- HOH

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 48111.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-HRV / N-{3-[(2R,3R)-5-amino-3-methyl-2-(trifluoromethyl)-3,6-dihydro-2H-1,4-oxazin-3-yl]-4-fluorophenyl}-3,5-dichloropyridine-2-carboxamide 分子量: 465.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄Cl₂F₄N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.25 / 詳細: 17% PEG-4000, 0.1 M MES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99986 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→49.451 Å / Num. obs: 104486 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.13 % / B_iso Wilson estimate: 33.42 Å² / R_merge F obs: 0.096 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.067 / Net I/σ(I): 18.16 / Num. measured all: 431560 / Scaling rejects: 204

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.94-2.14	4.193	0.405	3.7	26382	0.463	98.3
2.14-2.46	4.13	0.176	7.92	26452	0.202	99
2.46-3	4.201	0.071	17.14	23040	0.081	99
3-3.8	4.081	0.033	32.62	14467	0.037	99
3.8-4.88	3.818	0.024	42.98	7402	0.028	98.5
4.88-7.12	4.152	0.018	57.31	4549	0.021	99.4
7.12-11.39	3.866	0.016	63.79	1647	0.019	99.2
11.39-49.451	4.296	0.015	72.64	547	0.017	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13.2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→49.451 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	860	0.82 %
R_work	0.179	-	-
obs	0.1793	104468	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.43 Å² / B_iso mean: 47.1521 Å² / B_iso min: 22.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.94→49.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8877	0	120	820	9817
B_iso mean	-	-	50.1	48.96	-
残基数	-	-	-	-	1130

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.94-2.0616	0.3485	141	0.2781	17034	17175	98
2.0616-2.2208	0.2587	143	0.2308	17244	17387	99
2.2208-2.4442	0.2779	143	0.2109	17225	17368	99
2.4442-2.7979	0.2198	143	0.1945	17308	17451	99
2.7979-3.5249	0.2225	144	0.1771	17291	17435	99
3.5249-49.4669	0.1655	146	0.1492	17506	17652	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4404	0.3199	0.986	1.2317	0.0644	1.318	-0.0843	0.399	0.3606	-0.0813	0.0336	0.0719	-0.0127	0.0435	0.033	0.2647	-0.051	0.0123	0.2625	0.0188	0.2059	-43.8154	-55.2363	12.8568
2	4.051	0.8201	1.4631	1.6928	0.4482	1.479	0.0879	-0.4203	0.2151	0.158	-0.0759	0.0127	0.0901	-0.233	-0.0145	0.253	-0.0282	0.0265	0.2456	-0.001	0.2113	-31.5408	-54.0506	28.9507
3	3.9688	0.2256	0.5525	2.2133	0.1768	2.119	-0.103	0.3342	1.0587	-0.0982	-0.0599	-0.0436	-0.3714	0.0026	0.1403	0.2625	-0.0079	-0.0657	0.2792	0.0632	0.5238	-17.861	-38.892	23.9335
4	3.499	0.96	0.8775	2.6925	-0.4806	1.9039	0.0083	-0.367	0.2485	0.3342	-0.0084	0.0465	-0.0555	-0.1411	-0.0155	0.2631	-0.0028	-0.0159	0.2708	-0.0189	0.2527	-22.8134	-51.4824	30.9374
5	1.2407	0.8785	0.1357	2.8599	0.5897	2.7738	-0.1541	0.4677	-0.0411	-0.8844	0.4667	-0.7943	-0.2648	0.4216	-0.3115	0.4936	-0.1005	0.2223	0.4794	-0.127	0.6176	-16.9912	-83.4702	-0.5374
6	1.3027	-0.2569	-0.3302	2.8415	1.1118	1.7306	-0.1672	0.2251	-0.3137	-0.2796	0.5957	-1.5193	-0.0232	0.617	-0.3668	0.3839	-0.0493	0.095	0.4727	-0.2411	0.8737	-11.462	-78.8392	10.0806
7	1.1775	1.0362	0.7042	4.8009	1.7146	1.2528	0.0358	-0.0246	0.0691	0.0253	-0.0252	-0.108	-0.0096	0.0763	-0.0029	0.2707	0.0312	0.043	0.3039	-0.0632	0.2893	-29.1117	-93.6016	5.9414
8	1.1373	0.7319	0.2048	3.1787	0.8617	2.2788	0.141	0.0458	-0.3378	0.2303	0.1937	-0.7348	0.3494	0.4837	-0.2075	0.344	0.102	-0.049	0.3765	-0.1473	0.5286	-21.8177	-112.212	1.0929
9	1.7992	0.502	1.6141	3.2566	0.5289	1.6322	0.0292	0.039	-0.117	-0.0324	0.1074	-0.3094	0.1101	0.1258	-0.0656	0.2715	0.0246	0.0558	0.2895	-0.0942	0.3028	-28.9888	-102.4872	1.0197
10	0.6491	-0.317	-0.3267	0.7937	0.9148	1.3602	0.556	0.6545	-0.9033	-0.5232	-0.2421	0.8002	0.6285	-0.0666	-0.069	0.8428	0.2409	-0.4484	0.6504	-0.3523	0.8319	-73.5819	-37.6385	32.1036
11	2.5339	-0.7067	0.8227	2.4078	0.4649	1.8837	0.4287	0.6469	-0.3441	-0.3102	-0.1989	-0.1421	0.2901	0.2656	-0.1948	0.3839	0.1775	-0.0122	0.4213	-0.1222	0.2883	-54.8126	-26.8902	43.2953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 116 )	A	-4 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 233 )	A	117 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 322 )	A	234 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 323 through 385 )	A	323 - 385
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -3 through 41 )	B	-3 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 116 )	B	42 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 117 through 233 )	B	117 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 234 through 309 )	B	234 - 309
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 317 through 385 )	B	317 - 385
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -6 through 106 )	C	-6 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 107 through 385 )	C	107 - 385

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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