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万見
- PDB-6e36: The structure of the variable domain of Streptococcus intermedius... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+36
タイトルThe structure of the variable domain of Streptococcus intermedius antigen I/II (Pas)
要素Probable cell-surface antigen I/II
キーワードCELL ADHESION / Lectin-like Variable Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Major cell-surface adhesin PAc / Major cell-surface adhesin PAc / Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C ...Major cell-surface adhesin PAc / Major cell-surface adhesin PAc / Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable cell-surface antigen I/II
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus intermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schormann, N. / Deivanayagam, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI105038 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2021
タイトル: Structure-Function Characterization of Streptococcus intermedius Surface Antigen Pas.
著者: Mieher, J.L. / Schormann, N. / Wu, R. / Patel, M. / Purushotham, S. / Wu, H. / Scoffield, J. / Deivanayagam, C.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cell-surface antigen I/II
B: Probable cell-surface antigen I/II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6334
ポリマ－92,5852
非ポリマー492
水7,404411
1
A: Probable cell-surface antigen I/II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3172
ポリマ－46,2921
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable cell-surface antigen I/II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3172
ポリマ－46,2921
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.038, 91.308, 71.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Probable cell-surface antigen I/II


分子量: 46292.328 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 282-682 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus intermedius (バクテリア)
遺伝子: pas / プラスミド: pET23d / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)OneShot / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KW51
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG3350, 250mM MgCl2, 100mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: Si 111
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.65 Å / Num. obs: 88963 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.7330.9271.645900.5830.6481.13799.8
9.15-45.652.80.0618.55650.9910.0410.07393.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDS20170923データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WD6

2wd6


解像度: 1.7→45.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 10.076 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.119
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4304 4.8 %RANDOM
Rwork0.2175 ---
obs0.219 84631 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.06 Å2 / Biso mean: 38.895 Å2 / Biso min: 22.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.51 Å2-0 Å2-1.04 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3---2.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6135 0 2 411 6548
Biso mean--30.95 43.4 -
残基数----788
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.026255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.968468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938313400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5885786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84926.3273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.784151119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5731512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021151
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 312 -
Rwork0.364 6317 -
all-6629 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2299-0.62871.21740.3041-0.34080.66830.14760.1237-0.1279-0.0201-0.08360.03130.06250.0622-0.0640.22770.01050.00730.2261-0.01230.025831.2038-10.80194.1204
20.785-0.20990.33540.5417-0.1270.1479-0.0101-0.0324-0.02940.01070.02750.0349-0.0257-0.0136-0.01740.2533-0.00250.03560.24730.01320.007951.8205-10.2519-25.5536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A284 - 357
2X-RAY DIFFRACTION1A358 - 430
3X-RAY DIFFRACTION1A431 - 618
4X-RAY DIFFRACTION1A619 - 678
5X-RAY DIFFRACTION2B285 - 348
6X-RAY DIFFRACTION2B349 - 517
7X-RAY DIFFRACTION2B518 - 618
8X-RAY DIFFRACTION2B619 - 677

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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