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- PDB-5i7g: Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i7g | |||||||||
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Title | Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using the HC1b humidity controller | |||||||||
![]() | Xylose isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / Room temperature Metal-free | |||||||||
Function / homology | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sandy, J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using the HC1b humidity controller Authors: Sandy, J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 231.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 190.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 43283.297 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 10 mM Hepes pH 7.5, 1.6 M Ammonium Sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 295 K Ambient temp details: Collected using HC1b humidity controller |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.21→69.28 Å / Num. obs: 145645 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 1.21→1.24 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.68 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.21→51.378 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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