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万見
- PDB-6e20: Crystal structure of the Dario rerio galectin-1-L2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+20
タイトルCrystal structure of the Dario rerio galectin-1-L2
要素Galectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-1 / innate immunity infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) / Danio rerio / zebrafish
機能・相同性
機能・相同性情報


galactoside binding / vasculature development / sprouting angiogenesis / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of wound healing / skeletal muscle fiber development / laminin binding / carbohydrate binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-lactosamine / Galectin
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ghosh, A. / Bianchet, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R25MH080661 米国
引用
ジャーナル: Glycobiology / 年: 2019
タイトル: Structure of the zebrafish galectin-1-L2 and model of its interaction with the infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) envelope glycoprotein.
著者: Ghosh, A. / Banerjee, A. / Amzel, L.M. / Vasta, G.R. / Bianchet, M.A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Soluble beta-galactosyl-binding lectin (galectin) from toad ovary: crystallographic studies of two protein-sugar complexes.
著者: Bianchet, M.A. / Ahmed, H. / Vasta, G.R. / Amzel, L.M.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013
タイトル: The galectin CvGal1 from the eastern oyster (Crassostrea virginica) binds to blood group A oligosaccharides on the hemocyte surface.
著者: Feng, C. / Ghosh, A. / Amin, M.N. / Giomarelli, B. / Shridhar, S. / Banerjee, A. / Fernandez-Robledo, J.A. / Bianchet, M.A. / Wang, L.X. / Wilson, I.B. / Vasta, G.R.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Galectin CvGal2 from the Eastern Oyster (Crassostrea virginica) Displays Unique Specificity for ABH Blood Group Oligosaccharides and Differentially Recognizes Sympatric Perkinsus Species.
著者: Feng, C. / Ghosh, A. / Amin, M.N. / Bachvaroff, T.R. / Tasumi, S. / Pasek, M. / Banerjee, A. / Shridhar, S. / Wang, L.X. / Bianchet, M.A. / Vasta, G.R.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin
B: Galectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6586
ポリマ－30,8422
非ポリマー8154
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.438, 40.438, 303.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Galectin


分子量: 15421.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: lgals2a, lgals1l2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TGN5
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-lactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: N-acetyl-alpha-lactosamine
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M Magnesium Chloride Hexahydrate, 30% (v/v) PolyethG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 18718 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 33.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 1262 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GAN

1gan


解像度: 2→34.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.772 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23405 963 5.1 %RANDOM
Rwork0.17405 ---
obs0.17726 17755 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20.5 Å2-0 Å2
2--1 Å20 Å2
3----3.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→34.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 54 159 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.1130.0132263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.683050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2631.6054576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8185265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10724.274124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39515359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.958158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4123.0581060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4123.0561059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4944.5751322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4934.5771323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9843.2921199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9843.2921199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5024.8211728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53436.0582372
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.32135.9532362
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 71 -
Rwork0.233 1261 -
obs--95.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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