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万見
- PDB-6e18: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii HAP2 ectodomain pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6.0E+18
タイトルCrystal structure of Chlamydomonas reinhardtii HAP2 ectodomain provides structural insights of functional loops in green algae.
要素Hapless 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Gamete fusion / membrane binding motif / glycoprotein / cystine ladder
機能・相同性
機能・相同性情報


fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / cell projection membrane / protein insertion into membrane / cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Generative cell specific-1/HAP2 domain / Male gamete fusion factor / HAP2/GCS1
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Baquero, E. / Legrand, P. / Rey, F.A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)340371European Union
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Species-Specific Functional Regions of the Green Alga Gamete Fusion Protein HAP2 Revealed by Structural Studies.
著者: Baquero, E. / Fedry, J. / Legrand, P. / Krey, T. / Rey, F.A.
履歴
登録2018年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hapless 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1246
ポリマ－61,4331
非ポリマー1,6925
水1,49583
1
A: Hapless 2
ヘテロ分子

A: Hapless 2
ヘテロ分子

A: Hapless 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,37318
ポリマ－184,2983
非ポリマー5,07515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area27380 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area63360 Å2
手法PISA
2
A: Hapless 2
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,74536
ポリマ－368,5966
非ポリマー10,15030
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
Buried area56840 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area124650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.620, 125.620, 367.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1182-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hapless 2 / HAP2 / Generative cell specific-1


分子量: 61432.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: HAP2, GCS1 / 細胞株 (発現宿主): Schneider S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A4GRC6

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 84分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % / 解説: Small hexagonal plates
Preparation: The sample used for crystallization was a complex of Chlamydomonas reinhardtii HAP2 ectodomain with an antibody fragment scFv. However we could not reveal the presence of the scFv in our ...Preparation: The sample used for crystallization was a complex of Chlamydomonas reinhardtii HAP2 ectodomain with an antibody fragment scFv. However we could not reveal the presence of the scFv in our electron density maps. There are two possible explanations: 1) The bound scFv was displaced due to crystallization conditions/packing or 2) The scFv is still bound but disordered because is interacting with one of the disordered loops located in the large solvent volumes between the protomers. In this last case, it is expected that the solvent content of the crystal would be lower than the one currently reported
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M LiSO4, 0.1M Tris-HCl pH 8.5 and 25% w/v PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40.13 Å / Num. obs: 53971 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 67.34 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.0592 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.406 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.6719.90.2134639190.2444.86321.90399.6
11.62-40.1315.60.0557390.9990.0140.05797.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MF1

5mf1


解像度: 2.6→38.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.227
詳細: Due to marked diffraction anisotropy we post-processed the scaled intensities with the STARANISO program that performs an ellipsoidal resolution cut-off. The classical completeness is 70% up ...詳細: Due to marked diffraction anisotropy we post-processed the scaled intensities with the STARANISO program that performs an ellipsoidal resolution cut-off. The classical completeness is 70% up to 2.6A resolution, but the "ellipsoidal completeness" is 94.5% up to the same resolution (79% in the last ellipsoidal shell).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1897 5.04 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.215 37628 69.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.28 Å2 / Biso mean: 50.89 Å2 / Biso min: 21.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7573 Å20 Å20 Å2
2--0.7573 Å20 Å2
3----1.5146 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→38.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3943 0 111 83 4137
Biso mean--94.96 42.57 -
残基数----529
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1393SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes694HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4156HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion580SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4480SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4156HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5688HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.02
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 19 5.18 %
Rwork0.2452 348 -
all0.2465 367 -
obs--8.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -51.3026 Å / Origin y: 26.2073 Å / Origin z: -25.4354 Å
111213212223313233
T-0.1059 Å20.087 Å2-0.0411 Å2--0.0772 Å2-0.0425 Å2---0.0256 Å2
L0.3656 °20.0642 °20.0358 °2-0.4622 °2-0.056 °2--2.0004 °2
S0.0624 Å °0.035 Å °-0.0634 Å °0.0062 Å °0.0854 Å °-0.0718 Å °0.3444 Å °0.4236 Å °-0.1478 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|23 - A|591 A|1001 - A|1008 A|1101 - A|1183 A|1009 - A|1009 }A23 - 591
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|23 - A|591 A|1001 - A|1008 A|1101 - A|1183 A|1009 - A|1009 }A1001 - 1008
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|23 - A|591 A|1001 - A|1008 A|1101 - A|1183 A|1009 - A|1009 }A1101 - 1183
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|23 - A|591 A|1001 - A|1008 A|1101 - A|1183 A|1009 - A|1009 }A1009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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