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- PDB-6dzd: Crystal structure of Bacillus licheniformis hypothetical protein YfiH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dzd
タイトルCrystal structure of Bacillus licheniformis hypothetical protein YfiH
要素hypothetical protein YfiH
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Putative protein / Bacillus licheniformis
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-deoxyadenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / adenosine deaminase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CNF1/YfiH-like putative cysteine hydrolases / CNF1/YfiH-like putative cysteine hydrolases / Multi-copper polyphenol oxidoreductase / Multi-copper polyphenol oxidoreductase superfamily / Multi-copper polyphenol oxidoreductase laccase / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Almeida, L.R. / Grejo, M.P. / Mulinari, E.J. / Santos, J.C. / Camargo, S. / Bernardes, A. / Muniz, J.R.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/16291-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309767/2015-6 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Bacillus licheniformis hypothetical protein YfiH
著者: Almeida, L.R. / Grejo, M.P. / Mulinari, E.J. / Santos, J.C. / Camargo, S. / Bernardes, A. / Muniz, J.R.C.
履歴
登録2018年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein YfiH
B: hypothetical protein YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7817
ポリマ－62,5532
非ポリマー2285
水3,117173
1
A: hypothetical protein YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4164
ポリマ－31,2761
非ポリマー1403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein YfiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3653
ポリマ－31,2761
非ポリマー882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.567, 69.464, 179.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTRPTRP(chain 'A' and (resid 4 through 58 or resid 60...AA4 - 204 - 20
12GLNGLNASPASP(chain 'A' and (resid 4 through 58 or resid 60...AA29 - 5729 - 57
13GLNGLNLEULEU(chain 'A' and (resid 4 through 58 or resid 60...AA60 - 27660 - 276
24TYRTYRTRPTRP(chain 'B' and (resid 4 through 18 or (resid 19...BB4 - 204 - 20
25GLNGLNASPASP(chain 'B' and (resid 4 through 18 or (resid 19...BB29 - 5729 - 57
26GLNGLNLEULEU(chain 'B' and (resid 4 through 18 or (resid 19...BB60 - 27660 - 276

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 hypothetical protein YfiH


分子量: 31276.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5A677

-
非ポリマー , 5種, 178分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM calcium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.5 and 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→54.94 Å / Num. obs: 16046 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.76 Å2 / CC1/2: 0.951 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.297 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.66→2.79 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2073 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.441 / Rrim(I) all: 0.727 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SAINTデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T8H

1t8h


解像度: 2.66→54.94 Å / SU ML: 0.3382 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9589
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 778 4.86 %
Rwork0.2144 --
obs0.2161 15993 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→54.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4173 0 5 173 4351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00794274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01655797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0527641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.30413016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.830.32621380.25432466X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-3.040.30141190.25392500X-RAY DIFFRACTION99.96
3.04-3.350.28231140.24182501X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.840.24531220.19492548X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.830.18791400.16332536X-RAY DIFFRACTION100
4.83-54.950.24181450.23122664X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.172414721332.222499486561.436692622653.5017241102-2.050157249486.631926095930.309167475765-0.02490607707440.563209472870.67105212808-0.4225598762440.49950633319-1.13415229406-0.2559468429470.4322094866360.3462779139930.106056200478-0.063824054330.457946462354-0.1685273630290.44875151483910.916285786421.155558772937.8699232621
21.28787486573-0.2303600877771.236874714461.897634720411.011685573223.140587563610.0465862605701-0.168788085243-0.141801448110.185097693369-0.1188111577250.1352041585910.330116791492-0.299792455140.04546318613430.107252130247-0.06653824587730.04180715600760.190078083634-0.001135225177880.16192878363617.70186656635.9570173994137.0277965253
34.23440731238-1.13930959181-0.5937516326993.06842331937-0.6272756834561.395928173250.1854753990611.009231231290.0765931219575-0.7341442833860.00160920838799-0.01282485798640.223064861202-0.318087605861-0.1894517330980.265885822932-0.0551449740796-0.04342331613160.3027165123340.001557143513420.17827939867331.962617240217.552001287819.1360089939
42.171334360630.5935725018350.01106493651772.325164503080.7793140941293.60341551777-0.1786208786340.06097281474530.420125130033-0.207311234106-0.0340838442739-0.0936473750803-0.3097180941570.02530929793620.1911650410830.1664563569870.046991178087-0.02648530570250.1618425292380.01333202712880.18033025743320.886975979316.949854528831.1177326556
54.526763159530.8905608054230.2548281772816.38964439441.490508363166.10900878367-0.1167399895550.17429245586-0.467671183457-0.101085129382-0.174361652874-1.612697867150.4305244084671.007160338870.2373691346810.3222624702670.06270011606390.1128946506510.4326474217350.06000670700760.41002292327653.010408905340.470357467522.9976290157
62.153983075340.1118089781211.449454308442.431659366760.4559190691052.95448016559-0.0645221541089-0.1036665275060.250613637958-0.057478993055-0.009404357604120.0286148589604-0.2383193308180.1715326687750.07292522000580.1148529465-0.01417733522570.004806829708780.127396698845-0.007454330697360.16134062779543.214799641355.103103832518.233593614
71.580574422320.326586441582-0.3624975207670.91832686208-0.6216820543930.4676681846430.01693499741250.290146151435-0.025349872227-0.2062881079470.04267331665770.08779925705750.177988845385-0.0821661757068-0.06603940104160.220186031145-0.060139424824-0.05342657736740.228446323053-0.01414387020250.20399930370543.73411157741.08819312837.54502139295
82.736363693931.34399484778-0.3315818483032.24485638121-1.578750834061.68726120959-0.07650278322030.6526612996210.0971058164651-0.452828728290.1007728422060.3835388279180.770525728839-0.229245426658-0.1366879848050.406325530182-0.127575131338-0.1228931034520.4336668025280.114067924120.36802891629126.455488466129.964304331810.8844362498
91.34305210324-0.0965959321175-0.1837810270061.62210581763-0.7181649420752.74963360778-0.0197550074091-0.185824344103-0.154540671028-0.1769013968620.02841928512920.08334036476880.121690516979-0.14309958237-0.05195893983950.169921030771-0.00931644108737-0.0633036579330.1194586890830.003960156017240.18103105564338.778476193837.888466938818.5355393703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:21)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 29:183)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 184:225)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 226:277)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resseq 4:21)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 29:130)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resseq 131:190)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resseq 191:218)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resseq 219:277)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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