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- PDB-6dz8: Crystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dz8
タイトルCrystal structure of S. aureus penicillin binding protein 4 (PBP4) mutant (S75C)
要素Penicillin-binding protein 4
キーワードHYDROLASE / Penicillin binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A ...Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 4, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1958) / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Alexander, J.A.N. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Recognition of Peptidoglycan Fragments by the Transpeptidase PBP4 FromStaphylococcus aureus.
著者: Maya-Martinez, R. / Alexander, J.A.N. / Otten, C.F. / Ayala, I. / Vollmer, D. / Gray, J. / Bougault, C.M. / Burt, A. / Laguri, C. / Fonvielle, M. / Arthur, M. / Strynadka, N.C.J. / Vollmer, W. / Simorre, J.P.
履歴
登録2018年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 4
B: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7976
ポリマ－80,5352
非ポリマー2624
水5,459303
1
A: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3983
ポリマ－40,2671
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin-binding protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3983
ポリマ－40,2671
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.511, 89.730, 77.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21B-638-

HOH

31B-662-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 4


分子量: 40267.480 Da / 分子数: 2 / 変異: S75C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: pbp4, SACOL0699 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WY27
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 8 mM zinc chloride, 80 mM sodium acetate pH 5, 100 mM sodium fluoride, and 16% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→29.16 Å / Num. obs: 59159 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 200133 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.93.31.0861232437860.5020.711.3011.299.6
8.92-29.163.40.0318825470.9990.0190.03623.596.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TXI

5txi


解像度: 1.86→29.155 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 2925 4.95 %
Rwork0.1746 56180 -
obs0.1767 59105 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.02 Å2 / Biso mean: 36.6556 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→29.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5654 0 4 303 5961
Biso mean--50.56 37.58 -
残基数----718
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8601-1.89050.34021450.32452633277899
1.8905-1.92310.28631450.30012678282399
1.9231-1.95810.30051500.26312654280499
1.9581-1.99570.33221260.246626652791100
1.9957-2.03650.25721250.22926992824100
2.0365-2.08070.26281400.20872667280799
2.0807-2.12910.22591310.194126592790100
2.1291-2.18240.26831390.192226792818100
2.1824-2.24130.23441490.19142637278699
2.2413-2.30730.24431290.176626822811100
2.3073-2.38170.21741500.168126792829100
2.3817-2.46680.21421290.157327042833100
2.4668-2.56550.21271410.154726632804100
2.5655-2.68220.20831370.159526932830100
2.6822-2.82350.22831300.157526812811100
2.8235-3.00020.20641440.16222687283199
3.0002-3.23160.20021380.15632663280199
3.2316-3.55630.21861330.15562694282799
3.5563-4.06970.16111510.13972679283099
4.0697-5.12290.17171510.14332645279699
5.1229-29.15880.22851420.19462739288199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3678-0.6853-0.75611.87770.5111.9359-0.027-0.1624-0.00040.29670.02050.05040.0918-0.05360.00460.2724-0.014-0.02380.20140.00370.1513-25.9691-1.442239.8512
23.49373.1361-1.86625.7182-2.67113.62940.0689-0.1824-0.0223-0.13960.01060.06940.3616-0.1708-0.02980.3853-0.00290.01430.22940.00570.2196-23.3825-24.989821.4626
30.5225-0.344-0.16252.20090.72710.9945-0.0645-0.071-0.09170.24720.0151-0.04790.2642-0.01420.04320.2828-0.00620.00140.19990.00880.1584-23.5165-11.671731.3751
44.16812.4591-0.81343.4241-0.65251.3796-0.0520.13690.4445-0.0810.0860.0689-0.15840.0774-0.02450.2678-0.0076-0.03860.2279-0.0260.1805-17.405417.32232.7879
51.5053-0.7368-1.07211.91240.85391.7193-0.02880.0329-0.0260.0628-0.010.11740.0695-0.070.04380.2-0.011-0.02410.16960.00710.1514-20.585-3.3431.3641
62.06381.4082-0.76045.9712-0.6642.34130.0033-0.0308-0.1474-0.078-0.02830.07540.119-0.060.04280.2293-0.0176-0.02130.1924-0.00630.1501-17.6383-25.156-16.5784
72.30781.36781.01796.2521.22483.21970.0638-0.0905-0.1510.28040.0303-0.19270.2694-0.0305-0.0970.20990.0178-0.00440.15160.01050.1641-9.9389-21.0919-2.9548
80.95350.13970.63241.28010.91641.9110.01490.0717-0.0534-0.13110.01870.17960.1017-0.0996-0.03430.2922-0.0096-0.01460.19110.01930.2066-22.3897-8.776-10.7911
92.48120.8552-0.2322.52880.15881.01050.05570.14190.3216-0.187-0.0301-0.0119-0.12810.0718-0.01190.28050.02140.0110.18710.01790.172-15.180210.4754-4.7548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 90 )A25 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 124 )A91 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 296 )A125 - 296
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 297 through 383 )A297 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 25 through 90 )B25 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 91 through 137 )B91 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 138 through 204 )B138 - 204
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 205 through 266 )B205 - 266
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 267 through 383 )B267 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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