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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dz6 | ||||||
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タイトル | Structure of the Orthorhombic (Orthrhmb) Crystal Form of Human Apolipoprotein C1 | ||||||
![]() | Apolipoprotein C-I | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / lipoprotein particles / lipids / alpha helix | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of phosphatidylcholine catabolic process / VLDL clearance / VLDL assembly / lipase inhibitor activity / negative regulation of cholesterol transport / phospholipase inhibitor activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of lipoprotein lipase activity / plasma lipoprotein particle remodeling / regulation of cholesterol transport ...negative regulation of phosphatidylcholine catabolic process / VLDL clearance / VLDL assembly / lipase inhibitor activity / negative regulation of cholesterol transport / phospholipase inhibitor activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of lipoprotein lipase activity / plasma lipoprotein particle remodeling / regulation of cholesterol transport / very-low-density lipoprotein particle assembly / negative regulation of lipid metabolic process / chylomicron remnant clearance / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / very-low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / lipoprotein metabolic process / chylomicron / phosphatidylcholine binding / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / cholesterol efflux / triglyceride metabolic process / negative regulation of lipid catabolic process / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cholesterol metabolic process / fatty acid binding / lipid metabolic process / endoplasmic reticulum / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | McPherson, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of human apolipoprotein C-1 in four different crystal forms. 著者: McPherson, A. / Larson, S.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 53 / Label seq-ID: 31 - 79
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9344.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.2 % / 解説: rectangular blocks |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 16% MPD - 18% MPD / PH範囲: 5.5-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年8月15日 |
放射 | モノクロメーター: Supper / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→42 Å / Num. obs: 2687 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.18 / Rsym value: 0.169 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 180 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.619 / Rsym value: 0.491 / % possible all: 56.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.741 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3→42 Å
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拘束条件 |
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