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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dyu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-((prop-2-yn-1-ylthio)methyl)pyrrolidin-3-ol | ||||||
![]() | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / MTAN enzyme / duodenal ulcers / stomach cancer | ||||||
機能・相同性 | ![]() aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / nucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selective Inhibitors of Helicobacter pylori Methylthioadenosine Nucleosidase and Human Methylthioadenosine Phosphorylase. 著者: Harijan, R.K. / Hoff, O. / Ducati, R.G. / Firestone, R.S. / Hirsch, B.M. / Evans, G.B. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 119.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 963.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 967.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: -1 - 230 / Label seq-ID: 14 - 245
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26886.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1W0VQJ9, UniProt: Q9ZMY2*PLUS, adenosylhomocysteine nucleosidase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium nitrate, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月7日 / 詳細: KB mirrors |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→67.64 Å / Num. obs: 64250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Num. measured obs: 45362 / CC1/2: 0.698 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4WKP 解像度: 1.6→67.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.617 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.463 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→67.64 Å
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拘束条件 |
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