PDB-6dy9: Crystal structure of double-stranded DNA GGGATCCC; crystals grown...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dy9

タイトル

Crystal structure of double-stranded DNA GGGATCCC; crystals grown in Zn2+

要素

DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')

キーワード

DNA / palindrome / mithramycin binding / gunine N7-Zn2+

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hou, C. / Tsodikov, O.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2019
タイトル: Utilizing guanine coordinated Zn2+ to determine DNA crystal structures by single-wavelength anomalous diffraction
著者: Hou, C. / Tsodikov, O.V.

履歴

登録	2018年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dy9.cif.gz	18.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dy9.ent.gz	10.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dy9_validation.pdf.gz	349.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dy9_full_validation.pdf.gz	349.9 KB	表示
XML形式データ	6dy9_validation.xml.gz	2.2 KB	表示
CIF形式データ	6dy9_validation.cif.gz	2.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/6dy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dwtC 6dxjC 6dy5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1d92-d 281d-d 3ana-d 2ana-d 6d4l-1 295d-1 2gq4-1 5ana-1 1vt9-d 3r1c-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')

ヘテロ分子

4.99 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: double-stranded DNA

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.221, 46.221, 43.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPGPAPTPCPCPC)-3') 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 mM ds DNA with 5 mM zinc acetate and 2 mM spermine was incubated against 55% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 2702 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 55
反射シェル	解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 128 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 12.47 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.245 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27582	111	4.7 %	RANDOM
R_work	0.25346	-	-	-
obs	0.2545	2266	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.165 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	322	2	1	325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.025	0.02	180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.738	1.156	552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.293	3	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	84
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.23	6.526	362
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.231	6.527	361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.227	9.78	552
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.389	68.983	464
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.387	68.986	465
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	8	-
R_work	0.438	169	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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