PDB-3ana: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF D(GGGATCCC) IN THE CRYSTALLINE STATE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ana

タイトル

THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF D(GGGATCCC) IN THE CRYSTALLINE STATE

要素

DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Heinemann, U. / Lauble, H.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1988
タイトル: Three-dimensional structure of d(GGGATCCC) in the crystalline state.
著者: Lauble, H. / Frank, R. / Blocker, H. / Heinemann, U.

履歴

登録	1988年7月6日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1989年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ana.cif.gz	17.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ana.ent.gz	10.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ana.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ana_validation.pdf.gz	361.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ana_full_validation.pdf.gz	369.8 KB	表示
XML形式データ	3ana_validation.xml.gz	3.6 KB	表示
CIF形式データ	3ana_validation.cif.gz	4.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3ana ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/3ana	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3r1c-3 3r1c-9 3r1c-4 3r1c-18 3r1c-1 6dy9-d 1vt9-d 3fa1-1 3r1c-14 3r1c-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*C)-3')

4.86 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.830, 46.830, 44.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPGPAPTPCPCPC)-3') 分子量: 2427.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.59 %

結晶化

手法: microdialysis / 詳細: MICRODIALYSIS / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 7.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	4 mM	DNA	1
2	24 %(v/v)		1	2
3	20 mM	sodium cacodylate	1
4	5 mM	magnesium chloride	1
5			1
6			1

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
検出器	タイプ: STOE / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 4130 / Num. obs: 1594 / Observed criterion σ(I): 1
反射	PLUS Num. obs: 1300 / % possible obs: 78 % / R_merge(I) obs: 0.029 / Num. measured all*: 1594

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
obs	0.166	1428

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	322	0	9	331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d	0.034
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d	0.04
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

σ(F): 3 / 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 1428 / R_factor obs: 0.166

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal target	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d	0.05
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d	0.05	0.034
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr	0.03	0.013
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr	0.1	0.055

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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