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- PDB-6dx3: Crystal structure of the viral OTU domain protease from Taggert virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dx3
タイトルCrystal structure of the viral OTU domain protease from Taggert virus
要素RNA-dependent RNA polymerase
キーワードHYDROLASE / PROTEIN BINDING / viral OTU / DUB / Viral Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Taggert virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Pegan, S.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109008 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2019
タイトル: Probing the impact of nairovirus genomic diversity on viral ovarian tumor domain protease (vOTU) structure and deubiquitinase activity.
著者: Dzimianski, J.V. / Beldon, B.S. / Daczkowski, C.M. / Goodwin, O.Y. / Scholte, F.E.M. / Bergeron, E. / Pegan, S.D.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
C: RNA-dependent RNA polymerase
D: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1846
ポリマ－82,1364
非ポリマー492
水7,098394
1
A: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5582
ポリマ－20,5341
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5341
ポリマ－20,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA-dependent RNA polymerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5341
ポリマ－20,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5582
ポリマ－20,5341
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.163, 60.948, 66.501
Angle α, β, γ (deg.)64.95, 89.84, 84.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 20533.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Taggert virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142J8F6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M magnesium formate, 22% PEG 3350, 0.25 M TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 40280 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3634 / CC1/2: 0.847

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HXD

4hxd


解像度: 2.052→36.462 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 1934 4.81 %
Rwork0.2274 --
obs0.2285 40237 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→36.462 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5374 0 2 394 5770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7097487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2452031
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.052-2.10330.32351060.27862426X-RAY DIFFRACTION84
2.1033-2.16020.26551560.25822679X-RAY DIFFRACTION96
2.1602-2.22380.29651260.25672736X-RAY DIFFRACTION96
2.2238-2.29550.34451370.27142780X-RAY DIFFRACTION98
2.2955-2.37760.31641050.25752764X-RAY DIFFRACTION96
2.3776-2.47270.2681400.25362776X-RAY DIFFRACTION97
2.4727-2.58520.28481270.24412752X-RAY DIFFRACTION98
2.5852-2.72150.29251850.25562759X-RAY DIFFRACTION98
2.7215-2.8920.3041390.24352771X-RAY DIFFRACTION97
2.892-3.11510.26531520.2332729X-RAY DIFFRACTION97
3.1151-3.42840.23441400.20932754X-RAY DIFFRACTION98
3.4284-3.9240.21491290.20362802X-RAY DIFFRACTION98
3.924-4.94190.18471560.18972754X-RAY DIFFRACTION99
4.9419-36.4680.24691360.22742821X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7809-0.9252.08375.4276-4.18454.5943-0.1961-0.51090.58420.09180.3876-0.0269-0.4682-0.4736-0.14770.30280.06130.07150.4335-0.14060.2375-13.7668-25.7331-26.325
27.0764-4.8686-0.62796.96052.77475.8930.53570.58210.3698-0.9586-0.377-0.1303-0.3426-0.1896-0.1740.19830.00470.04320.30940.03910.2358-6.9293-29.4493-44.8521
36.8972-3.5034-2.27144.78643.998.52560.35211.3670.2286-0.2901-0.1374-0.3311-0.0855-0.1439-0.09070.2050.04770.04290.3815-0.00640.20072.7463-35.7234-41.9159
42.5168-0.4491-1.09662.23390.12455.45680.11380.3649-0.5532-0.0801-0.00150.00170.25590.0826-0.11520.14960.0045-0.03510.2584-0.07310.2332-3.2673-45.1848-29.7007
50.6238-0.1896-0.37993.5840.58274.5274-0.0447-0.04920.2212-0.0099-0.07130.1362-0.1784-0.21080.130.14680.00260.02180.2896-0.050.234-8.7164-28.7613-35.3377
63.5287-4.71612.32997.79110.13728.60660.21920.63032.40010.9008-0.2416-0.8019-1.80820.95250.14840.7065-0.04110.110.48270.04960.73413.4845-21.4149-40.846
73.6482-0.1408-1.09985.06261.35233.01070.0770.17460.2804-0.1964-0.01360.0566-0.24740.0043-0.09610.12330.0159-0.02430.26190.00730.1718-17.4588-41.5681-61.7803
82.40450.9197-0.56842.8463-0.43791.31150.0271-0.20780.05190.0646-0.0587-0.05860.00310.04960.03330.13360.0394-0.0140.2663-0.05290.1495-18.412-49.8279-58.0841
97.8862.13920.54320.94321.50825.20170.13380.85381.5416-0.6092-0.18290.8949-0.3941-0.64440.09150.57080.11660.09520.57130.31840.7795-28.9764-34.9816-65.7457
101.8647-0.2518-1.33043.4836-2.61084.0787-0.0960.2223-0.3145-0.15120.17840.22760.3812-0.2469-0.00790.3-0.0987-0.040.3929-0.10350.2596-37.4504-55.8241-30.0702
114.80713.0367-0.01659.06062.84252.63150.3122-0.6271-0.19061.0572-0.39820.42520.3529-0.30650.05070.2401-0.0317-0.05320.39370.0280.215-30.3818-52.161-11.5901
122.11270.8431.14012.1749-1.66178.10090.1965-0.2183-0.0230.1685-0.1838-0.14-0.27220.62980.0210.1299-0.0040.00970.3242-0.09010.2272-21.271-41.1118-20.7369
133.8824-0.14210.31795.86160.73185.12860.1399-0.06030.37430.13330.04850.257-0.0705-0.2845-0.1940.12110.00960.00340.3056-0.05750.2293-29.6243-36.1165-26.9294
145.92490.8473-1.69944.42150.27456.3422-0.06790.1417-0.45950.0474-0.03010.12330.2256-0.30040.11430.14880.0036-0.05080.1606-0.0160.1873-32.2847-52.8117-21.0791
156.5858-6.3182-4.43936.79566.51469.9588-0.6290.1073-1.3553-0.32980.79960.10030.3846-0.0913-0.16320.4552-0.09030.04540.45180.02780.5565-18.953-59.3533-18.1677
164.1088-2.6367-0.69123.45263.26444.5876-0.2654-0.6842-0.15290.64230.516-0.31140.392-0.1367-0.31090.23880.0023-0.02820.4573-0.08080.245513.1963-63.0243-45.4219
173.2445-2.08711.64645.3277-3.25467.75750.30620.1858-0.4893-0.1261-0.18760.320.4017-0.0508-0.13310.1588-0.0192-0.02820.2679-0.06450.28851.3349-71.7152-61.783
182.45410.3021-0.56365.19442.10152.74460.03990.48870.0281-0.17220.0142-0.1984-0.12770.0094-0.05890.14670.0282-0.00920.3206-0.01910.20442.6717-53.2914-62.626
199.2921-3.5-0.96067.45570.41826.186-0.1926-0.6293-0.41550.35750.11330.16740.05840.06720.09890.2139-0.0289-0.0130.25480.00380.18428.3086-66.8841-50.5357
205.80670.5996-2.54326.8264-2.28129.1651-0.0759-0.283-0.56260.0094-0.0349-0.4660.26350.47770.06630.12650.0249-0.02830.2002-0.03760.24437.7592-70.1558-58.6123
214.35280.44081.37024.7781-1.37134.3238-0.3268-0.86-1.50880.85330.30331.11571.1525-0.56280.04410.6939-0.15540.08740.66810.32560.7595-5.3147-74.5462-50.6828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 56 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 113 through 156 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 157 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 57 through 156 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 157 through 167 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 5 through 24 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 25 through 39 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 40 through 75 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 76 through 112 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 113 through 156 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 157 through 167 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 5 through 24 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 25 through 56 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 57 through 112 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 113 through 141 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 142 through 156 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 157 through 168 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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