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- PDB-6dwv: Crystal structure of the LigJ Hydratase in the Apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dwv
タイトルCrystal structure of the LigJ Hydratase in the Apo state
要素4-oxalomesaconate hydratase
キーワードLYASE / Hydratase / lignin degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / lignin catabolic process / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2-keto-4-carboxy-3-hexenedioate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Raushel, F.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationA-840 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structure and Reaction Mechanism of the LigJ Hydratase: An Enzyme Critical for the Bacterial Degradation of Lignin in the Protocatechuate 4,5-Cleavage Pathway.
著者: Hogancamp, T.N. / Mabanglo, M.F. / Raushel, F.M.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 4-oxalomesaconate hydratase
A: 4-oxalomesaconate hydratase
C: 4-oxalomesaconate hydratase
D: 4-oxalomesaconate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,6358
ポリマ－152,3744
非ポリマー2624
水6,017334
1
B: 4-oxalomesaconate hydratase
C: 4-oxalomesaconate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3184
ポリマ－76,1872
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
2
A: 4-oxalomesaconate hydratase
ヘテロ分子

D: 4-oxalomesaconate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3184
ポリマ－76,1872
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.170, 78.220, 135.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
4-oxalomesaconate hydratase


分子量: 38093.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)
遺伝子: ligJ, SLG_12520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2IQQ5, 4-oxalomesaconate hydratase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium malonate 12% (w/v) polyethyleneglycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→26.14 Å / Num. obs: 83173 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→26.14 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 31.54 / 位相誤差: 27.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 2018 2.31 %
Rwork0.2043 --
obs0.2082 85381 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10632 0 4 334 10970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11314860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7876512
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2008-2.25580.38061600.28665928X-RAY DIFFRACTION96
2.2558-2.31680.29941390.27376083X-RAY DIFFRACTION97
2.3168-2.3850.33371220.2576047X-RAY DIFFRACTION98
2.385-2.4620.2791460.24956045X-RAY DIFFRACTION97
2.462-2.550.29831540.23726037X-RAY DIFFRACTION97
2.55-2.65210.26021250.23816136X-RAY DIFFRACTION98
2.6521-2.77280.30491580.23456037X-RAY DIFFRACTION97
2.7728-2.9190.29461370.21896109X-RAY DIFFRACTION98
2.919-3.10190.2731340.21656090X-RAY DIFFRACTION98
3.1019-3.34140.28451490.20316115X-RAY DIFFRACTION98
3.3414-3.67760.26991510.18926110X-RAY DIFFRACTION98
3.6776-4.20970.23561430.17056129X-RAY DIFFRACTION98
4.2097-5.30350.24771400.16096156X-RAY DIFFRACTION98
5.3035-70.33340.29891590.20166248X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.3307 Å / Origin y: -1.26 Å / Origin z: 33.7936 Å
111213212223313233
T0.1462 Å2-0.0848 Å2-0.0122 Å2-0.1292 Å20.0033 Å2--0.4367 Å2
L-0.189 °2-0.1658 °2-0.0003 °2-0.3453 °2-0.0476 °2--0.0837 °2
S-0.0263 Å °0.0148 Å °-0.0015 Å °0.2273 Å °0.0119 Å °-0.068 Å °0.0166 Å °0.0149 Å °0.0044 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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