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- PDB-6dwm: Structure of Human Cytochrome P450 1A1 with Bergamottin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dwm
タイトルStructure of Human Cytochrome P450 1A1 with Bergamottin
要素Cytochrome P450 1A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


arachidonate monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / response to diphenyl ether / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / response to Aroclor 1254 / phenol-containing compound metabolic process ...arachidonate monooxygenase activity / ethylene metabolic process / flavonoid 3'-monooxygenase activity / insecticide metabolic process / dibenzo-p-dioxin catabolic process / long-chain fatty acid omega-hydroxylase activity / response to diphenyl ether / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors / response to Aroclor 1254 / phenol-containing compound metabolic process / long-chain fatty acid omega-1 hydroxylase activity / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase / hydroperoxy icosatetraenoate dehydratase activity / 9-cis-retinoic acid biosynthetic process / omega-hydroxylase P450 pathway / Synthesis of (16-20)-hydroxyeicosatetraenoic acids (HETE) / demethylase activity / coumarin metabolic process / response to iron(III) ion / response to 3-methylcholanthrene / porphyrin-containing compound metabolic process / maternal process involved in parturition / flavonoid metabolic process / long-chain fatty acid metabolic process / Biosynthesis of protectins / epoxygenase P450 pathway / tissue remodeling / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to genistein / vitamin D 24-hydroxylase activity / estrogen 16-alpha-hydroxylase activity / lipid hydroxylation / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / estrogen 2-hydroxylase activity / vitamin D metabolic process / steroid biosynthetic process / hepatocyte differentiation / amine metabolic process / Xenobiotics / response to arsenic-containing substance / camera-type eye development / response to nematode / response to vitamin A / hydrogen peroxide biosynthetic process / digestive tract development / retinol metabolic process / estrogen metabolic process / unspecific monooxygenase / response to herbicide / long-chain fatty acid biosynthetic process / response to food / steroid metabolic process / response to immobilization stress / response to hyperoxia / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / nitric oxide metabolic process / Hsp70 protein binding / xenobiotic metabolic process / cellular response to copper ion / Hsp90 protein binding / monooxygenase activity / PPARA activates gene expression / fatty acid metabolic process / oxygen binding / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP1 / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-HJJ / Cytochrome P450 1A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Bart, A.G. / Scott, E.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM076343 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structures of human cytochrome P450 1A1 with bergamottin and erlotinib reveal active-site modifications for binding of diverse ligands.
著者: Bart, A.G. / Scott, E.E.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 1A1
B: Cytochrome P450 1A1
C: Cytochrome P450 1A1
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,01016
ポリマ－223,7774
非ポリマー5,23312
水82946
1
A: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5144
ポリマ－55,9441
非ポリマー1,5703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9914
ポリマ－55,9441
非ポリマー1,0473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8993
ポリマ－55,9441
非ポリマー9552
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450 1A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6065
ポリマ－55,9441
非ポリマー1,6624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.330, 194.758, 236.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNGLUGLU(chain 'A' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))AA39 - 29112 - 264
12SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))AA303 - 512276 - 485
13HEMHEMHEMHEM(chain 'A' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))AE601
24ASNASNGLUGLU(chain 'B' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))BB39 - 29112 - 264
25SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))BB303 - 512276 - 485
26HEMHEMHEMHEM(chain 'B' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))BH601
37ASNASNGLUGLU(chain 'C' and resid 39 through 601)CC39 - 29112 - 264
38SERSERSERSER(chain 'C' and resid 39 through 601)CC303 - 512276 - 485
39HEMHEMHEMHEM(chain 'C' and resid 39 through 601)CK601
410ASNASNGLUGLU(chain 'D' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))DD39 - 29112 - 264
411SERSERSERSER(chain 'D' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))DD303 - 512276 - 485
412HEMHEMHEMHEM(chain 'D' and (resid 39 through 291 or resid 303 through 601))DM601

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome P450 1A1 / CYPIA1 / Cytochrome P450 form 6 / Cytochrome P450-C / Cytochrome P450-P1


分子量: 55944.156 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP1A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04798, unspecific monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 58分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-HJJ / 4-{[(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-yl]oxy}-7H-furo[3,2-g][1]benzopyran-7-one


分子量: 338.397 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22O4
#4: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium phosphate dibasic, 20% PEG3350, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→39.36 Å / Num. obs: 71615 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 70.84 Å2 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.91 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4361 / % possible all: 97.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4I8V

4i8v


解像度: 2.85→39.36 Å / SU ML: 0.369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.8746 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 2000 2.8 %
Rwork0.2042 69343 -
obs0.2052 71343 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→39.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15178 0 173 46 15397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004215768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.654721433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0739305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.920.35041330.30854592X-RAY DIFFRACTION94.88
2.92-30.35251400.28374887X-RAY DIFFRACTION99.19
3-3.080.3161410.27694892X-RAY DIFFRACTION99.51
3.08-3.180.30691420.25824906X-RAY DIFFRACTION99.82
3.18-3.30.31081430.25184962X-RAY DIFFRACTION99.98
3.3-3.430.26081420.26394927X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.580.29091420.24414904X-RAY DIFFRACTION99.74
3.58-3.770.27071420.21774932X-RAY DIFFRACTION99.65
3.77-4.010.2271430.19524964X-RAY DIFFRACTION99.8
4.01-4.320.21311440.18394981X-RAY DIFFRACTION99.77
4.32-4.750.1861430.16844986X-RAY DIFFRACTION99.88
4.75-5.440.22361460.17645038X-RAY DIFFRACTION99.85
5.44-6.850.25361450.19865063X-RAY DIFFRACTION99.9
6.85-39.360.19471540.17235309X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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