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- PDB-6duq: Structure of a Rho-NusG KOW domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6duq
タイトルStructure of a Rho-NusG KOW domain complex
要素
  • (Transcription ...) x 2
  • rU12
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / Rho / NusG / RecA / ATPase / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome biogenesis / hydrolase activity ...ATP-dependent activity, acting on RNA / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome biogenesis / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / : ...Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Cold shock domain / NusG-like / Cold shock protein domain / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / RNA / RNA (> 10) / Transcription termination/antitermination protein NusG / Transcription termination factor Rho / Transcription termination/antitermination protein NusG / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli M718 (大腸菌)
Escherichia coli M605 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Berger, J.M. / Lawson, M.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071747 米国
Other privateG. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Mechanism for the Regulated Control of Bacterial Transcription Termination by a Universal Adaptor Protein.
著者: Lawson, M.R. / Ma, W. / Bellecourt, M.J. / Artsimovitch, I. / Martin, A. / Landick, R. / Schulten, K. / Berger, J.M.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: Transcription termination factor Rho
A: Transcription termination factor Rho
G: Transcription termination factor Rho
B: Transcription termination factor Rho
H: Transcription termination factor Rho
C: Transcription termination factor Rho
I: Transcription termination factor Rho
D: Transcription termination factor Rho
K: Transcription termination factor Rho
F: Transcription termination factor Rho
J: Transcription termination factor Rho
E: Transcription termination factor Rho
M: Transcription termination/antitermination protein NusG
N: Transcription termination/antitermination protein NusG
O: Transcription termination/antitermination protein NusG
P: Transcription termination/antitermination protein NusG
Q: Transcription termination/antitermination protein NusG
R: Transcription termination/antitermination protein NusG
S: Transcription termination/antitermination protein NusG
T: Transcription termination/antitermination protein NusG
U: Transcription termination/antitermination protein NusG
V: Transcription termination/antitermination protein NusG
W: Transcription termination/antitermination protein NusG
X: Transcription termination/antitermination protein NusG
Y: rU12
Z: rU12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)662,11662
ポリマ－655,90626
非ポリマー6,21036
水00
1
L: Transcription termination factor Rho
G: Transcription termination factor Rho
H: Transcription termination factor Rho
I: Transcription termination factor Rho
K: Transcription termination factor Rho
J: Transcription termination factor Rho
P: Transcription termination/antitermination protein NusG
Q: Transcription termination/antitermination protein NusG
R: Transcription termination/antitermination protein NusG
V: Transcription termination/antitermination protein NusG
W: Transcription termination/antitermination protein NusG
X: Transcription termination/antitermination protein NusG
Z: rU12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,05831
ポリマ－327,95313
非ポリマー3,10518
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transcription termination factor Rho
B: Transcription termination factor Rho
C: Transcription termination factor Rho
D: Transcription termination factor Rho
F: Transcription termination factor Rho
E: Transcription termination factor Rho
M: Transcription termination/antitermination protein NusG
N: Transcription termination/antitermination protein NusG
O: Transcription termination/antitermination protein NusG
S: Transcription termination/antitermination protein NusG
T: Transcription termination/antitermination protein NusG
U: Transcription termination/antitermination protein NusG
Y: rU12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,05831
ポリマ－327,95313
非ポリマー3,10518
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.350, 126.320, 166.820
Angle α, β, γ (deg.)89.94, 89.90, 60.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Transcription ... , 2種, 24分子 LAGBHCIDKFJEMNOPQRSTUVWX

#1: タンパク質
Transcription termination factor Rho / ATP-dependent helicase Rho


分子量: 47396.562 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli M718 (大腸菌) / 遺伝子: rho, ECJG_05123 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F4TMM7, UniProt: P0AG30*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質
Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 6657.404 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli M605 (大腸菌) / 遺伝子: nusG, ECIG_05396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4T6L5, UniProt: P0AFG0*PLUS

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 YZ

#3: RNA鎖 rU12


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 36分子

#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 95 mM potassium glutamate, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM spermine, 0.5% PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.68→40 Å / Num. obs: 94588 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.68→3.79 Å / 冗長度: 2.2 % / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→39.03 Å / SU ML: 0.77 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 1473 1.58 %
Rwork0.287 --
obs0.288 93095 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→39.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42502 242 384 0 43128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00744350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77259954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.01416986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0456906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.81930.43281020.39788354X-RAY DIFFRACTION98
3.8193-3.95570.4164960.39438329X-RAY DIFFRACTION97
3.9557-4.11390.38181980.37778268X-RAY DIFFRACTION98
4.1139-4.30090.3712970.35588404X-RAY DIFFRACTION98
4.3009-4.52740.37351980.35448295X-RAY DIFFRACTION98
4.5274-4.81060.3391980.32548360X-RAY DIFFRACTION98
4.8106-5.18120.3025970.30318416X-RAY DIFFRACTION98
5.1812-5.70120.30261970.29058291X-RAY DIFFRACTION98
5.7012-6.52280.3702990.28278352X-RAY DIFFRACTION98
6.5228-8.20550.21121920.26958246X-RAY DIFFRACTION97
8.2055-39.0320.2644990.20688307X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8533-1.44421.33593.98940.75483.93170.260.1065-0.1827-0.5875-0.9425-0.67960.7737-0.99250.58121.52580.01420.18121.43270.03421.3334-116.5391-0.997239.683
22.0986-0.60.86133.2924-0.85142.4884-0.3517-0.477-0.1941-1.1509-0.0251.4162-1.1035-0.46310.22352.93110.58640.40191.33090.06471.7085-96.767145.835339.6688
33.30741.505-0.43011.9466-1.86084.59830.04040.20280.24570.259-0.285-0.3513-1.27590.37160.35281.7139-0.27340.04861.3084-0.17361.8157-47.497552.225239.4773
45.36240.2714-0.18882.3564-1.15421.08730.68870.95851.3057-0.3076-1.1279-0.22220.17611.4940.18211.80840.0631-0.25283.4666-0.51911.1799-16.812511.405339.6419
52.8274-0.0101-0.61093.36631.36383.8282-0.71240.05980.0719-0.31550.31960.59350.75130.70730.46861.84090.0717-0.18531.13580.17041.7319-36.1054-34.280839.5785
63.0231.4436-0.01992.96870.94133.2816-0.88560.9689-0.8709-0.08690.5912-0.74131.2763-1.00840.18332.6832-0.9558-0.35141.84260.23481.3883-86.5905-40.332239.6774
71.82410.28621.2683.3151-1.01333.1151-0.7583-0.1654-0.6567-0.08720.39860.4654-0.544-1.41790.36161.67380.16770.28221.9316-0.05351.7629-160.46889.0967123.0131
83.46962.15940.32215.2426-0.97010.6272-0.71141.35550.61220.32780.58791.2466-1.47281.1168-0.05442.6286-0.8680.32112.4143-0.31591.1376-109.819215.3352122.9977
92.2616-1.0201-1.02222.8071-0.35533.29910.2388-0.0938-0.6447-0.466-0.6877-0.3880.02581.28770.33321.03470.3003-0.07841.8668-0.0911.9836-79.7706-24.2102122.8631
101.9838-0.8443-1.06766.3817-0.58342.9647-0.102-0.4450.2475-1.6462-0.1492-1.64632.05830.53970.12973.32080.9892-0.47151.9134-0.22371.0284-99.883-71.1477123.0414
114.40770.30240.44763.340.93783.5286-0.32131.38920.46110.3949-0.5253-0.19411.2892-0.1830.77081.3402-0.3380.1421.79310.19351.3956-148.9037-77.2084123.0665
127-1.48831.05472.12830.58942.81380.65120.2664-1.8566-0.0854-0.87680.6944-0.4896-1.91460.03231.18110.25470.15423.50710.62331.348-179.5024-36.675123.1276
132.52880.92840.4284.43231.50453.30291.4524-2.1684-2.73620.0848-2.2229-2.4544-0.8835-1.636-0.01941.6019-1.0313-0.20311.45672.12973.3784-98.75018.050668.8884
145.9173-1.99683.09883.77690.49643.11490.3409-1.6441-0.9064-0.0041-0.1661-1.3269-0.4284-0.644-0.10751.678-0.01670.46151.41820.80871.4707-80.72334.544468.712
152.3196-2.8191.14763.0741-2.20993.1373-0.219-0.0793-0.17282.27330.22153.03480.2982-0.2753-0.07072.5992-0.36221.35730.9791-0.38733.1097-48.741732.234268.5868
165.65651.468-1.53673.7816-3.5962.87830.7303-0.1039-1.55651.265-0.18412.0425-0.41191.2851-0.39061.34-0.8239-0.06411.5851-1.32191.6212-34.69463.310368.6895
172.18410.0313-1.06390.38050.62171.42-2.0249-2.93313.84440.27741.0533-1.44971.05130.86690.20921.7554-1.0812-2.5785-0.3648-3.61752.8602-52.7432-23.313868.7835
182.8220.1289-2.02997.98812.50923.3234-0.575-0.38471.71481.26640.8565-0.06671.06080.0154-0.17041.9155-0.1161-0.84690.9853-0.02141.4485-84.757-20.943368.909
193.56661.21252.09060.95690.61563.1524-1.3776-1.8186-3.59610.30050.74621.2078-1.13350.60870.07041.03810.91871.95112.55641.16283.2525-143.7506-1.8607152.133
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精密化 TLSグループ
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34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'V'
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36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'X'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る