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万見
- PDB-6dun: Crystal Structure Analysis of PIN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dun
タイトルCrystal Structure Analysis of PIN1
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1
キーワードISOMERASE / prolyl isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division ...cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / protein targeting to mitochondrion / protein peptidyl-prolyl isomerization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of amyloid-beta formation / cytoskeletal motor activity / postsynaptic cytosol / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / phosphoserine residue binding / negative regulation of protein binding / positive regulation of GTPase activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / regulation of cytokinesis / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / phosphoprotein binding / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / synapse organization / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / regulation of protein stability / negative regulation of protein catabolic process / beta-catenin binding / tau protein binding / ISG15 antiviral mechanism / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / regulation of gene expression / midbody / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / response to hypoxia / protein stabilization / nuclear speck / ciliary basal body / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / Chitinase A; domain 3 ...: / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type, conserved site / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Chitinase A; domain 3 - #40 / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / Chitinase A; domain 3 / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIHYDROXYARSENITE(III) / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Arsenic targets Pin1 and cooperates with retinoic acid to inhibit cancer-driving pathways and tumor-initiating cells.
著者: Kozono, S. / Lin, Y.M. / Seo, H.S. / Pinch, B. / Lian, X. / Qiu, C. / Herbert, M.K. / Chen, C.H. / Tan, L. / Gao, Z.J. / Massefski, W. / Doctor, Z.M. / Jackson, B.P. / Chen, Y. / Dhe-Paganon, ...著者: Kozono, S. / Lin, Y.M. / Seo, H.S. / Pinch, B. / Lian, X. / Qiu, C. / Herbert, M.K. / Chen, C.H. / Tan, L. / Gao, Z.J. / Massefski, W. / Doctor, Z.M. / Jackson, B.P. / Chen, Y. / Dhe-Paganon, S. / Lu, K.P. / Zhou, X.Z.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4624
ポリマ－27,2102
非ポリマー2522
水2,774154
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7312
ポリマ－13,6051
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7312
ポリマ－13,6051
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.270, 36.210, 51.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4154-

HOH

21A-4167-

HOH

31B-4177-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1


分子量: 13605.146 Da / 分子数: 2 / 断片: PIN1 / 変異: K77Q, K82Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-TAS / TRIHYDROXYARSENITE(III) / 亜ひ酸


分子量: 125.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsH3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2 M ammonium citrate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50.685 Å / Num. obs: 28643 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8.93
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.59-1.632.71.025198.7
7.11-50.682.80.034197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PIN

1pin


解像度: 1.59→50.685 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1987 1457 5.09 %
Rwork0.1521 --
obs0.1545 28639 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.75 Å2 / Biso mean: 24.7461 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.59→50.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 14 154 1935
Biso mean--79.13 35.61 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7682421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4061097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.59-1.64690.35581540.27832691284599
1.6469-1.71280.29911410.22332701284299
1.7128-1.79080.24281460.18812690283699
1.7908-1.88520.2051630.14992692285599
1.8852-2.00330.21431350.12992716285199
2.0033-2.1580.18221330.11772725285899
2.158-2.37510.1731370.11272726286399
2.3751-2.71880.18091490.12692731288099
2.7188-3.42530.18531550.14522718287399
3.4253-50.71040.18621440.1692792293698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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