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- PDB-6dp2: Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dp2
タイトルCrystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 7.5 mM Mg2+ and 75 mM K+ for 40 s at 21 C
要素
  • 5'-R(*AP*CP*AP*U)-3' portion of uncleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'
  • 5'-R(P*CP*G)-3' portion of uncleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'
  • DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
  • Ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/DNA/RNA / protein-RNA-DNA complex / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / HYDROLASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / DNA / RNA / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.662 Å
データ登録者Samara, N.L. / Yang, W.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Cation trafficking propels RNA hydrolysis.
著者: Samara, N.L. / Yang, W.
履歴
登録2018年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: 5'-R(*AP*CP*AP*U)-3' portion of uncleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'
b: 5'-R(P*CP*G)-3' portion of uncleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'
C: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,05017
ポリマ－19,9854
非ポリマー1,06513
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.396, 37.309, 62.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 Bb

#2: RNA鎖 5'-R(*AP*CP*AP*U)-3' portion of uncleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'


分子量: 1224.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 5'-R(P*CP*G)-3' portion of uncleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'


分子量: 605.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 16330.462 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain residues 59-196 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: rnhA, BH0863 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 172分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% PEG3350, 20% glycerol, 200 mM KI, and 25 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→20.02 Å / Num. obs: 21230 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 27.92 Å2 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 21230
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.66-1.691887176.5
8.95-20.021140190.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZBL

1zbl


解像度: 1.662→20.02 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.46
詳細: Structures refined in Phenix and nucleic acid and protein residues built in Coot
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 2065 5.01 %
Rwork0.1573 --
obs0.1593 41233 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 178.69 Å2 / Biso mean: 39.4595 Å2 / Biso min: 19.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.662→20.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 243 36 159 1538
Biso mean--70.97 45.47 -
残基数----147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081452
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0382010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.929826
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6616-1.70020.33321340.3042161229580
1.7002-1.74270.31171410.26592556269795
1.7427-1.78980.26041180.23462689280796
1.7898-1.84240.27221520.22542532268496
1.8424-1.90190.27171310.22582631276296
1.9019-1.96980.21561500.22252672282296
1.9698-2.04860.22931630.17492554271797
2.0486-2.14170.25911270.18412669279697
2.1417-2.25450.18991490.17132619276897
2.2545-2.39550.20461400.16292635277597
2.3955-2.58010.21221620.15912646280898
2.5801-2.83910.2103960.15892738283498
2.8391-3.24840.17421290.15572665279499
3.2484-4.0870.17241570.12922692284998
4.087-20.02480.1631160.12862709282599
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined4.7162-1.19692.17052.0996-0.81154.12420.28680.2965-0.3884-0.1598-0.1635-0.07960.41470.2534-0.11130.23850.03040.03010.18390.00040.20525.013-5.730517.1698
2refined3.8753-3.0552-3.34843.39871.09276.0224-0.1215-0.2321-1.27790.06220.0063-0.39680.60240.44370.04370.28560.04910.02860.2370.02990.42527.8684-11.548824.0764
3refined5.0236-0.08113.59810.87820.53955.19660.0918-0.314-0.1306-0.0419-0.05520.05640.0345-0.3666-0.02370.17790.02630.03580.18060.00730.194921.8323-0.926723.4052
4refined7.1038-6.1136-1.44366.9253.6957.75090.20650.08990.4413-0.3678-0.099-0.5229-1.15450.1242-0.0960.3908-0.02840.04870.18780.05190.279823.80649.355516.6514
5refined8.2504-1.13641.66573.14320.25086.28890.06140.15720.4474-0.1499-0.42560.6065-0.696-1.07110.25870.42540.2728-0.00060.4716-0.11390.29728.58957.612616.2021
6refined7.81382.29787.09033.71962.87557.95230.189-0.60820.11120.0081-0.2640.235-0.2438-0.74510.13780.27180.08040.03490.3485-0.02940.260912.31085.748124.9392
7refined4.5472-1.6994-1.04143.43141.83846.83330.21710.31860.0353-0.2871-0.0868-0.2220.02120.3312-0.15830.21540.04120.0330.20740.04450.209628.8759-0.375118.3114
8refined5.6251.10913.62512.0691-0.34532.9483-0.06860.61780.0024-0.6214-0.1104-0.08030.04690.29630.22020.39980.07310.05980.37940.01330.247123.67691.1694.6333
9refined3.9147-0.8813-1.65315.01883.25338.8045-0.02170.3484-0.1878-1.0012-0.24280.2846-0.4133-0.32930.28920.48630.1135-0.01920.3041-0.00250.223716.3383.60913.3001
10
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 61 through 87 )A61 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 96 )A88 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 133 )A97 - 133
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 134 through 142 )A134 - 142
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 143 through 155 )A143 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 169 )A156 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 170 through 196 )A170 - 196
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'B' and (resid 1 through 4 )) OR (chain 'b' and (resid 5 through 6 ))B1 - 4
10X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 6 )C1 - 6
9X-RAY DIFFRACTION8(chain 'B' and (resid 1 through 4 )) OR (chain 'b' and (resid 5 through 6 ))b5 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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