登録情報 データベース : PDB / ID : 6don 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Crystal Structure of Bacillus Halodurans Ribonuclease H1 in Complex with an RNA/DNA Hybrid: Reaction in 2 mM Mg2+ and 100 mM K+ for 120 s at 21 C (dataset 1) 要素5'-R(*AP*CP*AP*U)-3' portion of cleaved RNA 5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3'5'-R(P*CP*G)-3' portion of cleaved RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*CP*G)-3')DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*GP*T)-3')Ribonuclease H 詳細キーワード HYDROLASE/DNA/RNA / protein-RNA-DNA complex / double helix / RNA hydrolysis / in crystallo catalysis / metal dependent catalysis / monovalent cations / divalent cations / HYDROLASE-DNA-RNA complex機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily ... Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Caulimovirus viroplasmin / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性生物種 Bacillus halodurans (バクテリア)synthetic construct (人工物) 手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 1.422 Å 詳細データ登録者 Samara, N.L. / Yang, W. 引用ジャーナル : Nat. Struct. Mol. Biol. / 年 : 2018タイトル : Cation trafficking propels RNA hydrolysis.著者 : Samara, N.L. / Yang, W. 履歴 登録 2018年6月9日 登録サイト : RCSB / 処理サイト : RCSB改定 1.0 2018年8月15日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2023年10月11日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond ... chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item : _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ... _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
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