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- PDB-6do3: KLHDC2 ubiquitin ligase in complex with SelK C-end degron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6do3
タイトルKLHDC2 ubiquitin ligase in complex with SelK C-end degron
要素
  • Kelch domain-containing protein 2
  • SelK C-end Degron
キーワードLIGASE / kelch repeat / beta-propeller / degron / complex / substrate receptor / E3 / ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein palmitoylation / respiratory burst after phagocytosis / regulation of protein transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / macrophage derived foam cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress ...protein palmitoylation / respiratory burst after phagocytosis / regulation of protein transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / macrophage derived foam cell differentiation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of T cell migration / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-6 production / calcium ion transport / positive regulation of tumor necrosis factor production / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / nuclear body / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Selenoprotein SelK/SelG / Selenoprotein SelK_SelG / : / Galactose oxidase, central domain / Kelch-type beta propeller
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch domain-containing protein 2 / Selenoprotein K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.165 Å
データ登録者Rusnac, D.V. / Lin, H.C. / Yen, H.C.S. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2018
タイトル: Recognition of the Diglycine C-End Degron by CRL2KLHDC2Ubiquitin Ligase.
著者: Rusnac, D.V. / Lin, H.C. / Canzani, D. / Tien, K.X. / Hinds, T.R. / Tsue, A.F. / Bush, M.F. / Yen, H.S. / Zheng, N.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch domain-containing protein 2
C: SelK C-end Degron
B: Kelch domain-containing protein 2
D: SelK C-end Degron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9544
ポリマ－83,9544
非ポリマー00
水3,747208
1
A: Kelch domain-containing protein 2
C: SelK C-end Degron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9772
ポリマ－41,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
2
B: Kelch domain-containing protein 2
D: SelK C-end Degron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9772
ポリマ－41,9772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.816, 87.779, 88.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kelch domain-containing protein 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor- ...Hepatocellular carcinoma-associated antigen 33 / Host cell factor homolog LCP / Host cell factor-like protein 1 / HCLP-1


分子量: 41351.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHDC2, HCA33 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y2U9
#2: タンパク質・ペプチド SelK C-end Degron


分子量: 625.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6D0*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.03M MgCl2*6H2O, 0.03M CaCl2*2H2O, 0.05M Imidazole, 0.05M MES monohydrate, 12.5% v/v MPD, 12.5% PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 35125 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 1.653 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.194.30.59817590.7720.3160.6790.68999.2
2.19-2.235.20.57217130.8260.2720.6350.68499.8
2.23-2.275.80.55817340.870.250.6120.704100
2.27-2.326.30.5318040.8960.2260.5770.709100
2.32-2.376.80.49317100.920.2030.5340.704100
2.37-2.427.20.51217510.9070.2040.5520.727100
2.42-2.487.40.43717710.9340.1720.470.759100
2.48-2.557.50.40317220.9360.1570.4330.807100
2.55-2.627.60.33517750.960.1310.360.868100
2.62-2.717.60.28717260.9680.1120.3080.99100
2.71-2.817.50.25617610.9760.10.2751.023100
2.81-2.927.50.2217560.9760.0860.2361.305100
2.92-3.057.50.18117520.9840.0710.1951.564100
3.05-3.217.50.15517400.9850.0610.1671.853100
3.21-3.417.40.13517680.990.0540.1462.274100
3.41-3.687.30.11717760.990.0470.1272.736100
3.68-4.0570.10117490.9930.0410.1093.211100
4.05-4.636.70.08417770.9940.0360.0923.739100
4.63-5.836.80.08417640.9930.0350.0913.51100
5.83-506.70.08418170.9950.0360.0913.53599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VPJ

2vpj


解像度: 2.165→43.391 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2232 1993 5.68 %
Rwork0.1659 --
obs0.1691 35101 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.79 Å2 / Biso mean: 22.07 Å2 / Biso min: 7.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.165→43.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5136 0 0 208 5344
Biso mean---22.92 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085310
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.167227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2131835
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1652-2.21930.26211270.20312029215685
2.2193-2.27930.23551360.183323902526100
2.2793-2.34640.23281420.169323752517100
2.3464-2.42210.30771440.182923382482100
2.4221-2.50870.23441480.181324292577100
2.5087-2.60910.23691430.177323652508100
2.6091-2.72780.25911420.182823812523100
2.7278-2.87160.2611460.187423882534100
2.8716-3.05150.24211440.180223672511100
3.0515-3.2870.25421450.173524042549100
3.287-3.61770.19881440.15223642508100
3.6177-4.14080.17261430.137324292572100
4.1408-5.21560.18811450.132724102555100
5.2156-43.39950.21351440.180824392583100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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