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- PDB-6dmx: HBZ56 in complex with KIX and c-Myb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dmx
タイトルHBZ56 in complex with KIX and c-Myb
要素
  • BZIP factor
  • CREB-binding protein
  • Transcriptional activator Myb
キーワードTRANSCRIPTION / transcription coactivator / transcription factor / viral / eukaryotic / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of testosterone secretion / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / myeloid cell development / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production ...positive regulation of testosterone secretion / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / myeloid cell development / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / positive regulation of hepatic stellate cell proliferation / Attenuation phase / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / cAMP response element binding protein binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of hepatic stellate cell activation / positive regulation of cell adhesion molecule production / germ-line stem cell population maintenance / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / embryonic digestive tract development / stem cell division / CD209 (DC-SIGN) signaling / Estrogen-dependent gene expression / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / myeloid cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / histone H3K18 acetyltransferase activity / cellular response to interleukin-6 / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / MRF binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / face morphogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / WD40-repeat domain binding / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of dendritic spine development / SMAD binding / behavioral response to cocaine / acetyltransferase activity / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / homeostasis of number of cells / histone acetyltransferase complex / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / long-term memory / histone acetyltransferase activity / positive regulation of glial cell proliferation / histone acetyltransferase / spleen development / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / viral process / B cell differentiation / thymus development / cellular response to leukemia inhibitory factor / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / protein destabilization / protein modification process / chromatin DNA binding / cellular response to virus / PML body / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium ion transport / cellular response to UV / disordered domain specific binding / positive regulation of neuron apoptotic process / rhythmic process / mitotic cell cycle / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / chromatin binding / host cell nucleus / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin
類似検索 - 分子機能
HTLV-1 basic zipper factor / Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding ...HTLV-1 basic zipper factor / Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Myb domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator Myb / HTLV-1 basic zipper factor / Histone lysine acetyltransferase CREBBP / BZIP factor
類似検索 - 構成要素
生物種Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yang, K. / Wright, P.E. / Stanfield, R.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)CA214054 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for cooperative regulation of KIX-mediated transcription pathways by the HTLV-1 HBZ activation domain.
著者: Yang, K. / Stanfield, R.L. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wilson, I.A. / Wright, P.E.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: BZIP factor
C: Transcriptional activator Myb
D: CREB-binding protein
A: Transcriptional activator Myb
B: CREB-binding protein
J: BZIP factor
H: Transcriptional activator Myb
I: CREB-binding protein
F: Transcriptional activator Myb
G: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,78110
ポリマ－69,78110
非ポリマー00
水00
1
E: BZIP factor
C: Transcriptional activator Myb
D: CREB-binding protein
A: Transcriptional activator Myb
B: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8915
ポリマ－34,8915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
2
J: BZIP factor
H: Transcriptional activator Myb
I: CREB-binding protein
F: Transcriptional activator Myb
G: CREB-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8915
ポリマ－34,8915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.997, 80.311, 64.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21J
12C
22A
13C
23H
14C
24F
15D
25B
16D
26I
17D
27G
18A
28H
19A
29F
110B
210I
111B
211G
112H
212F
113I
213G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLUEA16 - 5318 - 55
21GLUGLUGLUGLUJF16 - 5318 - 55
12ASPASPGLUGLUCB288 - 3085 - 25
22ASPASPGLUGLUAD288 - 3085 - 25
13ASPASPGLUGLUCB288 - 3085 - 25
23ASPASPGLUGLUHG288 - 3085 - 25
14ASPASPGLUGLUCB288 - 3085 - 25
24ASPASPGLUGLUFI288 - 3085 - 25
15TRPTRPSERSERDC591 - 6707 - 86
25TRPTRPSERSERBE591 - 6707 - 86
16TRPTRPARGARGDC591 - 6717 - 87
26TRPTRPARGARGIH591 - 6717 - 87
17TRPTRPSERSERDC591 - 6707 - 86
27TRPTRPSERSERGJ591 - 6707 - 86
18GLUGLUGLUGLUAD287 - 3084 - 25
28GLUGLUGLUGLUHG287 - 3084 - 25
19ASPASPGLUGLUAD288 - 3085 - 25
29ASPASPGLUGLUFI288 - 3085 - 25
110TRPTRPSERSERBE591 - 6707 - 86
210TRPTRPSERSERIH591 - 6707 - 86
111LYSLYSLEULEUBE589 - 6725 - 88
211LYSLYSLEULEUGJ589 - 6725 - 88
112ASPASPGLUGLUHG288 - 3085 - 25
212ASPASPGLUGLUFI288 - 3085 - 25
113TRPTRPSERSERIH591 - 6707 - 86
213TRPTRPSERSERGJ591 - 6707 - 86

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13

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要素

#1: タンパク質 BZIP factor


分子量: 6300.014 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-56 / 変異: C9A, C14A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
遺伝子: HBZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2Q067, UniProt: P0C746*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Transcriptional activator Myb / Proto-oncogene c-Myb


分子量: 3810.263 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 284-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06876
#3: タンパク質
CREB-binding protein


分子量: 10485.053 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 284-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crebbp, Cbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45481, histone acetyltransferase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 13196 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AGH

2agh


解像度: 2.8→40.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 30.023 / SU ML: 0.546 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.505 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30083 660 5 %RANDOM
Rwork0.23871 ---
obs0.24198 12521 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 94.383 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20.3 Å2
2--4.76 Å20 Å2
3----3.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4187 0 0 0 4187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0154244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0561.7375685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.411.7059312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8415495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.66116.963135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.30515671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.251532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.0919.4632013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.0899.4632014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.58714.1722497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.58514.1722498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.44810.0892231
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.44710.0892232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.49914.9253189
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.6124921
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.6114922
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E10930.11
12J10930.11
21C5840.12
22A5840.12
31C5840.1
32H5840.1
41C5720.11
42F5720.11
51D26200.1
52B26200.1
61D25820.09
62I25820.09
71D25120.11
72G25120.11
81A6210.1
82H6210.1
91A5720.12
92F5720.12
101B25110.12
102I25110.12
111B27050.07
112G27050.07
121H5640.14
122F5640.14
131I24080.12
132G24080.12
LS精密化 シェル解像度: 2.802→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 53 -
Rwork0.424 824 -
obs--84.73 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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