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万見
- PDB-2agh: Structural basis for cooperative transcription factor binding to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2agh
タイトルStructural basis for cooperative transcription factor binding to the CBP coactivator
要素
  • Crebbp protein
  • Myb proto-oncogene protein
  • Zinc finger protein HRX
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / myeloid cell development / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex ...Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / myeloid cell development / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein-cysteine methyltransferase activity / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / response to potassium ion / embryonic digestive tract development / unmethylated CpG binding / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / histone H3K4 trimethyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / myeloid cell differentiation / negative regulation of interferon-beta production / stem cell division / cellular response to interleukin-6 / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / definitive hemopoiesis / MRF binding / histone H3K4 methyltransferase activity / face morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / T-helper 2 cell differentiation / embryonic hemopoiesis / exploration behavior / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / WD40-repeat domain binding / protein-lysine-acetyltransferase activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / TFIIB-class transcription factor binding / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / membrane depolarization / homeostasis of number of cells / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / negative regulation of fibroblast proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / spleen development / homeostasis of number of cells within a tissue / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / B cell differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / thymus development / post-embryonic development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / : / circadian regulation of gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / protein destabilization / visual learning / protein modification process / PML body / cellular response to virus / PKMTs methylate histone lysines
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 ...Coactivator CBP, KIX domain / Transcription regulator Wos2-domain / LMSTEN motif / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Zinc finger ZZ-type signature. / Myb domain / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator Myb / Histone lysine acetyltransferase CREBBP / Histone-lysine N-methyltransferase 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者De Guzman, R.N. / Goto, N.K. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for Cooperative Transcription Factor Binding to the CBP Coactivator
著者: De Guzman, R.N. / Goto, N.K. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2005年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年7月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation ...diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_refine.method ..._pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_refine.method / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myb proto-oncogene protein
B: Crebbp protein
C: Zinc finger protein HRX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6113
ポリマ－16,6113
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest energy and lowest distance and angle violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Myb proto-oncogene protein / C-myb


分子量: 2947.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myb / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06876
#2: タンパク質 Crebbp protein


分子量: 10353.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CBP, CREBBP / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45481
#3: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein HRX / ALL-1 / Trithorax-like protein


分子量: 3309.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLL, ALL1, HRX, HTRX, TRX1 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03164

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N HSQC
1212D 13C HSQC
1312D 13C-{13C} SED
1412D 13C-{15N} SED
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D HBHA(CBCACO)NH
1913D C(CO)NH-TOCSY
11013D H(CCO)NH-TOCSY
11113D CCH-COSY
11213D CCH-TOCSY
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D HACAHB-COSY
11513D HNHB
11613D HNHA
11713D 13C-EDITED NOESY
11813D 13C,15N-EDITED NOESY
11913D 12C-FILTERED/13C-EDITED NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.8 mM 15N,13C-labeled protein (e.g. CBP) + 3 fold excess of unlabeled binding partners (MYB + MLL), 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
213C,15N-MYB + UNLABELED CBP & MYB, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
313C,15N-MLL + UNLABELED CBP & MLL, 20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O20 mM Tris-d3-acetate, 50 mM NaCl, 0.2% sodium azide, 10% D2O
試料状態pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker DRXBrukerDRX7503
Bruker DRXBrukerDRX6004

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberDavid Case et al.精密化
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: iNITIAL STRUCTURE CALCULATION USING TORSION ANGLE DYNAMICS IN DYANA FOLLOWED BY REFINEMENT IN AMBER USING SIMULATED ANNEALING AND ENERGY MINIMIZATION IN VACUO AND GENERALIZED BORN POTENTIAL
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy and lowest distance and angle violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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