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- PDB-6q44: Est3 telomerase subunit in the yeast Hansenula polymorpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q44
タイトルEst3 telomerase subunit in the yeast Hansenula polymorpha
要素Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN BINDING / Telomerase / Est3 / OB-fold
機能・相同性Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / telomerase holoenzyme complex / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / chromosome, telomeric region / Telomere replication protein EST3
機能・相同性情報
生物種Ogataea parapolymorpha DL-1 (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mantsyzov, A.B. / Mariasina, S.S. / Petrova, O.A. / Efimov, S.V. / Dontsova, O.A. / Polshakov, V.I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation14-14-00598 ロシア
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Insights into the structure and function of Est3 from the Hansenula polymorpha telomerase.
著者: Shepelev, N.M. / Mariasina, S.S. / Mantsyzov, A.B. / Malyavko, A.N. / Efimov, S.V. / Petrova, O.A. / Rodina, E.V. / Zvereva, M.I. / Dontsova, O.A. / Polshakov, V.I.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2018
タイトル: Chemical shift assignments and the secondary structure of the Est3 telomerase subunit in the yeast Hansenula polymorpha.
著者: Mariasina, S.S. / Efimov, S.V. / Petrova, O.A. / Rodina, E.V. / Malyavko, A.N. / Zvereva, M.I. / Klochkov, V.V. / Dontsova, O.A. / Polshakov, V.I.
履歴
登録2018年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4801
ポリマ－20,4801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1rmsd

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 20480.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ogataea parapolymorpha DL-1 (菌類) / 遺伝子: HPODL_02192 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W1QJK4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-13C NOESY
123isotropic23D 1H-15N NOESY
133isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
151isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
184isotropic22D DQF-COSY
174isotropic22D 1H-1H NOESY
162isotropic23D HNCO
1132isotropic23D HN(CO)CA
1122isotropic23D HNCA
1112isotropic23D HN(CA)CB
1102isotropic23D CBCA(CO)NH
193isotropic2HNHA
1163isotropic2HNHB
1151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic22D HBCB(CGCD)HD
1191isotropic22D HBCB(CGCDCE)HE
1183isotropic23D 1H-15N TOCSY
1173isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Est3, 100 mM KCl, 50 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 2 % sodium azide, 100% D2O13C; 15N D2O100% D2O
solution20.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Est3, 100 mM KCl, 50 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O13C; 15N H2O/D2O90% H2O/10% D2O
solution30.8 mM [U-99% 15N] Est3, 100 mM KCl, 50 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N H2O/D2O90% H2O/10% D2O
solution41 mM Est3, 100 mM KCl, 50 mM sodium phosphate, 3 mM DTT, 2 % sodium azide, 100% D2OUnl100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMEst3[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMKClnatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
3 mMDTTnatural abundance1
2 %sodium azidenatural abundance1
0.7 mMEst3[U-99% 13C; U-99% 15N]2
100 mMKClnatural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
3 mMDTTnatural abundance2
2 %sodium azidenatural abundance2
0.8 mMEst3[U-99% 15N]3
100 mMKClnatural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
3 mMDTTnatural abundance3
2 %sodium azidenatural abundance3
1 mMEst3natural abundance4
100 mMKClnatural abundance4
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
3 mMDTTnatural abundance4
2 %sodium azidenatural abundance4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: Est3 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Equipped with triple resonance (1H, 13C, 15N) probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002Equipped with quadruple resonance (1H, 13C, 15N, 31P) CryoProbe

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: rmsd
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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