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- PDB-6dm4: Crystal structure of the SH2 domain from RavO (Lpg1129) from Legi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dm4
タイトルCrystal structure of the SH2 domain from RavO (Lpg1129) from Legionella pneumophila in complex with Homo sapiens Shc1 phospho-Tyr317 peptide
要素
  • RavO
  • Shc1 phospho-Tyr317 peptide
キーワードPROTEIN BINDING / SH2 domain / Src homolog 2 domain / Shc1 / phosphopeptide binding / LEGIONELLA PNEUMOPHILA / STRUCTURAL GENOMICS / APC108076 / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of superoxide metabolic process / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / XBP1(S) activates chaperone genes / neurotrophin TRKA receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / Shc-EGFR complex / Signaling by LTK / epidermal growth factor binding ...regulation of superoxide metabolic process / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / XBP1(S) activates chaperone genes / neurotrophin TRKA receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / Shc-EGFR complex / Signaling by LTK / epidermal growth factor binding / epidermal growth factor receptor binding / Signaling by ALK / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signal attenuation / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Tie2 Signaling / insulin-like growth factor receptor binding / SHC1 events in EGFR signaling / phosphotyrosine residue binding / ephrin receptor binding / Integrin signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / FCERI mediated Ca+2 mobilization / negative regulation of angiogenesis / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / insulin receptor binding / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / cellular response to growth factor stimulus / phospholipid binding / receptor tyrosine kinase binding / cell-cell adhesion / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / GPER1 signaling / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / DAP12 signaling / insulin receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / heart development / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / mitochondrial matrix / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphotyrosine interaction domain, Shc-like / SH2 adaptor protein C, SH2 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains ...Phosphotyrosine interaction domain, Shc-like / SH2 adaptor protein C, SH2 domain / : / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SHC-transforming protein 1 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Kaneko, T. / Li, S. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM074942 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the SH2 domain from RavO (Lpg1129) from Legionella pneumophila in complex with Homo sapiens Shc1 phospho-Tyr317 peptide
著者: Kaneko, T.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RavO
E: Shc1 phospho-Tyr317 peptide
B: RavO
C: RavO
G: Shc1 phospho-Tyr317 peptide
D: RavO
H: Shc1 phospho-Tyr317 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,29613
ポリマ－57,7207
非ポリマー5766
水7,963442
1
A: RavO
E: Shc1 phospho-Tyr317 peptide
B: RavO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8017
ポリマ－28,4173
非ポリマー3844
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area13700 Å2
2
C: RavO
G: Shc1 phospho-Tyr317 peptide
D: RavO
H: Shc1 phospho-Tyr317 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4956
ポリマ－29,3034
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.454, 45.035, 74.748
Angle α, β, γ (deg.)72.60, 90.14, 77.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
RavO


分子量: 13765.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg1129 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q5ZWF6
#2: タンパク質・ペプチド Shc1 phospho-Tyr317 peptide


分子量: 885.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29353*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 mM pTyr317 Shc1 peptide, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 5K MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 41529 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 33.19
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique obs: 2095 / CC1/2: 0.864 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 0.696 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→14.815 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 1977 4.82 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1847 41046 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.815 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4013 0 30 442 4485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6165618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5641555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003708
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94740.33971470.27112763X-RAY DIFFRACTION96
1.9474-20.26961440.24442784X-RAY DIFFRACTION97
2-2.05870.24741370.22522785X-RAY DIFFRACTION96
2.0587-2.12490.28271290.21662806X-RAY DIFFRACTION97
2.1249-2.20070.26641490.21292780X-RAY DIFFRACTION97
2.2007-2.28850.2611360.21022819X-RAY DIFFRACTION97
2.2885-2.39220.25071390.19982789X-RAY DIFFRACTION97
2.3922-2.51770.29371370.20992842X-RAY DIFFRACTION98
2.5177-2.67460.26631430.21242817X-RAY DIFFRACTION98
2.6746-2.87970.25141500.19942797X-RAY DIFFRACTION98
2.8797-3.1670.23371400.19122856X-RAY DIFFRACTION98
3.167-3.61940.23671450.17252792X-RAY DIFFRACTION98
3.6194-4.53820.17991450.14352815X-RAY DIFFRACTION98
4.5382-14.8150.20021360.16262624X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.67310.01793.23486.8369-2.98883.6047-0.4959-2.0394-0.21831.03090.3554-0.0271-0.2193-0.22660.07730.40380.22870.00070.82570.0820.3626-20.866725.3806-48.325
24.5181-0.0004-3.83574.52381.74227.9255-0.05250.05190.1446-0.41980.15670.30640.222-0.5301-0.10.26260.0555-0.09580.35040.02930.3027-21.529926.5171-69.4737
38.47080.9026-2.19044.7449-3.84985.3763-0.31950.2719-0.3114-1.13940.67280.26231.1259-0.0957-0.42330.42990.0231-0.10130.3531-0.02280.2697-18.743422.2354-64.875
45.48365.47125.3335.46655.33025.2645-0.21780.9575-5.0721-0.8990.32620.63572.48550.81460.01851.20340.0570.0361.0117-0.15271.89-20.96867.8996-53.2084
54.7469-0.834-0.44055.1431-2.416.99190.01550.1203-0.1646-0.38460.0745-0.05461.00920.6724-0.01780.30390.1421-0.06160.4166-0.04750.3025-13.211819.6858-63.9521
66.4224-0.5612-0.86176.051.20834.9256-0.2701-1.1134-0.75140.8505-0.0359-0.07530.82210.31830.23370.58490.241-0.08620.79670.06510.4278-13.104417.1693-50.0415
74.17280.04310.86298.57762.15415.46030.2679-0.5723-0.48310.22920.2842-1.21441.04130.963-0.5590.44230.2357-0.02080.7421-0.00310.3731-7.939118.1238-54.682
86.8882-4.1172-6.78059.22396.4979.16710.52270.21640.7876-0.6034-0.0698-0.6169-0.45620.3438-0.38970.25650.117-0.04350.5999-0.04480.3658-4.892326.5231-63.7874
96.26256.9108-2.95989.7123-3.16841.41550.47220.9794-1.2707-0.4627-0.415-0.81810.53931.1573-0.00320.96250.1485-0.07440.7846-0.06210.5328-7.917714.9499-67.1267
106.80970.328-0.78788.9827-1.75812.48010.07610.1907-2.0135-0.7321-0.0332-0.49451.59690.0060.01550.5608-0.0343-0.0410.35230.01530.6911-29.188721.1075-52.919
115.26392.97041.10987.23013.58547.16610.1572-0.02380.4579-0.22330.0568-0.2374-1.30440.5651-0.17860.3937-0.08690.06290.26840.0130.3239-28.384741.7457-48.8773
127.0575-1.00771.03242.9893-3.91775.7237-0.3547-0.00390.13730.9264-0.0167-0.3626-1.1361-0.00590.46010.4009-0.0382-0.03340.2331-0.02410.2681-31.282836.1488-45.6667
131.60660.57031.49364.00883.92144.42650.5354-2.5109-2.2351.9344-0.4902-1.04471.4673-0.1921-0.28671.0294-0.0539-0.17310.88840.23930.5961-31.249720.1181-36.7066
144.7857-0.44810.97188.08850.4177.33820.1459-0.0990.2791-0.1705-0.28070.2271-0.6164-0.96310.1180.22150.0476-0.00080.3617-0.01880.2127-37.375636.6136-43.9379
155.37440.2075-0.06373.98822.59747.7870.2604-0.137-0.60460.6106-0.40710.04581.1205-0.91340.14260.4032-0.1849-0.00290.3968-0.01830.3301-40.366223.4716-45.0661
168.8332-0.11890.01265.55671.04977.3545-0.0384-0.21140.2285-0.1292-0.32130.7628-0.9293-1.09980.32210.31620.1076-0.04680.6278-0.06340.3286-45.325736.8568-50.1645
176.7648-0.02840.07114.0259-4.83395.81390.09021.0309-0.6703-1.92780.18390.8306-0.0949-0.6255-0.24991.00890.1884-0.16520.4837-0.0460.4133-30.322536.9576-92.2565
186.5672-0.7495-4.44246.02850.90083.35860.1065-0.1746-0.0586-0.2746-0.03150.06960.0227-0.1703-0.05130.32520.016-0.05030.28220.05180.2002-27.887737.3722-71.1903
197.8618-0.72961.80926.3996-0.75778.43680.0123-0.05280.0678-0.0766-0.00820.7588-0.1487-1.09640.03750.37730.09550.01580.34830.05560.3572-36.772943.0333-78.3492
207.10750.9823-0.81822.2462-1.76296.15950.14440.18150.5115-0.55340.23250.5667-0.5849-0.9371-0.4260.76440.1698-0.06560.37130.05390.3982-35.368749.3222-87.9055
217.2716-4.2403-5.54538.23696.84887.55020.1029-0.31120.5773-0.24110.2695-0.629-0.93570.2844-0.27810.6030.07710.03610.26160.04010.3165-25.453952.3199-77.314
225.77811.99715.73161.84151.99485.6796-0.3838-0.14361.11980.96470.2141-0.1451-1.3482-0.07290.19830.97960.0885-0.00690.7821-0.08820.7475-36.598250.8439-72.2247
232.25431.8857-0.1967.49022.0062.75920.1366-0.48350.2178-0.3571-0.29911.277-0.2806-1.33080.17560.51440.0687-0.11120.588-0.05350.5484-36.142929.6532-87.4896
243.9846-0.783-2.79944.38272.54047.147-0.02760.08560.2502-0.40840.5427-1.3014-0.52961.3522-0.47860.4028-0.07170.03640.5195-0.1090.5675-16.575526.0194-92.664
259.37921.030.17864.17420.38298.83060.04250.16440.2901-0.189-0.0062-0.4259-0.0290.6033-0.0130.379-0.02250.00660.2849-0.06360.3079-22.465224.2268-95.3732
266.8186-0.6287-4.55520.06040.46573.387-0.25032.33740.7688-2.0692-0.35740.7246-2.0909-0.49030.35281.44890.2643-0.24321.0890.20270.7011-37.818129.3517-104.7804
279.7886-1.80060.69635.08542.02628.3471-0.13730.0954-0.4087-0.04280.1436-0.26950.4160.53080.02340.34910.0146-0.02410.22330.01420.2315-25.20819.098-97.0186
282.8875-0.4019-0.47342.98231.59783.4752-0.1835-0.0634-0.170.3942-0.29770.30760.541-1.42220.44250.3434-0.05340.01160.3737-0.05050.2361-36.665618.0479-95.3781
295.1177-0.9189-0.88785.4020.08366.8648-0.2534-0.2552-0.66380.3580.097-0.16361.49130.69650.09480.63860.0819-0.05040.30340.03870.3009-25.233210.8996-90.1505
303.1585-3.81861.9854.9651-3.46335.63990.03260.3535-0.7253-0.2051-0.1319-0.04351.39430.09270.22560.78940.0978-0.04070.5453-0.11640.424-24.312913.3716-101.7459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 226 through 237 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 238 through 258 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 259 through 273 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 278 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 279 through 300 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 301 through 308 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 309 through 324 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 325 through 344 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 902 through 908 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 226 through 237 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 238 through 258 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 259 through 273 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 274 through 279 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 280 through 299 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 300 through 324 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 325 through 344 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 226 through 237 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 238 through 263 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 264 through 299 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 300 through 324 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 325 through 344 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'G' and (resid 902 through 907 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 226 through 237 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 238 through 258 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 259 through 273 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 274 through 278 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 279 through 300 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 301 through 324 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 325 through 344 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 902 through 908 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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