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- PDB-6dks: Structure of the Rbpj-SHARP-DNA Repressor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dks
タイトルStructure of the Rbpj-SHARP-DNA Repressor Complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • Recombining binding protein suppressor of hairless
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Notch Signaling / Rbpjk / SHARP / MINT / CSL / Transport-DNA Binding-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of heart left/right asymmetry / regulation of generation of precursor metabolites and energy / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / regulation of reproductive process / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway ...determination of heart left/right asymmetry / regulation of generation of precursor metabolites and energy / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / regulation of reproductive process / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / sebaceous gland development / endocardium morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / aortic valve development / auditory receptor cell fate commitment / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / positive regulation of transcription of Notch receptor target / Notch-HLH transcription pathway / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / heart induction / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / pituitary gland development / endocardium development / atrioventricular canal development / cardiac muscle cell myoblast differentiation / hair follicle maturation / myeloid dendritic cell differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / regulation of epithelial cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / negative regulation of cold-induced thermogenesis / labyrinthine layer blood vessel development / artery morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / heart looping / outflow tract morphogenesis / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / humoral immune response / hemopoiesis / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / cell fate commitment / somitogenesis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / negative regulation of stem cell proliferation / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / B cell differentiation / epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / protein-DNA complex / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain ...LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / DNA / DNA (> 10) / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Recombining binding protein suppressor of hairless
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Kovall, R.A. / VanderWielen, B.D. / Yuan, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)NCI CA178974 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Studies of the RBPJ-SHARP Complex Reveal a Conserved Corepressor Binding Site.
著者: Yuan, Z. / VanderWielen, B.D. / Giaimo, B.D. / Pan, L. / Collins, C.E. / Turkiewicz, A. / Hein, K. / Oswald, F. / Borggrefe, T. / Kovall, R.A.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
E: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
G: Recombining binding protein suppressor of hairless
H: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,47210
ポリマ－202,7878
非ポリマー6852
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14570 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area78350 Å2
2
A: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
D: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7365
ポリマ－101,3944
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area39870 Å2
手法PISA
3
E: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
G: Recombining binding protein suppressor of hairless
H: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7365
ポリマ－101,3944
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area39500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.450, 231.570, 90.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4503.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4673.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa


分子量: 47869.641 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 53-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbpj, Igkjrb1, Igkrsbp, Rbpsuh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31266
#4: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 44347.074 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 28-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0
#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.6 / 詳細: Bis-Tris pH6.6 100mM NaCl 40% PEG400 200mM NDSB-256

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月8日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 54503 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 72.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 3903 / % possible all: 95.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BRG, 3H4Z

3brg

3h4z


解像度: 2.78→38.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9193 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8941 / SU R Cruickshank DPI: 2.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.014 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.314
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 2756 5.06 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
obs0.1966 54503 98.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 77.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.7861 Å20 Å213.699 Å2
2--6.2534 Å20 Å2
3---13.5327 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.369 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.78→38.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12174 1218 46 0 13438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813877HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9619190HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4292SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes268HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1930HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13877HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1887SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14466SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 207 5.3 %
Rwork0.2489 3696 -
all0.2501 3903 -
obs--95.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.69213.2902-1.2411.4695-1.66191.28520.0204-0.15310.2113-0.12350.0021-0.3065-0.18310.2225-0.02250.4327-0.3127-0.0196-0.0931-0.1758-0.0966-28.435444.272-52.8423
2-1.0603-5.09923.30786.9650.40333.50910.03110.1510.3218-0.12510.05520.1457-0.1825-0.2316-0.08630.65560.2318-0.1913-0.6720.107-0.0838-41.09640.6758-67.5445
36.3488-0.2669-1.93210.9836-2.6640.9940.05580.3816-0.1987-0.1707-0.05190.025-0.0302-0.0528-0.00390.33640.0631-0.1656-0.32210.167-0.0385-39.33833.0369-84.7012
44.4113-3.8148-2.12220.10841.55753.89070.0537-0.15940.23420.1259-0.02940.2639-0.2666-0.0108-0.02430.5920.2789-0.3140.17340.4951-0.2346-47.932736.1065-83.7127
52.1485-5.2916-1.51721.0014-4.85060.18130.0604-0.06360.2097-0.03880.0331-0.1766-0.62250.038-0.09360.2322-0.1248-0.1141-0.63260.1507-0.4003-35.681535.3005-71.1078
60.5532-1.2723-1.79727.07243.33352.40010.0086-0.2720.2292-0.05390.13940.0578-0.2628-0.2065-0.1480.7826-0.2079-0.0786-0.2757-0.0535-0.1495-36.262745.9838-57.1072
71.0523-0.20620.53313.80590.1171.7822-0.0125-0.04770.1815-0.3333-0.00270.2705-0.0927-0.15760.0151-0.17620.01470.07280.06090.0285-0.0164-38.32491.9824-61.1441
82.2406-0.5109-0.22162.5494-0.85133.31380.03670.11690.28730.0364-0.07690.5031-0.44320.02930.0402-0.13030.04190.0409-0.02030.0742-0.0507-39.20614.9977-60.5389
94.53132.0586-1.34082.322-0.25678.5943-0.33050.248-0.1731-0.2403-0.1601-0.5667-1.20871.68690.4906-0.1956-0.27070.01450.13030.2083-0.1554-18.698622.8798-70.767
103.983-1.40014.11782.3129-1.33296.0415-0.413-0.18080.37380.68660.0574-0.2595-0.61-0.13130.3556-0.0148-0.0388-0.0323-0.16870.0324-0.1954-27.3731-7.0787-42.2841
113.22121.4417-1.05732.8885-1.69753.90820.4956-0.05970.72870.1988-0.0810.3674-0.52080.1535-0.41460.2687-0.11110.0721-0.3262-0.0341-0.13125.723727.5224-33.851
121.70210.9243-1.10853.7523-2.15543.43310.3914-0.42680.1480.4514-0.3071-0.0853-0.20930.5512-0.08420.2104-0.1513-0.0927-0.1826-0.0353-0.29356.407612.0636-20.1413
131.56181.64342.37127.2931.28992.1980.05940.0166-0.0184-0.08980.0160.7651-0.2289-0.5476-0.07540.0798-0.1075-0.1713-0.08340.0043-0.0397-13.02774.8221-22.6374
144.59024.1865-5.07622.89915.01592.52140.02660.45140.0248-0.0070.1468-0.1781-0.35760.2303-0.17340.2347-0.102-0.2564-0.22990.056-0.247-13.6536-5.9928-35.6193
157.54331.5686-3.59915.80932.1819-1.3821-0.0174-0.06680.01990.17570.15-0.29560.05180.143-0.1327-0.38130.02690.2030.43360.22210.0181-9.288312.6907-69.7728
165.01040.2455-2.2751.0780.65131.72980.0440.10950.0637-0.2064-0.051-0.3448-0.0090.08420.0070.3778-0.2284-0.32740.2364-0.5026-0.042513.2025-79.60153.0776
1710.4585-4.4063-0.80516.85814.5311-0.0236-0.0409-0.1111-0.180.16210.15370.06630.13510.203-0.11280.0126-0.2568-0.1439-0.6066-0.0167-0.1111.3388-72.873218.276
186.29831.6655-3.70622.0614-1.79742.69040.1054-0.3906-0.20790.0895-0.032-0.2468-0.1540.3177-0.07340.15630.1003-0.5004-0.40880.10670.42726.3562-67.937233.6671
192.44475.29331.36751.3034-3.52753.4702-0.03350.0902-0.17730.14260.00320.230.2198-0.10280.03030.46710.3087-0.33740.18240.5117-0.046423.0333-69.32842.288
200.0657-1.94594.04644.3311-6.03292.38840.04160.171-0.28-0.22470.1351-0.33870.1150.0015-0.1768-0.2171-0.1076-0.2106-0.64780.0050.083620.7631-65.812325.223
216.2541-0.546-2.003312.5414-2.0731-0.2523-0.031-0.0817-0.5494-0.08520.08130.03060.2778-0.245-0.05030.4365-0.0896-0.2597-0.5448-0.20050.291613.1133-78.078915.5043
220.59520.23370.30082.94610.2931.0744-0.0404-0.0148-0.15450.3717-0.0129-0.20770.1309-0.14630.0533-0.1238-0.1080.028-0.08190.0484-0.08435.2477-35.490223.4271
238.475-8.5292-4.24571.57163.048213.5627-0.1086-0.1063-0.01470.2628-0.04610.04540.037-0.01460.15470.3286-0.0905-0.28330.17150.1798-0.17188.5753-44.213430.0894
244.67180.7075-1.22922.83420.3642.4815-0.2750.3759-0.9945-0.1010.319-0.93290.21190.1835-0.044-0.1869-0.12890.0226-0.2645-0.12070.195422.7908-51.984913.192
251.0378-0.58890.75571.8005-0.84095.30070.04020.1361-0.0367-0.4698-0.08960.37890.1071-0.08490.0494-0.1044-0.0769-0.0521-0.04360.0363-0.1502-4.9267-26.78964.3425
263.2552-0.7487-0.10383.8952-0.0732.7627-0.1894-0.31-0.9567-0.2447-0.1731-0.34811.26870.54710.36240.20630.21230.2606-0.21280.2311-0.050515.6523-57.469-26.8212
271.8907-0.5616-0.45152.29240.10333.2093-0.0830.1426-0.0583-0.442-0.2172-0.28480.36280.09820.30010.01840.03450.1244-0.15490.0821-0.13447.0634-40.7183-34.967
280.06181.248-0.24787.46331.13540.8093-0.1390.06880.02360.1694-0.00640.09690.0203-0.42490.1455-0.1706-0.05230.04360.0525-0.0319-0.1736-7.8799-36.7282-20.7027
293.38850.5699-0.90793.44666.38835.14460.13330.1456-0.4383-0.2978-0.24950.0111-0.20940.19690.1162-0.0424-0.01340.0068-0.06610.0692-0.1922-1.3065-25.4613-9.6499
302.49470.1335-4.54213.63852.17574.598-0.09120.32010.067-0.1510.11770.08570.057-0.1801-0.02660.0546-0.3437-0.1127-0.22240.08760.247931.8827-40.8765.4787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 6}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|7 - 11}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|12 - 15}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|1 - 5}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|6 - 10}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|11 - 15}
7X-RAY DIFFRACTION7{C|53 - 138}
8X-RAY DIFFRACTION8{C|139 - 205}
9X-RAY DIFFRACTION9{C|206 - 364}
10X-RAY DIFFRACTION10{C|365 - 474}
11X-RAY DIFFRACTION11{D|2 - 111}
12X-RAY DIFFRACTION12{D|112 - 343}
13X-RAY DIFFRACTION13{D|344 - 370}
14X-RAY DIFFRACTION14{D|2777 - 2798}
15X-RAY DIFFRACTION15{D|2799 - 2814}
16X-RAY DIFFRACTION16{E|1 - 4}
17X-RAY DIFFRACTION17{E|5 - 9}
18X-RAY DIFFRACTION18{E|10 - 15}
19X-RAY DIFFRACTION19{F|1 - 5}
20X-RAY DIFFRACTION20{F|6 - 9}
21X-RAY DIFFRACTION21{F|10 - 15}
22X-RAY DIFFRACTION22{G|53 - 131}
23X-RAY DIFFRACTION23{G|132 - 149}
24X-RAY DIFFRACTION24{G|150 - 364}
25X-RAY DIFFRACTION25{G|365 - 474}
26X-RAY DIFFRACTION26{H|3 - 91}
27X-RAY DIFFRACTION27{H|92 - 343}
28X-RAY DIFFRACTION28{H|344 - 370}
29X-RAY DIFFRACTION29{H|2777 - 2798}
30X-RAY DIFFRACTION30{H|2799 - 2813}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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