+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dks | |||||||||
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Title | Structure of the Rbpj-SHARP-DNA Repressor Complex | |||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / Notch Signaling / Rbpjk / SHARP / MINT / CSL / Transport-DNA Binding-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification ...determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / sebaceous gland development / endocardium morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / aortic valve development / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of transcription of Notch receptor target / Notch-HLH transcription pathway / heart induction / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / pituitary gland development / endocardium development / atrioventricular canal development / hair follicle maturation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / regulation of epithelial cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / negative regulation of cold-induced thermogenesis / artery morphogenesis / labyrinthine layer blood vessel development / ventricular septum morphogenesis / heart looping / outflow tract morphogenesis / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / hemopoiesis / humoral immune response / carbohydrate transmembrane transporter activity / blood vessel remodeling / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / somitogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / B cell differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation / stem cell proliferation / epithelial cell proliferation / protein-DNA complex / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / outer membrane-bounded periplasmic space / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / cell population proliferation / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Escherichia coli O157:H7 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.78 Å | |||||||||
Authors | Kovall, R.A. / VanderWielen, B.D. / Yuan, Z. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2019 Title: Structural and Functional Studies of the RBPJ-SHARP Complex Reveal a Conserved Corepressor Binding Site. Authors: Yuan, Z. / VanderWielen, B.D. / Giaimo, B.D. / Pan, L. / Collins, C.E. / Turkiewicz, A. / Hein, K. / Oswald, F. / Borggrefe, T. / Kovall, R.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dks.cif.gz | 708.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dks.ent.gz | 573.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dks.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dks_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dks_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6dks_validation.xml.gz | 54.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6dks_validation.cif.gz | 75 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/6dks | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: DNA chain | Mass: 4503.949 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mus musculus (house mouse) #2: DNA chain | Mass: 4673.059 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Mus musculus (house mouse) #3: Protein | Mass: 47869.641 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 53-474 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Rbpj, Igkjrb1, Igkrsbp, Rbpsuh / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P31266 #4: Protein | Mass: 44347.074 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 28-392 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157:H7 (bacteria) / Gene: malE, Z5632, ECs5017 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0AEY0 #5: Polysaccharide | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch / pH: 6.6 Details: Bis-Tris pH6.6 100mM NaCl 40% PEG400 200mM NDSB-256 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.978 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2012 |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.978 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.78→50 Å / Num. obs: 54503 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 72.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 3903 / % possible all: 95.14 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3BRG, 3H4Z Resolution: 2.78→38.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9193 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8941 / SU R Cruickshank DPI: 2.291 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.014 / SU Rfree Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.314
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Displacement parameters | Biso mean: 77.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.369 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.78→38.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.78→2.85 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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