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- PDB-6dk5: The X-ray crystal structure of human endothelin-1, a polypeptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dk5
タイトルThe X-ray crystal structure of human endothelin-1, a polypeptide hormone regulator of blood pressure
要素Endothelin-1
キーワードHORMONE / blood pressure / vasoconstrictor / sarafotoxins / polypeptide / hypertension / diabetes / stroke
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis ...: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / histamine secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / body fluid secretion / leukocyte activation / rough endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of renal sodium excretion / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / response to ozone / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / podocyte differentiation / positive regulation of cation channel activity / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / response to leptin / glomerular filtration / axonogenesis involved in innervation / renal sodium ion absorption / positive regulation of smooth muscle contraction / artery smooth muscle contraction / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / positive regulation of prostaglandin secretion / respiratory gaseous exchange by respiratory system / cellular response to luteinizing hormone stimulus / regulation of pH / cellular response to mineralocorticoid stimulus / basal part of cell / vasoconstriction / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / cellular response to toxic substance / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / cellular response to fatty acid / axon extension / cartilage development / positive regulation of neutrophil chemotaxis / prostaglandin biosynthetic process / signal transduction involved in regulation of gene expression / superoxide anion generation / negative regulation of protein metabolic process / middle ear morphogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / nitric oxide transport / branching involved in blood vessel morphogenesis / response to dexamethasone / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / response to testosterone / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of blood coagulation / cellular response to interleukin-1 / membrane depolarization / positive regulation of cell size / canonical Wnt signaling pathway / response to amino acid / regulation of vasoconstriction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of heart rate / transport vesicle / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / Peptide ligand-binding receptors / response to amphetamine / cytokine activity / response to activity
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者McPherson, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: The X-ray crystal structure of human endothelin 1, a polypeptide hormone regulator of blood pressure.
著者: McPherson, A. / Larson, S.B.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Endothelin-1
A: Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9962
ポリマ－4,9962
非ポリマー00
水43224
1
A: Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4981
ポリマ－2,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endothelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4981
ポリマ－2,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.328, 27.328, 79.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Endothelin-1 / Preproendothelin-1 / PPET1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-73 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05305
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.16 % / 解説: hexagonal prisms c. 400 um long, c. 150 um wide
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4 uL 15 mg/mL aqueous endothelin + 6 uL reservoir solution (20-25% MPD, 0.2 M MES, pH 6.5) + 2 uL 0.2 M MES, pH 6.5
PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 298-310

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年6月15日
放射モノクロメーター: Supper graphite crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→80 Å / Num. obs: 2534 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.947 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.283 / Rsym value: 0.257 / Net I/av σ(I): 4.6 / Net I/σ(I): 4.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SDMSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5GLH

5glh


解像度: 1.85→23.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 2.383 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28373 143 5.3 %RANDOM
Rwork0.20387 ---
obs0.2079 2534 92.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→23.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数334 0 0 24 358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.019346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.92468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.03540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.17623.33312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.161560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1713.375166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1443.365165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6355.046204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6295.054205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6963.426180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.693.424181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9945.166265
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.75962.3131193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.75262.4031186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.061 17 -
Rwork0.046 178 -
obs--88.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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