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- PDB-5i55: Crystal Structure of the Virulent PSM-alpha3 Peptide Forming a Cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i55
タイトルCrystal Structure of the Virulent PSM-alpha3 Peptide Forming a Cross-alpha amyloid-like Fibril
要素Psm alpha-3
キーワードPROTEIN FIBRIL / THE CROSS-ALPHA AMYLOID-LIKE FOLD IS COMPOSED OF MATING ALPHA-HELICAL SHEETS
機能・相同性: / Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / ACETATE ION / Phenol-soluble modulin alpha 3 peptide / Phenol-soluble modulin alpha 3 peptide
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.45 Å
Model detailsPhenol Soluble Modulin
データ登録者Landau, M. / Moshe, A. / Tayeb-Fligelman, E. / Sawaya, M.R. / Coquelle, N. / Colletier, J.-P.
資金援助 米国, イスラエル, 3件
組織認可番号国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2013254 米国
I-CORE Program of the Planning and Budgeting Committee and The Israel Science Foundation, Center of Excellence in Integrated Structural Cell Biology1775/12 イスラエル
the Support for training and career development of researchers (Marie Curie) CIG, Seventh framework program (FP7) of the European Commission, Single Beneficiary334260 イスラエル
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: The cytotoxic Staphylococcus aureus PSM alpha 3 reveals a cross-alpha amyloid-like fibril.
著者: Tayeb-Fligelman, E. / Tabachnikov, O. / Moshe, A. / Goldshmidt-Tran, O. / Sawaya, M.R. / Coquelle, N. / Colletier, J.P. / Landau, M.
履歴
登録2016年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8353
ポリマ－2,6581
非ポリマー1772
水21612
1
A: Psm alpha-3
ヘテロ分子
x 20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,70560
ポリマ－53,16120
非ポリマー3,54440
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation1_585x,y+3,z1
crystal symmetry operation1_595x,y+4,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_675x+1,y+2,z1
crystal symmetry operation1_685x+1,y+3,z1
crystal symmetry operation1_695x+1,y+4,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_666-x+1,y+3/2,-z+11
crystal symmetry operation2_676-x+1,y+5/2,-z+11
crystal symmetry operation2_686-x+1,y+7/2,-z+11
crystal symmetry operation2_696-x+1,y+9/2,-z+11
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_766-x+2,y+3/2,-z+11
crystal symmetry operation2_776-x+2,y+5/2,-z+11
crystal symmetry operation2_786-x+2,y+7/2,-z+11
crystal symmetry operation2_796-x+2,y+9/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)29.460, 10.510, 29.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Psm alpha-3


分子量: 2658.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PSM-alpha3 from S. aureus, synthesized
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: H9BRQ7, UniProt: P0C805*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.48 % / 解説: Needle-shaped microcrystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir contained 0.2 M ammonium acetate, 0.1M BisTris pH 5.5, 45% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792,0.9794,0.9796
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.97961
反射解像度: 1.45→16.55 Å / Num. obs: 3126 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.97 % / Biso Wilson estimate: 18.998 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 10.01 / Num. measured all: 59309
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.4919.30.4583.7843514694110.990.48287.6
1.49-1.530.5413.740013903730.9710.56895.6
1.53-1.570.4594.0840464154060.9790.48497.8
1.57-1.620.4484.4637933813730.9680.47297.9
1.62-1.670.3535.3141933953880.9860.3798.2
1.67-1.730.3216.1142104113940.9870.33795.9
1.73-1.80.3246.2632863333110.9840.34193.4
1.8-1.870.258.0937063373340.990.26299.1
1.87-1.960.2038.6135593443420.9950.21399.4
1.96-2.050.19710.0832743313250.990.20898.2
2.05-2.160.16710.7625923092890.9850.17793.5
2.16-2.290.14513.7726072632520.9930.15295.8
2.29-2.450.1315.7729742722720.9950.136100
2.45-2.650.11317.1426892682660.9950.11899.3
2.65-2.90.10418.6522942202140.9960.10997.3
2.9-3.240.09420.7222352032030.9950.099100
3.24-3.740.08421.2218571881830.9960.08897.3
3.74-4.590.07224.2114911561340.9970.07585.9
4.59-6.480.0723.413881231200.9980.07397.6
6.480.06222.94763676410.06595.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.45→16.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1785 / WRfactor Rwork: 0.1412 / FOM work R set: 0.8277 / SU B: 1.744 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0727 / SU Rfree: 0.0777 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1837 313 10 %RANDOM
Rwork0.1427 ---
obs0.1466 2812 96.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.03 Å2 / Biso mean: 16.958 Å2 / Biso min: 10.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å2-0 Å20.12 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3---2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→16.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数185 0 12 12 209
Biso mean--19.19 25.92 -
残基数----22
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9962.05276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9743510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.467523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.30424.4449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.3641539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0252
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 23 -
Rwork0.225 201 -
all-224 -
obs--90.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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