[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5i55: Crystal Structure of the Virulent PSM-alpha3 Peptide Forming a Cr... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i55 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Virulent PSM-alpha3 Peptide Forming a Cross-alpha amyloid-like Fibril | ||||||||||||
![]() | Psm alpha-3 | ||||||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / THE CROSS-ALPHA AMYLOID-LIKE FOLD IS COMPOSED OF MATING ALPHA-HELICAL SHEETS | ||||||||||||
Function / homology | Phenol-soluble modulin alpha peptide / Phenol-soluble modulin alpha peptide family / killing of cells of another organism / ACETATE ION / Phenol-soluble modulin PSM-alpha-3 / Phenol-soluble modulin alpha 3 peptide![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
Model details | Phenol Soluble Modulin | ||||||||||||
![]() | Landau, M. / Moshe, A. / Tayeb-Fligelman, E. / Sawaya, M.R. / Coquelle, N. / Colletier, J.-P. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() Title: The cytotoxic Staphylococcus aureus PSM alpha 3 reveals a cross-alpha amyloid-like fibril. Authors: Tayeb-Fligelman, E. / Tabachnikov, O. / Moshe, A. / Goldshmidt-Tran, O. / Sawaya, M.R. / Coquelle, N. / Colletier, J.P. / Landau, M. | ||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 15 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 9.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 395.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 395.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 3.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| x 20||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2658.044 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: PSM-alpha3 from S. aureus, synthesized / Source: (synth.) ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#3: Chemical | ChemComp-ACT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.61 Å3/Da / Density % sol: 23.48 % / Description: Needle-shaped microcrystal |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: reservoir contained 0.2 M ammonium acetate, 0.1M BisTris pH 5.5, 45% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 18, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→16.55 Å / Num. obs: 3126 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 18.97 % / Biso Wilson estimate: 18.998 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 10.01 / Num. measured all: 59309 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 1.45→16.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1785 / WRfactor Rwork: 0.1412 / FOM work R set: 0.8277 / SU B: 1.744 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0727 / SU Rfree: 0.0777 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.078 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.03 Å2 / Biso mean: 16.958 Å2 / Biso min: 10.85 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→16.55 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.45→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
|