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- PDB-6dk4: Crystal structure of Campylobacter jejuni peroxide stress regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dk4
タイトルCrystal structure of Campylobacter jejuni peroxide stress regulator
要素Ferric uptake regulation protein
キーワードMETAL TRANSPORT / PerR / ferric uptake regulator / Campylobacter jejuni / Peroxide stress
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of secondary metabolite biosynthetic process / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peroxide stress regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Sarvan, S. / Brunzelle, J.S. / Couture, J.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of Campylobacter jejuni peroxide regulator.
著者: Sarvan, S. / Charih, F. / Butcher, J. / Brunzelle, J.S. / Stintzi, A. / Couture, J.F.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric uptake regulation protein
B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,20810
ポリマ－33,4952
非ポリマー7138
水32418
1
A: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子

B: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,20810
ポリマ－33,4952
非ポリマー7138
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area3750 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.110, 70.186, 85.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ferric uptake regulation protein / Peroxide stress regulator


分子量: 16747.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: perR, fur, Cj0322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0PBI7
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.2-7.4, 35-60% MPD / PH範囲: 7.2-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.2822 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→54 Å / Num. obs: 8254 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 63.22 Å2 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.71→2.72 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化解像度: 2.71→54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9221 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8975 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.366
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 382 4.63 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.2176 8254 99.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4818 Å20 Å20 Å2
2--4.3511 Å20 Å2
3---1.1306 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.71→54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 36 18 2082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012087HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.212811HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d767SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes278HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2087HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion272SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2316SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.71→3.03 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2906 108 4.72 %
Rwork0.2236 2178 -
all0.2267 2286 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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