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万見
- PDB-6djy: Fako virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6djy
タイトルFako virus
要素
  • Clamp protein
  • Major capsid protein
  • Turret protein
キーワードVIRUS / capsid / virion / Reoviridae / T=2
機能・相同性Major capsid protein / Turret protein / Clamp protein
機能・相同性情報
生物種Fako virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kaelber, J.T. / Jiang, W. / Weaver, S.C. / Auguste, A.J. / Chiu, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
Welch FoundationQ1242 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Arrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus.
著者: Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu /
要旨: Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture.
履歴
登録2018年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7944
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7944
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clamp protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Turret protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,2024
ポリマ－434,2024
非ポリマー00
水00
1
A: Clamp protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Turret protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,052,108240
ポリマ－26,052,108240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Clamp protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Turret protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.17 MDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,171,00920
ポリマ－2,171,00920
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Clamp protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Turret protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.61 MDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,605,21124
ポリマ－2,605,21124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Clamp protein


分子量: 39589.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 / 参照: UniProt: A0A0A0UEE5
#2: タンパク質 Major capsid protein


分子量: 136689.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 / 参照: UniProt: A0A0A0U7Z7
#3: タンパク質 Turret protein


分子量: 121232.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 / 参照: UniProt: A0A0A0U955

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fako virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 43 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Culicinae
ウイルス殻三角数 (T数): 2
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris-HClC4H12NO3CL1
21 mMEDTA1
3100 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
実像数: 2400
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3366: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4jsprCTF補正
10jspr初期オイラー角割当
11jspr最終オイラー角割当
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10588
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5294 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00828502
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90238718
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.19617288
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0514507
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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