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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6djd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with Zenobia fragment ZT1982 (single soak) | ||||||
![]() | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / fragment-based drug design / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a ligand binding hot spot and structural motifs replicating aspects of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (TDP1) phosphoryl recognition by crystallographic fragment cocktail screening. 著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. / Waugh, D.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dhuC ![]() 6dieC ![]() 6dihC ![]() 6dimC ![]() 6djeC ![]() 6djfC ![]() 6djgC ![]() 6djhC ![]() 6djiC ![]() 6djjC ![]() 6mj5C ![]() 6n17C ![]() 6n19C ![]() 1jy1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52126.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5 10% w/v PEG 8000 20% v/v ethylene glycol 0.03M sodium fluoride 0.03M sodium bromide 0.03M sodium iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.777→50 Å / Num. obs: 98896 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 29.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.777→1.81 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4837 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.289 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JY1 解像度: 1.777→37.118 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.64
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.777→37.118 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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