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- PDB-6dig: Crystal structure of DQA1*01:02/DQB1*06:02 in complex with a hypo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dig
タイトルCrystal structure of DQA1*01:02/DQB1*06:02 in complex with a hypocretin peptide
要素
  • 13-mer peptide: ALA-GLY-ASN-HIS-ALA-ALA-GLY-ILE-LEU-THR-LEU-GLY-LYS
  • HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
  • MHC class II HLA-DQ-alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC Class II HLA
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-alpha chain / MHC class II antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Birtley, J.R. / Stern, L.J. / Mellins, E.D. / Jiang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5 U01 AI101990 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: In vivo clonal expansion and phenotypes of hypocretin-specific CD4+T cells in narcolepsy patients and controls.
著者: Jiang, W. / Birtley, J.R. / Hung, S.C. / Wang, W. / Chiou, S.H. / Macaubas, C. / Kornum, B. / Tian, L. / Huang, H. / Adler, L. / Weaver, G. / Lu, L. / Ilstad-Minnihan, A. / Somasundaram, S. / ...著者: Jiang, W. / Birtley, J.R. / Hung, S.C. / Wang, W. / Chiou, S.H. / Macaubas, C. / Kornum, B. / Tian, L. / Huang, H. / Adler, L. / Weaver, G. / Lu, L. / Ilstad-Minnihan, A. / Somasundaram, S. / Ayyangar, S. / Davis, M.M. / Stern, L.J. / Mellins, E.D.
履歴
登録2018年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain
C: 13-mer peptide: ALA-GLY-ASN-HIS-ALA-ALA-GLY-ILE-LEU-THR-LEU-GLY-LYS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8107
ポリマ－48,8213
非ポリマー9894
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.666, 89.596, 90.928
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.517, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 23205.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q30066
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ beta 1 chain / MHC class II antigen


分子量: 24391.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q5SU54

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド 13-mer peptide: ALA-GLY-ASN-HIS-ALA-ALA-GLY-ILE-LEU-THR-LEU-GLY-LYS


分子量: 1224.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 273分子

#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 % / 解説: Series of long thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein at 10mg/ml in PBS pH 7.4 mixed 50/50 mix (v/v) with16% PEG8K, 0.1M Mg Acetate, 0.1M glycine pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45 Å / Num. obs: 33906 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 5.68
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 12012 / CC1/2: 0.813 / Rrim(I) all: 0.596 / % possible all: 98.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UVQ

1uvq


解像度: 2→44.84 Å / SU ML: 0.3068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.6223 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 1711 5.05 %
Rwork0.2159 32195 -
obs0.2178 33906 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 64 272 3358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01163190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34784352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.40472191
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.39111300.3772671X-RAY DIFFRACTION99.01
2.06-2.130.36351740.35622661X-RAY DIFFRACTION99.13
2.13-2.20.39231440.31792661X-RAY DIFFRACTION99.61
2.2-2.290.37681410.34482660X-RAY DIFFRACTION99.01
2.29-2.390.31371420.29132661X-RAY DIFFRACTION99.86
2.39-2.520.31841320.2652672X-RAY DIFFRACTION99.61
2.52-2.680.31041300.24072701X-RAY DIFFRACTION99.68
2.68-2.880.29511520.2322676X-RAY DIFFRACTION99.82
2.88-3.170.24931490.20882685X-RAY DIFFRACTION99.86
3.17-3.630.20781410.17772706X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-4.580.19011440.14282718X-RAY DIFFRACTION99.93
4.58-44.850.1741320.15712723X-RAY DIFFRACTION98.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.500048028762.239710242330.692288466165.90787214421.129450289695.068428342280.04928816064170.179597605898-0.02447710786690.0356312575695-0.0135157292282-0.222769814996-0.1609367024270.381881039196-0.05483601021380.2384312176340.00886329710987-0.06641680355370.1803613314570.03489553065610.186808792504-26.14650621444.7493228311317.0769451277
23.97526156933-1.21761865236-1.535401371971.474690002491.386528507638.154646603160.01944744791570.188144566433-0.171916730125-0.19371188025-0.250846025950.218754715276-0.0600690796708-0.3023867901050.2533492407410.236790799268-0.038000955981-0.07281649503640.146616035711-0.001600802429930.214725854352-32.5618212683.1628430303211.8900481382
32.9204766542-0.850909621693-1.774178325581.763505846391.070696084756.678113788160.449488901182-0.279373761172-0.215795110251-0.191370474093-0.336300868092-0.1316167423560.2666260429790.485817577062-0.008802234116110.197116475110.130736141612-0.02258361470060.1430556545460.0427741812470.263382435269-20.8640156096-5.7572966175129.5407180483
42.650947715060.0956915011297-0.03798214706551.34832887514-0.5544238325592.62627507505-0.068219754826-0.208602040037-0.344881686832-0.0124578735762-0.06896405775870.01265154230170.6907882387420.2912389015930.1506641615160.3585615691680.0507556331368-0.03420420497680.171305520160.03547674855210.23290361366-25.9568141517-8.4210690944632.4146447267
52.347758556770.675252488678-0.2357259347362.171214345680.914743744474.81962361085-0.1319617086950.137764238310.1034934480560.172338274187-0.000158495549399-0.293750241007-0.4195948258571.033323994970.0662939461380.289674307647-0.0714052690566-0.0844150411520.4558599780790.05418188757840.219196133647-16.62507351077.597070059399.98051426229
64.49830611154-0.570944572641.407046435352.133302615941.35462362091.582839180170.03146241149130.375788639193-0.129692958135-0.180000566314-0.102233908847-0.356665191134-0.05927115011591.483624602230.2165957387580.23108926063-0.05559054111640.01422441699640.713302515070.07900895805710.260530030976-14.42373099675.53211925338-4.11287706829
75.82749449167-0.952781523813-5.163706159633.768484419672.555415761117.558587263640.08047238862420.3472845494670.245819899249-0.342441101609-0.216877797279-0.147718245674-1.60735168393-0.0572392141958-0.03444310198410.670983286317-0.152774015345-0.1440605660340.3293492863510.1076875168110.309954628387-23.238902399817.7262259420.720388958032
81.04761913881-0.7323082260291.046848796631.69210776752-2.018712231732.4585851799-0.247873219132-0.184262627620.470021161670.1170361466680.0912525863496-0.140256749293-1.71308799001-0.0638942451950.06843406913470.695671746275-0.0180040928442-0.1348298361250.21426137196-0.02354144060780.365701286845-28.360976931720.115535546723.7861093942
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 79 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 104 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 183 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 51 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 52 through 64 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 65 through 77 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 78 through 97 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 98 through 133 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 134 through 144 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 145 through 162 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 163 through 177 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 178 through 190 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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