PDB-6dhs: Structure of hnRNP H qRRM1,2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dhs

タイトル

Structure of hnRNP H qRRM1,2

要素

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

キーワード

SPLICING / HNRNPH / alternative splicing / RNA recognition motif

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(U) RNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	R01GM101979	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	U54GM103297	米国

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Differential Conformational Dynamics Encoded by the Inter-qRRM linker of hnRNP H.
著者: Penumutchu, S. / Chiu, L.Y. / Meagher, J.L. / Hansen, A.L. / Stuckey, J.A. / Tolbert, B.S.

履歴

登録	2018年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dhs.cif.gz	240.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dhs.ent.gz	188.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/6dhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dg1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6odh-1 1ytg-d 5v4r-2 1n49-2 3em4-1 3gi4-d 6oy2-d 4dqh-d 3o9g-d 6pjc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

C: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

D: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

85.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.670, 204.670, 123.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H / hnRNP H 分子量: 21396.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPH1, HNRPH, HNRPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31943
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30-50% peg 400 and 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 21278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.9 % / B_iso Wilson estimate: 40.04 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 0.999 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 606047

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.5-3.56	31.3	0.835	953	0.945	0.15	0.848	0.767	100
3.56-3.63	31.4	0.725	956	0.949	0.13	0.737	0.802	100
3.63-3.69	31.4	0.637	953	0.966	0.114	0.648	0.808	100
3.69-3.77	31.3	0.571	963	0.968	0.102	0.58	0.814	100
3.77-3.85	31.3	0.497	976	0.974	0.089	0.505	0.868	100
3.85-3.94	31.4	0.419	941	0.98	0.075	0.425	0.921	100
3.94-4.04	31.4	0.341	966	0.984	0.061	0.346	0.997	100
4.04-4.15	31.3	0.299	964	0.99	0.054	0.304	1.033	100
4.15-4.27	31.2	0.254	971	0.994	0.046	0.259	1.081	100
4.27-4.41	31.2	0.224	970	0.994	0.041	0.228	1.155	100
4.41-4.57	31.3	0.197	963	0.995	0.036	0.201	1.221	100
4.57-4.75	31.1	0.181	975	0.996	0.033	0.184	1.176	100
4.75-4.97	31.3	0.172	972	0.996	0.031	0.175	1.208	100
4.97-5.23	31.3	0.156	971	0.997	0.028	0.158	1.201	100
5.23-5.55	31.3	0.135	990	0.997	0.025	0.137	1.137	100
5.55-5.98	31.3	0.114	984	0.998	0.021	0.116	1.083	100
5.98-6.58	31.2	0.104	998	0.999	0.019	0.105	0.987	100
6.58-7.53	30.8	0.089	1001	0.998	0.016	0.09	0.991	100
7.53-9.48	29.5	0.079	1033	0.999	0.014	0.08	0.948	100
9.48-50	26.5	0.067	1104	0.999	0.013	0.069	0.758	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.5→45.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.745 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.718 / SU R Cruickshank DPI: 1.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.361 / SU R_free Blow DPI: 0.515 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.524

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.322	902	4.57 %	RANDOM
R_work	0.306	-	-	-
obs	0.306	19753	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 239.77 Å² / B_iso mean: 56 Å² / B_iso min: 16.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.9419 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.9419 Å²	0 Å²
3-	-	-	21.8838 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.78 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.5→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4281	0	0	0	4281
残基数	-	-	-	-	697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1750	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	799	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	4370	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	659	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4394	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	4370	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5994	HARMONIC	2	1
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				1.99
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				1.89

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.53 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3425	14	3.19 %
R_work	0.3811	425	-
all	0.3797	439	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3038	3.8076	-1.7729	2.6287	-0.2584	0	-0.0191	0.0686	0.1217	-0.2013	0.0193	0.1111	0.0982	0.6188	-0.0002	-0.2975	-0.1631	0.0001	0.2418	-0.1754	0.2697	-28.8125	72.3214	-0.9737
2	3.7049	3.6728	2.8056	6.1853	0.9614	0	-0.0203	-0.0084	0.2135	-0.189	0.0454	0.0175	0.0898	0.1046	-0.0252	-0.1461	-0.0879	-0.0894	-0.3956	-0.149	0.304	-51.3635	74.3654	-1.7797
3	8.4356	1.0157	-0.5679	2.2514	3.0328	4.2919	-0.1859	0.2549	0.248	0.2063	-0.1338	-0.0071	-0.2176	-0.3675	0.3197	-0.1133	-0.1519	-0.0556	-0.2889	-0.2076	0.2804	-47.5803	74.3708	24.853
4	8.7274	1.8965	1.1016	0.0368	3.7861	0	-0.0252	0.0056	-0.0606	-0.0797	-0.0232	0.093	0.097	0.0414	0.0485	-0.291	-0.1744	-0.2032	0.2613	0.0481	0.2991	-29.6188	88.1921	20.2104
5	7.6512	1.507	-1.0653	-0.8102	-3.9757	7.4557	0.1075	0.0594	0.0522	-0.2923	-0.2162	0.0533	-0.4422	0.2972	0.1088	-0.2907	-0.0701	-0.1481	0.1412	-0.0475	0.304	4.4428	88.8877	-45.9111
6	10.3729	-0.6532	2.2135	4.4059	-2.0827	0.5045	0.0072	-0.1163	0.1209	-0.1845	0.1198	0.0647	-0.2353	0.1455	-0.1269	-0.3426	0.034	-0.1124	-0.0309	-0.1092	0.2958	-18.4404	91.3637	-41.5176
7	6.3346	-0.8799	-0.6272	0.6294	-3.7227	0.9443	-0.0896	-0.0733	0.1556	0.3265	-0.1458	0.093	0.3613	-0.1674	0.2354	-0.0433	-0.0256	-0.1859	0.3373	0.0682	0.2903	-11.3586	76.6854	-20.497
8	7.637	-1.1113	2.0826	2.1988	2.2136	0	0.0708	-0.1007	0.0711	0.0337	0.001	0.0345	-0.2245	-0.0336	-0.0718	-0.3172	-0.0448	-0.1759	0.0856	0.0169	0.2949	7.3789	90.5792	-18.6966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|12 - 99}	A	12 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|109 - 194}	A	109 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|12 - 102}	B	12 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|110 - 194}	B	110 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|12 - 102}	C	12 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|110 - 191}	C	110 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|12 - 99}	D	12 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|110 - 194}	D	110 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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