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- PDB-6dhj: Crystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dhj
タイトルCrystal structures of cyanuric acid hydrolase from Moorella thermoacetica
要素Cyanuric acid amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / Cyanuric acid hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cyanuric acid amidohydrolase / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cyanuric acid hydrolase/Barbituras, RU C / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, RU A / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit B / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit C / Cyanuric acid hydrolase/Barbiturase, repeating unit A / Amidohydrolase ring-opening protein (Amido_AtzD_TrzD) / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Cyanuric acid amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica ATCC 39073 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095558 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Moorella thermoacetica cyanuric acid hydrolase reveal conformational flexibility and asymmetry important for catalysis.
著者: Shi, K. / Cho, S. / Aukema, K.G. / Lee, T. / Bera, A.K. / Seffernick, J.L. / Wackett, L.P. / Aihara, H.
履歴
登録2018年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanuric acid amidohydrolase
B: Cyanuric acid amidohydrolase
C: Cyanuric acid amidohydrolase
D: Cyanuric acid amidohydrolase
E: Cyanuric acid amidohydrolase
F: Cyanuric acid amidohydrolase
G: Cyanuric acid amidohydrolase
H: Cyanuric acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,62216
ポリマ－315,0858
非ポリマー1,5378
水00
1
A: Cyanuric acid amidohydrolase
E: Cyanuric acid amidohydrolase
F: Cyanuric acid amidohydrolase
H: Cyanuric acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3118
ポリマ－157,5434
非ポリマー7684
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area50640 Å2
手法PISA
2
B: Cyanuric acid amidohydrolase
C: Cyanuric acid amidohydrolase
D: Cyanuric acid amidohydrolase
G: Cyanuric acid amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3118
ポリマ－157,5434
非ポリマー7684
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area50460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.905, 164.563, 202.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cyanuric acid amidohydrolase / CAH


分子量: 39385.625 Da / 分子数: 8
変異: C46S, G53C, Q103A, E104A, K107A, C162A, C218V, E235C, K279I, K280R, F281S, E288D, L290M, A291D, K292R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica ATCC 39073 (バクテリア)
株: ATCC 39073 / JCM 9320 / 遺伝子: Moth_2120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2RGM7, cyanuric acid amidohydrolase
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M tri-ammonium citrate, 20 %w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→164.56 Å / Num. obs: 56567 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4674 / CC1/2: 0.39 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CWJ

6cwj


解像度: 3.2→127.803 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 2804 5.09 %
Rwork0.2077 --
obs0.2099 55081 95.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→127.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21462 0 104 0 21566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96529537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.43613393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93521.05760.02310.9244-0.96982.22040.07620.2110.04821.1743-0.3739-0.7269-0.60960.515800.9334-0.0433-0.06490.85160.15120.8437-18.51326.1676-15.633
21.85660.10910.54041.1642-0.43272.099-0.71830.8809-1.1426-0.4513-0.3622-1.43350.7270.5606-0.11730.8986-0.08980.52691.25020.08670.7451-20.667220.5302-36.4085
30.36610.2685-0.2052.4355-0.27590.5193-0.49580.8193-0.0337-0.97290.2472-0.65090.4874-0.6429-0.01091.0108-0.0410.23561.37160.16030.6062-32.982921.7965-31.6149
41.7687-0.27280.54231.76351.01150.9131-0.52690.52450.33610.21410.44280.5276-0.0552-0.5188-0.12260.82380.06870.15841.12740.26740.501-36.492232.6601-25.5642
50.86290.9672-0.77512.13290.40312.5017-0.1741-0.2601-0.5288-0.48680.3305-0.10910.3248-0.33420.00010.78270.0435-0.02950.833-0.07651.3156-64.4141-23.1711-18.5068
61.52630.9324-1.21132.211-0.14623.3243-0.3940.3514-0.0481-0.76140.14070.61-0.40530.0551-01.1757-0.0202-0.09561.0063-0.20540.9195-56.9075-8.4833-34.9181
72.35410.58831.54192.857-0.71771.296-0.1223-0.3707-0.164-0.05230.0037-0.1206-0.30070.080400.79630.05990.07340.7285-0.03510.9222-51.2941-8.8214-16.6302
82.3026-0.1205-0.23911.92291.9321.6649-0.17260.27820.1748-1.06980.47490.25210.0635-0.14130.02611.029-0.022-0.05470.9133-0.2121.2579-56.0094-49.1127-30.4028
91.10230.36420.10860.20750.92523.64540.1075-0.2842-1.2333-0.2472-0.32860.5801-0.1029-0.1185-0.00011.0570.16620.0891.1563-0.00031.488-47.4339-56.5223-8.74
100.89170.5724-0.67183.1257-1.67951.0133-0.3587-0.0027-0.5236-0.6901-0.0426-0.39390.76110.355401.09770.16580.26710.9706-0.22831.4356-37.8643-52.6762-26.5514
110.8339-0.13730.09250.1503-0.12992.7916-0.15450.4563-0.6969-0.22690.1163-0.9268-0.36470.756400.7316-0.13150.18951.0083-0.07861.3865-15.3096-12.3963-6.6963
123.1169-0.72890.26661.3252-1.64212.85650.0123-0.4941-0.8120.4665-0.2386-0.2520.35670.1413-00.9151-0.0528-0.00380.88960.13841.3751-23.7383-24.700511.2273
133.04840.48421.39320.7951-0.6261.6634-0.1447-0.1366-0.43760.1839-0.00120.0205-0.0128-0.24700.838-0.02870.12940.76430.10141.0693-33.515-12.43940.1912
140.85530.6607-0.47591.7643-0.68310.58410.1247-0.1632-0.53660.2658-0.1368-0.2836-0.11780.302201.2175-0.1578-0.25921.27810.10181.18182.281746.5757-16.1149
157.59-1.8884-1.51840.96950.77380.6742-0.1255-1.739-1.89590.9124-0.7499-0.0272-1.1910.1954-0.68062.2306-0.3283-0.15411.8020.13230.7061-10.019657.40640.0324
161.1067-1.4367-0.4162.4528-0.53621.58460.18410.12720.71410.9595-0.3371-0.0512-1.12460.12150.01221.5966-0.2518-0.16180.962-0.08320.7804-5.651264.811-17.2168
173.1032-2.097-0.79631.621-0.44275.34660.48290.0422.0395-0.43160.57341.1592-1.798-0.46152.48690.67240.67810.15011.38641.25472.367-53.223462.6184-33.498
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190.1178-0.0566-0.94331.09380.20483.3450.003-0.26680.4661.03820.37060.87150.4789-0.3060.02331.23940.25660.38171.17160.2581.4903-49.750548.7921-13.5841
201.8488-0.34890.81722.02380.29420.29530.0290.14011.42630.0476-0.36440.58480.0830.3348-0.18721.16380.20790.52111.20240.39971.2198-47.345447.3566-20.1804
210.45790.14991.09221.1116-0.10422.3187-0.267-0.4649-0.212-0.4359-0.0833-0.3526-0.40921.01-0.24280.7806-0.01660.49921.6796-0.26661.6559-5.6313-32.6383-25.7058
222.9082-1.50631.45260.7936-0.09752.3176-0.817-0.79661.4692-1.83020.4076-2.6857-1.49752.2612-0.89641.5276-0.16870.79431.587-0.00522.0756-12.4196-18.6287-42.5419
230.4-0.38130.40390.1591-0.23270.2450.06710.6411-0.0461-2.67790.0034-0.4095-1.11740.36402.1153-0.02130.44172.10550.16651.6515-19.7967-24.3969-45.3042
240.1905-0.1237-0.13751.0786-0.9562.6715-0.10421.9566-0.3742-1.4130.0040.07670.340.1703-0.21521.17890.20270.78031.4122-0.33971.2367-19.8645-41.812-37.9302
250.70650.09170.05141.2760.94050.63790.5618-0.48861.778-1.7507-0.3608-1.2991-0.40680.7772-0.01141.11690.2090.42341.4698-0.09551.1545-21.3125-38.9939-34.1458
263.08340.18980.97023.5686-0.68743.404-0.12250.28840.27390.14620.06931.1295-0.7488-0.5197-0.00381.26340.20.11010.93630.20160.9554-28.81774.5452-48.3379
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 101 )
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26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 1 through 162 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 163 through 216 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 217 through 368 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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