[日本語] English
万見
- PDB-6dgn: Cronobacter turicensis BDSF synthase RpfF in complex with the Rpf... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgn
タイトルCronobacter turicensis BDSF synthase RpfF in complex with the RpfR quorum-sensing receptor FI domain
要素
  • RpfF
  • RpfR
キーワードUNKNOWN FUNCTION / quorum sensing / diffusible signal factor / diguanylate cyclase / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting Protein - #30 / Light-harvesting Protein / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...Light-harvesting Protein - #30 / Light-harvesting Protein / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Other non-globular / Nucleotide cyclase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Special / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein gmr
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia PC184 (バクテリア)
Cronobacter turicensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Waldron, E.J. / Neiditch, M.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125452 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110444 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI125185 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of DSF recognition by its receptor RpfR and its regulatory interaction with the DSF synthase RpfF.
著者: Waldron, E.J. / Snyder, D. / Fernandez, N.L. / Sileo, E. / Inoyama, D. / Freundlich, J.S. / Waters, C.M. / Cooper, V.S. / Neiditch, M.B.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RpfF
B: RpfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8917
ポリマ－42,4272
非ポリマー4635
水2,648147
1
A: RpfF
B: RpfR
ヘテロ分子

A: RpfF
B: RpfR
ヘテロ分子

A: RpfF
B: RpfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,67321
ポリマ－127,2826
非ポリマー1,39015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area40300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.939, 144.939, 116.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 RpfF / Enoyl-Coa hydratase/isomerase


分子量: 32088.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia PC184 (バクテリア)
遺伝子: BCPG_03941 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2W0S6
#2: タンパク質 RpfR / protein gmr


分子量: 10338.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cronobacter turicensis (strain DSM 18703 / LMG 23827 / z3032) (バクテリア)
株: DSM 18703 / LMG 23827 / z3032 / 遺伝子: gmr, Ctu_23300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9XTL5
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.6) and 250 mM ammonium phosphate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 31951 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / CC1/2: 0.825 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.62 / Net I/σ(I): 17.54
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.999-2.0321.11.57215730.8250.351.6110.445100
2.03-2.0720.61.21416000.830.2751.2450.73899.9
2.07-2.1120.91.2715740.8820.2841.3020.568100
2.11-2.1520.90.93715860.9270.2090.960.456100
2.15-2.220.80.80616120.9340.180.8260.462100
2.2-2.2520.40.73415710.9350.1670.7530.748100
2.25-2.3120.50.74515840.9580.1680.7640.538100
2.31-2.3720.50.53615790.970.1210.550.469100
2.37-2.4420.50.47115840.9770.1060.4830.471100
2.44-2.5220.30.39315750.9840.0890.4030.473100
2.52-2.6119.30.35715950.9840.0830.3670.49399.9
2.61-2.71180.35716060.9860.0860.3680.683100
2.71-2.8416.40.22215750.9920.0560.230.53799.9
2.84-2.9921.30.18316070.9960.040.1870.536100
2.99-3.1721.30.13316040.9980.0290.1360.57100
3.17-3.42210.09816000.9990.0220.1010.614100
3.42-3.7620.90.08515970.9990.0190.0870.903100
3.76-4.3119.90.06316100.9990.0140.0640.869100
4.31-5.4317.80.05116400.9990.0120.0530.84599.9
5.43-5021.30.051167910.0110.0520.96299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.999→41.84 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 2000 6.26 %
Rwork0.1678 --
obs0.1699 31949 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.96 Å2 / Biso mean: 41.0608 Å2 / Biso min: 19.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.999→41.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2855 0 61 147 3063
Biso mean--66.19 40.2 -
残基数----367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5933982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.341734
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9993-2.04930.25611420.222221252267
2.0493-2.10470.27821410.247621122253
2.1047-2.16660.2041420.184121352277
2.1666-2.23650.25141420.190521112253
2.2365-2.31640.29221410.227421242265
2.3164-2.40920.19761420.170221212263
2.4092-2.51880.20871410.171721152256
2.5188-2.65160.21131430.165821402283
2.6516-2.81770.21571420.170221262268
2.8177-3.03520.20011430.160521432286
3.0352-3.34050.16471420.148121382280
3.3405-3.82360.17991450.141821662311
3.8236-4.81620.18321450.143221612306
4.8162-41.84940.19521490.182122322381
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3688-1.16591.20774.9972-0.44081.5919-0.1953-0.30360.81110.10480.0428-0.6472-0.69440.1320.14520.5446-0.0643-0.05670.30580.01710.44466.176338.276716.8518
22.0481-2.07650.49864.6839-0.12832.1829-0.18970.0490.4258-0.09670.03340.4058-0.4425-0.1587-0.00280.4337-0.0014-0.05140.2582-0.00130.2991-0.18432.128518.6492
33.3375-1.5768-0.04284.3927-0.54341.23280.62831.1439-0.073-0.9142-0.27250.1417-0.3401-0.0283-0.00150.58860.0344-0.09290.33810.04190.2555-0.377830.52756.5293
41.7528-0.5911.29321.46880.20722.55450.2270.01370.2959-0.2673-0.0653-0.1454-0.31730.1913-0.0170.3909-0.05860.02630.23260.02250.28289.620528.612614.4106
55.05051.55023.1220.93031.65063.4779-0.1479-0.31230.4439-0.1088-0.14050.2653-0.5094-0.53660.24790.40220.0889-0.02420.32110.02980.3233-17.356227.349915.8712
67.4131-0.47242.40381.49220.16183.27080.10740.31040.4147-0.1329-0.1072-0.0373-0.2834-0.14280.05230.29550.02630.02330.22740.00850.2065-9.826120.51356.2262
72.04120.39230.31811.36890.31220.79680.0147-0.2674-0.08530.1221-0.0358-0.0131-0.095-0.1135-0.01140.24960.0108-0.0160.24380.04070.2063-4.634116.431823.6595
81.40570.06510.74022.18971.07351.2833-0.002-0.03140.0012-0.13840.0355-0.2545-0.28140.093-0.06920.298-0.0610.00710.2430.01250.262612.6718.029219.6306
97.4996-1.6927-3.18062.09711.68084.12230.12790.1192-0.0276-0.0156-0.09460.181-0.3397-0.5199-0.02560.22510.0511-0.01670.22270.06490.1783-19.233717.263613.0524
102.51783.9563-1.16919.83343.75899.3259-0.5736-0.2443-0.61390.19070.8214-1.30440.53410.6636-0.33370.40910.0148-0.02320.5728-0.07340.502834.411714.212731.7614
112.00991.4768-1.14349.35553.86728.6252-0.18930.69170.6897-0.5261-0.1451-0.4812-0.69150.32080.32380.3144-0.0748-0.07440.4104-0.00110.268326.204729.114132.4449
123.4591-2.4044-0.12442.49962.34886.03310.0935-0.19440.4298-0.31070.0961-0.3065-0.37780.6117-0.19940.3169-0.0853-0.02010.3077-0.05870.362724.248825.434129.742
137.22610.46130.33416.23242.55465.52350.0162-1.05110.48320.7044-0.5194-0.3207-0.8891-0.47280.34940.6719-0.0273-0.16150.4365-0.08740.342821.530530.88142.2501
147.77310.03041.58963.4963-0.24819.1509-0.2305-0.52640.03230.3830.234-0.52120.22490.04830.16140.3637-0.0544-0.03380.3878-0.05390.382526.369522.37539.1719
155.7242-0.84251.65366.1721-0.91925.7388-0.54160.03451.1788-0.40310.1644-0.3792-0.48220.06470.40520.4342-0.1494-0.17270.3928-0.12750.629726.64831.5835.4306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )A2 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 45 )A27 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 61 )A46 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 73 )A62 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 96 )A74 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 97 through 115 )A97 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 116 through 211 )A116 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 212 through 241 )A212 - 241
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 242 through 277 )A242 - 277
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 5 through 19 )B5 - 19
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 20 through 24 )B20 - 24
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 25 through 47 )B25 - 47
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 48 through 61 )B48 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 62 through 85 )B62 - 85
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 86 through 95 )B86 - 95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る