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- PDB-6dgi: The crystal structure of D-alanyl-alanine synthetase A from Vibri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dgi
タイトルThe crystal structure of D-alanyl-alanine synthetase A from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
要素D-alanine--D-alanine ligase
キーワードLIGASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-alanine--D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of D-alanyl-alanine synthetase A from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2018年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase
B: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2977
ポリマ－76,0052
非ポリマー2925
水1,982110
1
B: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子

A: D-alanine--D-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2977
ポリマ－76,0052
非ポリマー2925
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.588, 64.875, 165.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase


分子量: 38002.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: ddl, VC_A0572 / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: Q9KM17, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.2M magnesium format, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月22日
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44 Å / Num. obs: 30876 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.698 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 5.51 / Num. unique obs: 1533 / CC1/2: 0.782 / Rpim(I) all: 0.357 / Rrim(I) all: 0.788 / Χ2: 0.782 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 2.3→43.787 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.86
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 1429 4.75 %random
Rwork0.1772 ---
obs0.1792 30054 96.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.787 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5171 0 18 110 5299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6327221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7174376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004929
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.26981260.20372735X-RAY DIFFRACTION93
2.3822-2.47760.28331400.20922782X-RAY DIFFRACTION95
2.4776-2.59040.27321500.21012822X-RAY DIFFRACTION97
2.5904-2.72690.25511530.20752843X-RAY DIFFRACTION98
2.7269-2.89770.24871360.21122890X-RAY DIFFRACTION98
2.8977-3.12140.23421400.20272875X-RAY DIFFRACTION98
3.1214-3.43540.20091510.19042874X-RAY DIFFRACTION97
3.4354-3.93230.19341350.16242923X-RAY DIFFRACTION97
3.9323-4.95310.18011290.1382939X-RAY DIFFRACTION97
4.9531-43.79460.20821690.15822942X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4001-0.537-0.35890.58030.51211.9540.06010.2581-0.0384-0.44940.03710.20820.1216-0.2973-0.06280.4471-0.1014-0.12010.33480.06390.211745.86142.32544.3186
21.8961-0.0899-0.27651.1326-0.20991.0045-0.0819-0.08760.06380.05110.07990.19660.0393-0.10770.01560.1378-0.0255-0.01660.16750.01080.312739.238210.474831.7834
32.05742.5383-0.66477.0615-0.02020.4597-0.04890.37280.5195-0.16860.14610.54570.2362-0.23970.04580.34580.06110.05330.50790.16280.633323.229614.406420.029
42.2759-0.1951-0.4772.19910.75462.51980.14230.28020.5342-0.5980.15050.4055-0.3381-0.245-0.18650.3141-0.0099-0.09440.22970.14890.373141.380520.640415.8255
51.22250.22140.2041.22210.34541.9808-0.0360.2697-0.0239-0.31670.0233-0.02550.22120.0386-0.01040.2127-0.00330.00520.19050.01980.136464.6911-2.003618.3063
60.9089-0.1464-0.22690.1401-0.24270.6783-0.00810.02370.1351-0.0117-0.0622-0.2301-0.06340.22280.07190.1859-0.0363-0.03580.2370.02890.278576.33049.153429.7644
71.8845-0.16220.89633.7741.7093.2579-0.020.0231-0.00110.00920.0052-0.09020.22380.05480.01160.1373-0.00360.0350.11560.04340.139368.6727-4.081634.6198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 116 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 233 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 234 through 254 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 255 through 332 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 155 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 156 through 254 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 255 through 333 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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