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万見
- PDB-6dfv: Mouse diabetogenic TCR 8F10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dfv
タイトルMouse diabetogenic TCR 8F10
要素
  • TCR alpha chain
  • TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / Type 1 Diabetes / Autoimmunity
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Wang, Y. / Dai, S.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2019
タイトル: How C-terminal additions to insulin B-chain fragments create superagonists for T cells in mouse and human type 1 diabetes.
著者: Wang, Y. / Sosinowski, T. / Novikov, A. / Crawford, F. / White, J. / Jin, N. / Liu, Z. / Zou, J. / Neau, D. / Davidson, H.W. / Nakayama, M. / Kwok, W.W. / Gapin, L. / Marrack, P. / Kappler, J.W. / Dai, S.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TCR alpha chain
B: TCR beta chain
C: TCR alpha chain
D: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6966
ポリマ－100,5724
非ポリマー1242
水5,747319
1
A: TCR alpha chain
B: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3483
ポリマ－50,2862
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
2
C: TCR alpha chain
D: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3483
ポリマ－50,2862
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.016, 69.691, 69.699
Angle α, β, γ (deg.)111.66, 111.03, 94.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNALAALAAA3 - 1923 - 192
21GLNGLNALAALACC3 - 1923 - 192
12ALAALAASPASPBB2 - 2412 - 241
22ALAALAASPASPDD2 - 2412 - 241

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 TCR alpha chain


分子量: 23405.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
#2: タンパク質 TCR beta chain


分子量: 26880.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 3350, 100mM sodium acetate at pH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 91564 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 11.62
反射 シェル解像度: 1.71→1.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.71→48.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.789 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23113 4820 5 %RANDOM
Rwork0.17081 ---
obs0.17389 91564 90.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20.32 Å2-0.41 Å2
2---0.53 Å2-0.47 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.71→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6770 0 8 319 7097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0156990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.7479497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6081.71114058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8615878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21520.36278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66115990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3751541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3562.4143495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3583496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1963.6084362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.19713.3574363
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2792.683495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2792.683495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0953.9065130
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.3587129
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.3587130
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.69836984
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.45656813
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A50440.13
12C50440.13
21B72940.11
22D72940.11
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 333 -
Rwork0.345 6505 -
obs--87.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21130.7601-0.53712.5005-1.68213.9076-0.15350.1291-0.0854-0.2560.08610.1050.6417-0.04050.06740.1631-0.00320.04780.0159-0.00250.0387-47.117413.4893-33.0016
20.9111-0.32971.02540.9807-1.35723.37540.0292-0.06040.0189-0.21070.12270.15950.5475-0.4778-0.15180.1284-0.1053-0.02720.09610.01070.0376-64.217616.4262-26.3488
32.55580.8934-1.55791.3408-0.94713.2480.1155-0.2450.15540.1357-0.1458-0.1255-0.10630.48390.03030.0369-0.0257-0.01830.0760.00710.0456-41.030121.55249.5427
40.8243-0.2778-0.99521.06280.60712.48540.0817-0.1040.1457-0.0313-0.04630.1231-0.35640.1294-0.03540.0725-0.023-0.01240.0408-0.00540.0952-49.218937.28222.4255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 193
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 206
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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