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- PDB-6df7: TAF1-BD2 in complex with Cpd27 (6-(but-3-en-1-yl)-4-(1-methyl-6-(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6df7
タイトルTAF1-BD2 in complex with Cpd27 (6-(but-3-en-1-yl)-4-(1-methyl-6-(morpholine-4-carbonyl)-1H-benzo[d]imidazol-4-yl)-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one)
要素Transcription initiation factor TFIID subunit
キーワードTranscription/Inhibitor / TAF1-BD2 / Bromodomain / small molecule inhibitor / SBDD / Transcription-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / protein serine/threonine kinase activity / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain-like ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G9V / Transcription initiation factor TFIID subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Murray, J.M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: GNE-371, a Potent and Selective Chemical Probe for the Second Bromodomains of Human Transcription-Initiation-Factor TFIID Subunit 1 and Transcription-Initiation-Factor TFIID Subunit 1-like.
著者: Wang, S. / Tsui, V. / Crawford, T.D. / Audia, J.E. / Burdick, D.J. / Beresini, M.H. / Cote, A. / Cummings, R. / Duplessis, M. / Flynn, E.M. / Hewitt, M.C. / Huang, H.R. / Jayaram, H. / Jiang, ...著者: Wang, S. / Tsui, V. / Crawford, T.D. / Audia, J.E. / Burdick, D.J. / Beresini, M.H. / Cote, A. / Cummings, R. / Duplessis, M. / Flynn, E.M. / Hewitt, M.C. / Huang, H.R. / Jayaram, H. / Jiang, Y. / Joshi, S. / Murray, J. / Nasveschuk, C.G. / Pardo, E. / Poy, F. / Romero, F.A. / Tang, Y. / Taylor, A.M. / Wang, J. / Xu, Z. / Zawadzke, L.E. / Zhu, X. / Albrecht, B.K. / Magnuson, S.R. / Bellon, S. / Cochran, A.G.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit
B: Transcription initiation factor TFIID subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4684
ポリマ－38,6052
非ポリマー8632
水3,351186
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7342
ポリマ－19,3031
非ポリマー4311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcription initiation factor TFIID subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7342
ポリマ－19,3031
非ポリマー4311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.415, 79.701, 83.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit


分子量: 19302.543 Da / 分子数: 2 / 断片: Bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: TAF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U3KMH2
#2: 化合物 ChemComp-G9V / 6-(but-3-en-1-yl)-4-[1-methyl-6-(morpholine-4-carbonyl)-1H-benzimidazol-4-yl]-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one


分子量: 431.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 28% w/v PEG MME 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.914 Å / Num. obs: 22773 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 45.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.003-2.017.52.2432190.3640.872.407100
9.264-41.9145.10.0382620.9980.0170.04289.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i1q

5i1q


解像度: 2→21.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1131 4.97 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 22754 93.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 154.06 Å2 / Biso mean: 50.37 Å2 / Biso min: 27.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9237 Å20 Å20 Å2
2---1.2048 Å20 Å2
3---2.1285 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→21.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2089 0 64 186 2339
Biso mean--39.06 61.04 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d757SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes380HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2214HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion287SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2693SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2214HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3017HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2342 116 4.48 %
Rwork0.2313 2471 -
all0.2314 2587 -
obs--81.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6098-0.16350.156300.14121.2777-0.0483-0.21430.07210.03530.1054-0.0942-0.2070.0086-0.0571-0.0006-0.0069-0.0326-0.0621-0.01680.013623.1005-0.045686.0482
21.126-0.2767-0.41482.41731.57153.2711-0.1472-0.13120.02390.19970.2669-0.06960.03760.3873-0.1197-0.08050.07590.0206-0.04050.0174-0.040320.8424-19.10999.6855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1501 - 1635
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1501 - 1621

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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