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- PDB-6deb: Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6deb
タイトルCrystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase in the Complex with Methotrexate from Campylobacter jejuni
要素Bifunctional protein FolD
キーワードOXIDOREDUCTASE / MTHFDC / alpha-beta-fold / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 1. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase signature 2. / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, conserved site / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / GUANINE / : / METHOTREXATE / Bifunctional protein FolD
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Bifunctional Enzyme FolD-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase in the Complex with Methotrexate from Campylobacter jejuni
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein FolD
B: Bifunctional protein FolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,25616
ポリマ－61,3132
非ポリマー1,94214
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.867, 59.086, 72.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional protein FolD


分子量: 30656.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: folD, Cj0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 magic
参照: UniProt: Q0PA35, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase

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非ポリマー , 8種, 511分子

#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5
#8: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium chloride, 20 % w/v Polyehtlyene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 72243 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Num. unique obs: 2555 / % possible all: 68.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1161精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DE8

6de8


解像度: 1.7→38.137 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 3639 5.04 %
Rwork0.161 --
obs0.1624 72236 95.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4268 0 127 497 4892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3066289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.921751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6993-1.72170.1765930.16581711X-RAY DIFFRACTION63
1.7217-1.74530.2284870.17082028X-RAY DIFFRACTION72
1.7453-1.77020.22811110.17142154X-RAY DIFFRACTION79
1.7702-1.79660.21270.16882364X-RAY DIFFRACTION86
1.7966-1.82470.19291370.16812700X-RAY DIFFRACTION97
1.8247-1.85460.18371510.15532711X-RAY DIFFRACTION98
1.8546-1.88660.21551640.15642691X-RAY DIFFRACTION99
1.8866-1.92090.24211280.1552728X-RAY DIFFRACTION98
1.9209-1.95780.16981450.16082729X-RAY DIFFRACTION99
1.9578-1.99780.19571600.1652712X-RAY DIFFRACTION99
1.9978-2.04120.19531410.15762748X-RAY DIFFRACTION99
2.0412-2.08870.19761560.15912703X-RAY DIFFRACTION100
2.0887-2.1410.18761320.16142720X-RAY DIFFRACTION99
2.141-2.19880.17821540.15452734X-RAY DIFFRACTION99
2.1988-2.26350.17591460.15172766X-RAY DIFFRACTION100
2.2635-2.33660.20341480.15942738X-RAY DIFFRACTION100
2.3366-2.42010.20261500.15912774X-RAY DIFFRACTION100
2.4201-2.5170.17911450.15932755X-RAY DIFFRACTION100
2.517-2.63150.23071490.16762753X-RAY DIFFRACTION100
2.6315-2.77020.18781650.17152757X-RAY DIFFRACTION100
2.7702-2.94370.19721480.17122783X-RAY DIFFRACTION100
2.9437-3.17090.21621340.17332775X-RAY DIFFRACTION100
3.1709-3.48980.18321430.1682802X-RAY DIFFRACTION99
3.4898-3.99430.18061380.1542728X-RAY DIFFRACTION98
3.9943-5.03050.14541600.13922720X-RAY DIFFRACTION97
5.0305-38.14620.18231270.16952813X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12992.3779-0.83627.9004-1.10030.84620.0884-0.04280.09190.3319-0.04940.3391-0.0933-0.1162-0.06390.1325-0.0007-0.00080.2058-0.00410.0975-39.6951-2.374419.5773
26.77261.2475-0.44733.37771.07192.9180.2984-0.69750.60610.2778-0.1533-0.2068-0.22820.0779-0.09490.1718-0.0425-0.01590.1841-0.03110.1614-22.5874-7.515922.5799
33.1456-0.5079-0.54111.40020.26123.05460.0197-0.07170.14680.0275-0.018-0.2131-0.06960.26090.00410.1429-0.0116-0.01350.11770.01020.1414-16.1484-13.204813.0243
42.6425-2.8977-2.39523.612.48862.0220.01720.1668-0.1495-0.0525-0.15370.21330.0036-0.15980.18340.1263-0.0072-0.00780.1249-0.00510.1062-31.4403-2.60853.1984
51.7011-0.1794-0.87542.49320.46721.9660.1319-0.22020.26160.12750.024-0.2207-0.21920.2099-0.09010.1464-0.02850.01720.1381-0.02390.1371-26.86415.26957.086
66.26253.17242.02535.07255.5327.59340.21060.0251-0.5260.1418-0.2441-0.02460.3354-0.2734-0.03040.08840.00830.01380.22890.0180.1006-32.8942-10.342613.1205
74.8644-5.34480.60025.9587-1.89941.62810.25170.31740.174-0.4919-0.2049-0.4923-0.05920.08540.00980.1404-0.0080.03980.18630.00040.1475-6.698-1.9816-28.0207
83.58150.7366-0.59241.2349-0.12171.4899-0.01930.27650.0045-0.03740.03850.0301-0.0053-0.1237-0.01950.14580.0166-0.00390.1243-0.01360.1165-24.4357-16.0319-23.0669
90.87061.1804-2.10882.734-3.35485.01690.0672-0.1306-0.06280.0547-0.2282-0.1814-0.02660.33560.22870.13110.0123-0.01570.14070.00510.1349-15.1957-2.1702-11.5415
101.7737-0.3789-0.49790.6371-0.25061.94180.14070.13250.2233-0.0907-0.0374-0.0317-0.1972-0.0613-0.07750.15180.01310.03380.08990.01740.1279-25.20412.3901-17.5375
111.3903-1.4645-0.12667.8497-0.79680.58470.08610.09820.1053-0.0158-0.0795-0.2164-0.10480.02310.00960.129-0.01020.03270.17540.00490.0757-15.42642.319-23.9524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 59 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 261 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 262 through 282 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid -1 through 27 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 28 through 121 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 122 through 150 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 151 through 243 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 244 through 282 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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