PDB-6ddk: Crystal structure of the double mutant (D52N/R367Q) of the full-l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ddk

タイトル

Crystal structure of the double mutant (D52N/R367Q) of the full-length NT5C2 in the basal state

要素

Cytosolic purine 5'-nucleotidase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA206501	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30CA013696	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10OD012018	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	T32-CA09503	米国

引用

ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia.
著者: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A.

履歴

登録	2018年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ddk.cif.gz	420 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ddk.ent.gz	341 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ddk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ddk_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ddk_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	6ddk_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	6ddk_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dd3C 6ddbSC 6ddcC 6ddhC 6ddlC 6ddoC 6ddqC 6ddxC 6ddyC 6ddzC 6de0C 6de1C 6de2C 6de3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ddq-1 6ddo-1 2qjp-1 5kli-2 1633 2qjp-2 6ai6-d 5xb7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

A: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

B: Cytosolic purine 5'-nucleotidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, crystal structure also suggests tetrameric assembly.
268 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.852, 171.396, 122.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-921- HOH
2	1	B-857- HOH

#1: タンパク質	Cytosolic purine 5'-nucleotidase / Cytosolic 5'-nucleotidase II 分子量: 66926.672 Da / 分子数: 2 / 変異: D52N, R367Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: pLOC_NT5C2 / Cell (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 10% (w/v) PEG 3350, and 200 mM L-proline

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月6日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→49.81 Å / Num. obs: 44612 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 1 / Net I/av σ(I): 20.4 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 2734 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.15 / R_rim(I) all: 0.55 / Χ²: 0.68 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
COMO		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DDB

6ddb

解像度: 2.5→49.81 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	4459	10 %
R_work	0.1623	-	-
obs	0.1684	44612	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8002	0	10	516	8528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8217
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.906	11102
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.775	4869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5285	0.284	156	0.1922	1311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5285-2.5582	0.245	156	0.1883	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5582-2.5894	0.2749	140	0.1803	1323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6222	0.2443	157	0.1755	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6222-2.6567	0.3033	130	0.1776	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6567-2.6931	0.3218	149	0.2002	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6931-2.7315	0.2556	155	0.1944	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7723	0.2867	142	0.1932	1348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8156	0.2857	155	0.1824	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8618	0.2686	160	0.1817	1310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-2.9111	0.2478	142	0.1731	1341	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.964	0.2344	137	0.1699	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.021	0.2972	134	0.1838	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.0827	0.2678	146	0.1916	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.1497	0.2747	153	0.1882	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.223	0.2741	148	0.1987	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.223-3.3036	0.2531	161	0.1998	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3036-3.3929	0.2483	146	0.1774	1337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3929-3.4927	0.212	169	0.1617	1307	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4927-3.6054	0.2235	154	0.1528	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6054-3.7342	0.1869	130	0.1478	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7342-3.8837	0.1684	144	0.1357	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8837-4.0603	0.2065	158	0.135	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0603-4.2743	0.1653	149	0.1327	1336	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2743-4.5419	0.1876	141	0.1281	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5419-4.8923	0.1917	159	0.1246	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8923-5.3841	0.183	146	0.1389	1358	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3841-6.162	0.2014	152	0.1611	1372	X-RAY DIFFRACTION	100
6.162-7.7587	0.1939	147	0.1688	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7587-49.8204	0.1806	143	0.1688	1464	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 16.061 Å / Origin y: 56.3292 Å / Origin z: 27.8422 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0432 Å²	-0.0078 Å²	0.0029 Å²	-	0.0523 Å²	0.0011 Å²	-	-	0.0433 Å²
L	0.0493 °²	-0.0115 °²	-0.0172 °²	-	0.0732 °²	-0.0067 °²	-	-	0.0832 °²
S	0.0257 Å °	0.0005 Å °	-0.0158 Å °	-0.0202 Å °	-0.0463 Å °	-0.0461 Å °	-0.0395 Å °	0.034 Å °	-0.0247 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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