+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ai6 | ||||||
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Title | Crystal structure of SpCas9-NG | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/RNA/DNA / nuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex / HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Streptococcus pyogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Nishimasu, H. / Hirano, S. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2018 Title: Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space Authors: Nishimasu, H. / Shi, X. / Ishiguro, S. / Gao, L. / Hirano, S. / Okazaki, S. / Noda, T. / Abudayyeh, O.O. / Gootenberg, J.S. / Mori, H. / Oura, S. / Holmes, B. / Tanaka, M. / Seki, M. / ...Authors: Nishimasu, H. / Shi, X. / Ishiguro, S. / Gao, L. / Hirano, S. / Okazaki, S. / Noda, T. / Abudayyeh, O.O. / Gootenberg, J.S. / Mori, H. / Oura, S. / Holmes, B. / Tanaka, M. / Seki, M. / Hirano, H. / Aburatani, H. / Ishitani, R. / Ikawa, M. / Yachie, N. / Zhang, F. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ai6.cif.gz | 683.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ai6.ent.gz | 553 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ai6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ai6_validation.pdf.gz | 483.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ai6_full_validation.pdf.gz | 501.2 KB | Display | |
Data in XML | 6ai6_validation.xml.gz | 48 KB | Display | |
Data in CIF | 6ai6_validation.cif.gz | 66.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ai6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6ai6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4un3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8463.485 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Streptococcus pyogenes (bacteria) |
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#4: DNA chain | Mass: 2472.638 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Streptococcus pyogenes (bacteria) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 159226.516 Da / Num. of mol.: 1 Mutation: N863A, L1111R, D1135V, G1218R, E1219F, A1322R, R1355V, T1357R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes serotype M1 (bacteria) Gene: cas9, csn1, SPy_1046 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q99ZW2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: RNA chain | Mass: 26209.588 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Streptococcus pyogenes (bacteria) |
-Non-polymers , 4 types, 52 molecules
#5: Chemical | ChemComp-K / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: Tris-acetate, pH 8.0, KSCN, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 8, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.17 Å / Num. obs: 58235 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Rmerge(I) obs: 1.202 / Num. unique obs: 4509 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.778 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4UN3 Resolution: 2.7→48.166 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.96
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→48.166 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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