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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ddh | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the double mutant (D52N/R367Q) of NT5C2-537X in the active state, Northeast Structural Genomics Target | |||||||||||||||
![]() | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / Ribavirin ADME / IMP metabolic process / IMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. ...Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia. 著者: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 213.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 744.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 746.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dd3C ![]() 6ddbC ![]() 6ddcC ![]() 6ddkC ![]() 6ddlC ![]() 6ddoC ![]() 6ddqC ![]() 6ddxC ![]() 6ddyC ![]() 6ddzC ![]() 6de0C ![]() 6de1C ![]() 6de2C ![]() 6de3C ![]() 2xcwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63927.688 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-536 / 変異: D52N, R367Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.5), 20% (w/v) PEG 1000, and 0.1 M ammonium nitrate, 5 mM ATP, 5 mM IMP, 5 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→48.661 Å / Num. obs: 32593 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.01 / Net I/av σ(I): 28 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1622 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.2 / Rrim(I) all: 0.52 / Χ2: 0.83 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2XCW 解像度: 2.35→48.661 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.661 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.3093 Å / Origin y: 25.0343 Å / Origin z: 45.859 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |