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- PDB-6dd2: Crystal structure of Selaginella moellendorffii HCT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dd2
タイトルCrystal structure of Selaginella moellendorffii HCT
要素Probable hydroxycinnamoyl transferase
キーワードTRANSFERASE / BAHD acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase / shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
: / Transferase family / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable hydroxycinnamoyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9056 Å
データ登録者Levsh, O. / Chiang, Y.C. / Lam, C.K. / Wang, Y. / Weng, J.K.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Other privatePew Scholar Program in the Biomedical Sciences 米国
Other privateSearle Scholars Program 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: PLoS Comput. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural and dynamic basis of substrate permissiveness in hydroxycinnamoyltransferase (HCT).
著者: Chiang, Y.C. / Levsh, O. / Lam, C.K. / Weng, J.K. / Wang, Y.
履歴
登録2018年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable hydroxycinnamoyl transferase
B: Probable hydroxycinnamoyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9892
ポリマ－98,9892
非ポリマー00
水00
1
A: Probable hydroxycinnamoyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4941
ポリマ－49,4941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable hydroxycinnamoyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4941
ポリマ－49,4941
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.390, 83.749, 188.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable hydroxycinnamoyl transferase


分子量: 49494.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selaginella moellendorffii (イヌカタヒバ)
遺伝子: BAHDe7-1, SELMODRAFT_450171 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D8T7G0, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, shikimate O-hydroxycinnamoyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10.2 mg/mL SmHCT was used in a 2 uL protein, 1 uL reservoir solution hanging drop setup. The reservoir solution consisted of 0.1 M HEPES:NaOH, 2 M ammonium sulfate at pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→61.54 Å / Num. obs: 15752 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.81→2.96 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2270 / Rpim(I) all: 0.345 / Rrim(I) all: 0.715 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KJS

5kjs


解像度: 2.9056→42.502 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 31.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 2005 8.3 %
Rwork0.2486 --
obs0.2537 24166 84.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9056→42.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6474 0 0 0 6474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7639039
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.022445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9056-2.97820.3791070.32811280X-RAY DIFFRACTION69
2.9782-3.05870.38181310.31751346X-RAY DIFFRACTION74
3.0587-3.14870.33511270.30751426X-RAY DIFFRACTION77
3.1487-3.25030.38161370.29841439X-RAY DIFFRACTION79
3.2503-3.36640.3451240.28881449X-RAY DIFFRACTION79
3.3664-3.50120.35211350.2791475X-RAY DIFFRACTION79
3.5012-3.66040.34041350.26561466X-RAY DIFFRACTION80
3.6604-3.85330.34081550.26341683X-RAY DIFFRACTION91
3.8533-4.09450.29611490.23871603X-RAY DIFFRACTION87
4.0945-4.41040.2511590.21511736X-RAY DIFFRACTION92
4.4104-4.85360.27891560.19431737X-RAY DIFFRACTION93
4.8536-5.55460.27841590.21561788X-RAY DIFFRACTION95
5.5546-6.99320.26471600.251802X-RAY DIFFRACTION94
6.9932-42.50680.29451710.23651931X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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