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- PDB-6dcl: Crystal structure of UP1 bound to pri-miRNA-18a terminal loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dcl
タイトルCrystal structure of UP1 bound to pri-miRNA-18a terminal loop
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
  • RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*GP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RRM / hnRNP A1 / RNA / Complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / pre-mRNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing ...cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / telomeric repeat-containing RNA binding / pre-mRNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / nuclear export / RNA export from nucleus / miRNA binding / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / mRNA transport / cellular response to glucose starvation / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded DNA binding / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
hnRNP A3, RNA recognition motif 2 / hnRNP A1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...hnRNP A3, RNA recognition motif 2 / hnRNP A1, RNA recognition motif 1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1/A2, C-terminal / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, LC domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Kooshapur, H. / Sattler, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for terminal loop recognition and stimulation of pri-miRNA-18a processing by hnRNP A1.
著者: Kooshapur, H. / Choudhury, N.R. / Simon, B. / Muhlbauer, M. / Jussupow, A. / Fernandez, N. / Jones, A.N. / Dallmann, A. / Gabel, F. / Camilloni, C. / Michlewski, G. / Caceres, J.F. / Sattler, M.
履歴
登録2018年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1
C: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0965
ポリマ－51,0344
非ポリマー621
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.028, 127.028, 147.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-110-

HOH

21C-111-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and resid 3 through 10)
21(chain D and resid 3 through 10)
12(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...
22(chain B and (resid 8 through 22 or resid 24...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111UUGG(chain C and resid 3 through 10)CC3 - 103 - 10
211UUGG(chain D and resid 3 through 10)DD3 - 103 - 10
112LYSLYSSERSER(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...AA8 - 2211 - 25
122GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...AA24 - 5227 - 55
132SERSERGLNGLN(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...AA54 - 9657 - 99
142PROPROILEILE(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...AA98 - 131101 - 134
152VALVALASPASP(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...AA133 - 139136 - 142
162LYSLYSSERSER(chain A and (resid 8 through 22 or resid 24...AA145 - 182148 - 185
212LYSLYSSERSER(chain B and (resid 8 through 22 or resid 24...BB8 - 2211 - 25
222GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 8 through 22 or resid 24...BB24 - 5227 - 55
232SERSERGLNGLN(chain B and (resid 8 through 22 or resid 24...BB54 - 9657 - 99
242PROPROILEILE(chain B and (resid 8 through 22 or resid 24...BB98 - 131101 - 134
252VALVALSERSER(chain B and (resid 8 through 22 or resid 24...BB133 - 182136 - 185

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 / hnRNP A1 / Helix-destabilizing protein / Single-strand RNA-binding protein / hnRNP core protein A1


分子量: 21656.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPA1, HNRPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09651
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*UP*AP*GP*AP*UP*UP*AP*GP*C)-3')


分子量: 3860.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→48.07 Å / Num. obs: 24934 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 52.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / Num. unique obs: 2731 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.316 / Rrim(I) all: 1.008 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.497→48.066 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 1259 5.06 %
Rwork0.2019 --
obs0.2032 24892 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 171.22 Å2 / Biso mean: 72.3367 Å2 / Biso min: 24.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.497→48.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 451 4 72 3373
Biso mean--62.35 47.01 -
残基数----375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083410
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0724684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2941999
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C186X-RAY DIFFRACTION9.971TORSIONAL
12D186X-RAY DIFFRACTION9.971TORSIONAL
21A1605X-RAY DIFFRACTION9.971TORSIONAL
22B1605X-RAY DIFFRACTION9.971TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4972-2.59720.36921260.32222556268299
2.5972-2.71530.34121430.276225602703100
2.7153-2.85850.32581280.262525872715100
2.8585-3.03760.28311250.257525992724100
3.0376-3.2720.26071370.248826032740100
3.272-3.60120.21761460.21426082754100
3.6012-4.12210.20211460.175326242770100
4.1221-5.19240.20091640.157326472811100
5.1924-48.07480.19251440.174928492993100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32262.21410.70016.2044-0.38711.940.0073-0.08930.0840.2875-0.16080.164-0.1633-0.00450.13930.25630.17560.0330.4269-0.04150.28942.029518.9667-11.4928
29.15361.3928-5.76257.48291.36017.30340.11531.6870.4507-0.8966-0.00090.8041-0.313-1.0864-0.10260.46980.2568-0.03540.7804-0.00070.4291-4.946424.4001-26.4352
33.48621.8330.84352.9632-1.26165.55130.43291.02080.6848-1.04-0.0423-0.0693-0.6970.1545-0.37670.86890.39870.24950.85630.17920.65762.952738.5269-33.9568
41.481-0.92020.11551.4370.10990.54160.13110.24960.5145-0.4007-0.1302-0.25-0.3694-0.04810.12211.21510.76060.16380.84590.14940.7897-18.344656.1483-29.4791
57.568-1.1236-2.87710.44780.80811.61150.12310.6097-1.227-0.5827-0.46880.28810.0636-0.08190.30160.97670.63860.0790.920.05460.7231-19.73539.078-29.1127
64.9376-2.69071.12877.7438-0.30241.55580.1169-0.1428-0.01760.3156-0.06340.5616-0.217-0.8907-0.04370.54220.35870.09940.89750.02430.4787-22.143433.0126-12.8201
71.9199-2.53630.14143.4004-0.19330.0516-0.5104-0.5226-0.50630.470.19420.9534-0.0283-0.72180.29520.43030.25760.0240.8999-0.11020.5909-14.63116.9556-20.7373
80.1758-0.7279-0.05132.97510.21790.01510.57271.4130.3844-0.535-0.632-0.0003-0.0810.1399-0.00281.22550.79780.12911.41840.20390.6438-14.226243.3204-40.9288
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 88 )A8 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 105 )A89 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 188 )A106 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 88 )B8 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 89 through 105 )B89 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 183 )B106 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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