PDB-6dcj: LpoA N-terminal domain from Haemophilus influenzae; monoclinic fo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dcj

タイトル

LpoA N-terminal domain from Haemophilus influenzae; monoclinic form at 1.35 A resolution

要素

Penicillin-binding protein activator LpoA

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / peptidoglycan synthesis / TPR-like / outer membrane lipoprotein / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of the amino-terminal domain of LpoA from Escherichia coli and Haemophilus influenzae.
著者: Kelley, A. / Vijayalakshmi, J. / Saper, M.A.

履歴

登録	2018年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dcj.cif.gz	344.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dcj.ent.gz	235.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6dcj_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6dcj_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	6dcj_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	6dcj_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/6dcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6dr3C 4p29S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kl5-2 2i2f-d 1jhe-d 3omc-1 6wh2-d 4i4r-2 6rgb-d 1lzw-d 4c9f-2 1u5d-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein activator LpoA

B: Penicillin-binding protein activator LpoA

ヘテロ分子

52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Penicillin-binding protein activator LpoA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Penicillin-binding protein activator LpoA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.988, 36.927, 95.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.084, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein activator LpoA / PBP activator LpoA 分子量: 26258.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: lpoA, HI_1655 / プラスミド: pETBlue2 / 詳細 (発現宿主): T7 promoter and C-terminal His6 tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) pLacI / 参照: UniProt: P45299
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein was 10 mg/ml in 0.1% beta-mercaptoethanol, 1 mM EDTA, 0.1 mM benzamidine, 20 mM Tris-HCl pH 8.0. Precipitant contained 20% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M HEPES pH 7.5. 2 ul protein ...詳細: Protein was 10 mg/ml in 0.1% beta-mercaptoethanol, 1 mM EDTA, 0.1 mM benzamidine, 20 mM Tris-HCl pH 8.0. Precipitant contained 20% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M HEPES pH 7.5. 2 ul protein mixed with 2 ul precipitant on silated cover slip and equilibrated over a reservoir containing 1 ml precipitant. PH範囲: 7.5-8.0

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein was 10 mg/ml in 0.1% beta-mercaptoethanol, 1 mM EDTA, 0.1 mM benzamidine, 20 mM Tris-HCl pH 8.0. Precipitant contained 20% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M HEPES pH 7.5. 2 ul protein ...
PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 140 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→34.5 Å / Num. obs: 91763 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 3.28 % / B_iso Wilson estimate: 15.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 303668 / Scaling rejects: 2279

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	Χ²	% possible all
1.35-1.4	2.13	0.262	2.9	6012	1.07	59.9
1.4-1.45	2.4	0.229	3.7	7526	1.1	74.6
1.45-1.52	2.85	0.184	4.6	9135	0.99	90.8
1.52-1.6	3.52	0.151	5.8	10120	0.96	99.4
1.6-1.7	3.58	0.113	7.5	10031	0.91	99.6
1.7-1.83	3.62	0.085	9.9	10133	0.89	99.9
1.83-2.02	3.66	0.062	13.2	10066	0.88	99.6
2.02-2.31	3.58	0.043	19.6	10134	0.9	99.3
2.31-2.91	3.59	0.038	24.7	10165	1.02	99.5
2.91-34.5	3.16	0.034	29.8	8441	1.18	80.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	34.44 Å
Translation	2 Å	34.44 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
d*TREK	8.0I	データ削減
d*TREK	8.0I	データスケーリング
PHASER	2.7.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P29

4p29

解像度: 1.35→34.44 Å / SU ML: 0.1352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.9643

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	7328	8.02 %
R_work	0.1554	-	-
obs	0.1582	91406	90.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→34.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3519	0	2	683	4204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	3712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.867	5046
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.315	1423

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.37	0.2964	152	0.2605	1722	X-RAY DIFFRACTION	56.07
1.37-1.38	0.2892	171	0.2399	1830	X-RAY DIFFRACTION	60.29
1.38-1.4	0.2837	167	0.2243	2023	X-RAY DIFFRACTION	65.81
1.4-1.42	0.241	197	0.2183	2177	X-RAY DIFFRACTION	70.3
1.42-1.43	0.2693	197	0.21	2285	X-RAY DIFFRACTION	74.92
1.43-1.45	0.2571	215	0.1858	2458	X-RAY DIFFRACTION	80.83
1.45-1.48	0.2303	238	0.1715	2679	X-RAY DIFFRACTION	85.9
1.48-1.5	0.2272	232	0.1588	2786	X-RAY DIFFRACTION	91.43
1.5-1.52	0.2231	270	0.1493	3006	X-RAY DIFFRACTION	97.41
1.52-1.55	0.1899	254	0.1475	3062	X-RAY DIFFRACTION	99.31
1.55-1.57	0.1848	257	0.1433	3072	X-RAY DIFFRACTION	99.28
1.57-1.6	0.2028	294	0.1377	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.6-1.63	0.1776	258	0.1389	3036	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.63-1.66	0.1719	255	0.1421	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.66-1.7	0.1721	286	0.1406	3092	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.7-1.74	0.1836	259	0.1397	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.74-1.78	0.1888	260	0.1329	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.78-1.83	0.1685	265	0.1388	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.83-1.89	0.1825	271	0.1434	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.89-1.95	0.1657	268	0.1445	3131	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.95-2.02	0.1746	280	0.1402	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.02-2.1	0.1731	265	0.1377	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.1-2.19	0.1614	277	0.1298	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.19-2.31	0.171	254	0.1317	3117	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.31-2.45	0.1661	276	0.1366	3075	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.45-2.64	0.1789	265	0.1416	3111	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.64-2.91	0.179	271	0.1456	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.91-3.33	0.1648	262	0.1569	3069	X-RAY DIFFRACTION	97.45
3.33-4.19	0.208	225	0.1794	2545	X-RAY DIFFRACTION	80.71
4.19-34.45	0.2912	187	0.2587	2091	X-RAY DIFFRACTION	64.04

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)