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万見
- PDB-6dce: X-ray structure of FIP200 claw domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dce
タイトルX-ray structure of FIP200 claw domain
要素RB1-inducible coiled-coil protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / autophagy / FIP200
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / phagophore assembly site membrane / pexophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy ...Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / phagophore assembly site membrane / pexophagy / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / positive regulation of cell size / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of autophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / liver development / autophagy / heart development / nuclear membrane / defense response to virus / molecular adaptor activity / lysosome / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11
類似検索 - ドメイン・相同性
RB1-inducible coiled-coil protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Su, M.-Y. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2019
タイトル: FIP200 Claw Domain Binding to p62 Promotes Autophagosome Formation at Ubiquitin Condensates.
著者: Turco, E. / Witt, M. / Abert, C. / Bock-Bierbaum, T. / Su, M.Y. / Trapannone, R. / Sztacho, M. / Danieli, A. / Shi, X. / Zaffagnini, G. / Gamper, A. / Schuschnig, M. / Fracchiolla, D. / ...著者: Turco, E. / Witt, M. / Abert, C. / Bock-Bierbaum, T. / Su, M.Y. / Trapannone, R. / Sztacho, M. / Danieli, A. / Shi, X. / Zaffagnini, G. / Gamper, A. / Schuschnig, M. / Fracchiolla, D. / Bernklau, D. / Romanov, J. / Hartl, M. / Hurley, J.H. / Daumke, O. / Martens, S.
履歴
登録2018年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9064
ポリマ－11,6171
非ポリマー2883
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.779, 89.220, 80.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200


分子量: 11617.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.4, 2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→44.63 Å / Num. obs: 16114 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.56→19.672 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 22.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1508 9.52 %
Rwork0.2079 --
obs0.211 15835 98.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→19.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数758 0 15 70 843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8191065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.09468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.61030.26581290.25541222X-RAY DIFFRACTION93
1.6103-1.66790.26681300.23061235X-RAY DIFFRACTION95
1.6679-1.73460.23931330.21571264X-RAY DIFFRACTION96
1.7346-1.81350.1961350.19521285X-RAY DIFFRACTION98
1.8135-1.9090.23281330.19751267X-RAY DIFFRACTION97
1.909-2.02850.22511370.19521304X-RAY DIFFRACTION99
2.0285-2.1850.21751390.2021316X-RAY DIFFRACTION99
2.185-2.40450.24871380.20971320X-RAY DIFFRACTION100
2.4045-2.75160.27821420.23881338X-RAY DIFFRACTION100
2.7516-3.46370.24591420.2211352X-RAY DIFFRACTION100
3.4637-19.67370.23431500.19041424X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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