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- PDB-6dc9: Fab/epitope complex of human chimeric monoclonal antibody h4E6 ta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dc9
タイトルFab/epitope complex of human chimeric monoclonal antibody h4E6 targeting a phosphorylated tau epitope.
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Microtubule-associated protein tau
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / fab / tau / phosphorylation state -specific antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / glial cell projection / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / synapse assembly / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / supramolecular fiber organization / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / positive regulation of microtubule polymerization / axon cytoplasm / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / stress granule assembly / nuclear periphery / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein phosphatase 2A binding / cellular response to reactive oxygen species / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein homooligomerization / synapse organization / regulation of synaptic plasticity / PKR-mediated signaling / response to lead ion / SH3 domain binding / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / growth cone / cell body / actin binding / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.999 Å
データ登録者Chukwu, J.E. / Kong, X.-P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS077239 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG032611 米国
引用ジャーナル: MAbs / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of monoclonal antibodies targeting C-terminal Ser404region of phosphorylated tau protein.
著者: Chukwu, J.E. / Congdon, E.E. / Sigurdsson, E.M. / Kong, X.P.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
P: Microtubule-associated protein tau
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
Q: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3839
ポリマ－100,1006
非ポリマー2823
水905
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
P: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2375
ポリマ－50,0503
非ポリマー1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
2
I: Fab heavy chain
M: Fab light chain
Q: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1454
ポリマ－50,0503
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.212, 65.080, 97.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PQ

#3: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 3430.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636

-
抗体 , 2種, 4分子 HILM

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23135.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23484.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Hek-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25.5% polyethylene glycol 4000 and 0.17 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→48.69 Å / Num. obs: 18575 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 10.15
反射 シェル解像度: 2.99→3.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.999→48.692 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 1859 9.96 %
Rwork0.2021 --
obs0.208 35852 99.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.999→48.692 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6597 0 16 5 6618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5959231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9824050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081175
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9994-3.04050.3531460.31351278X-RAY DIFFRACTION98
3.0405-3.0840.33761370.29921259X-RAY DIFFRACTION99
3.084-3.130.35761320.28971330X-RAY DIFFRACTION99
3.13-3.17890.37211420.29011275X-RAY DIFFRACTION99
3.1789-3.2310.36261580.27321276X-RAY DIFFRACTION99
3.231-3.28670.3261270.27141300X-RAY DIFFRACTION99
3.2867-3.34640.33241500.26371278X-RAY DIFFRACTION99
3.3464-3.41080.28471430.24631316X-RAY DIFFRACTION99
3.4108-3.48040.32861410.23181279X-RAY DIFFRACTION99
3.4804-3.5560.30361380.23921281X-RAY DIFFRACTION99
3.556-3.63870.30161310.22471333X-RAY DIFFRACTION99
3.6387-3.72970.24891440.22121243X-RAY DIFFRACTION99
3.7297-3.83050.28791560.22411334X-RAY DIFFRACTION99
3.8305-3.94320.28871290.20921265X-RAY DIFFRACTION99
3.9432-4.07040.28641400.2151307X-RAY DIFFRACTION99
4.0704-4.21580.25011450.19081266X-RAY DIFFRACTION99
4.2158-4.38450.24441470.16221310X-RAY DIFFRACTION100
4.3845-4.58390.23111410.15831305X-RAY DIFFRACTION99
4.5839-4.82540.191440.15131256X-RAY DIFFRACTION100
4.8254-5.12740.2311470.15451323X-RAY DIFFRACTION100
5.1274-5.52280.25531480.16251267X-RAY DIFFRACTION100
5.5228-6.07760.24681480.16841315X-RAY DIFFRACTION100
6.0776-6.95490.25441400.19841306X-RAY DIFFRACTION100
6.9549-8.75410.22521470.17411293X-RAY DIFFRACTION100
8.7541-48.69810.15891500.16821286X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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