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- PDB-6dbd: Crystal Structure of VHH R326 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dbd
タイトルCrystal Structure of VHH R326
要素nanobody VHH R326
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody VHH Listeria
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Brooks, C.L. / Toride King, M. / Huh, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)SC3GM112532 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of VHH-mediated neutralization of the food-borne pathogenListeria monocytogenes.
著者: King, M.T. / Huh, I. / Shenai, A. / Brooks, T.M. / Brooks, C.L.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年9月12日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.32019年11月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nanobody VHH R326
B: nanobody VHH R326
C: nanobody VHH R326
D: nanobody VHH R326
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7566
ポリマ－56,6744
非ポリマー822
水8,341463
1
A: nanobody VHH R326


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1691
ポリマ－14,1691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: nanobody VHH R326
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1922
ポリマ－14,1691
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: nanobody VHH R326


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1691
ポリマ－14,1691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: nanobody VHH R326
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2282
ポリマ－14,1691
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.701, 97.701, 243.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-428-

HOH

-
要素

#1: 抗体
nanobody VHH R326


分子量: 14168.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1< sodium acetate, 22% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.755→69.51 Å / Num. obs: 68308 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.76-1.817.10.794.2193.4
7.85-69.5116.20.03937.1196.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DBA

6dba


解像度: 1.755→48.85 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1819 3443 5.06 %
Rwork0.1595 --
obs0.1607 68035 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.76 Å2 / Biso mean: 36.5136 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.755→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3305 0 8 463 3776
Biso mean--50.51 44.46 -
残基数----448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0824562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9351963
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7554-1.77950.22791220.21172390251291
1.7795-1.80490.19771150.20352385250092
1.8049-1.83180.2211250.17712430255594
1.8318-1.86050.19991230.18412444256794
1.8605-1.8910.18061290.17412440256995
1.891-1.92360.21241440.17532451259595
1.9236-1.95860.18041350.16262483261896
1.9586-1.99620.19491410.15752538267998
1.9962-2.0370.17751430.15262557270098
2.037-2.08130.19141440.1552574271899
2.0813-2.12970.1771310.15112576270799
2.1297-2.18290.19161240.150226062730100
2.1829-2.2420.16451560.143225912747100
2.242-2.30790.17921500.15072587273799
2.3079-2.38240.18011450.14726272772100
2.3824-2.46760.18591250.152726002725100
2.4676-2.56640.1631400.153526502790100
2.5664-2.68320.16991340.155726212755100
2.6832-2.82460.22021390.155626522791100
2.8246-3.00150.17761550.161226352790100
3.0015-3.23330.15721480.161826762824100
3.2333-3.55850.17271260.154426992825100
3.5585-4.07330.17291530.144927072860100
4.0733-5.1310.15621480.131627542902100
5.131-48.86940.23621480.21822919306799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9674-0.6008-2.08652.65571.49294.5784-0.07120.19890.1582-0.14340.11140.1556-0.0297-0.3146-0.06140.2584-0.06030.01450.21030.03410.26926.179451.21920.2394
24.2708-0.9372-1.63865.00271.10325.37920.05220.05670.38040.29260.3070.44270.1245-0.6523-0.30840.2182-00.03730.27450.06840.3223-3.294151.11227.7452
32.2627-0.0545-1.33385.27540.06673.0437-0.02130.06820.01180.03130.11130.0630.1276-0.2195-0.04810.2423-0.0466-0.02960.19820.01190.18092.974645.22938.5232
49.20722.99576.64823.99883.22375.18560.39550.1343-1.2038-0.08450.139-0.23561.5453-0.3149-0.4370.5856-0.08880.01150.2608-0.05240.40379.005635.9224-2.7087
55.2075-0.6503-2.63172.33060.37535.7661-0.02890.40830.1228-0.41610.2290.5495-0.1099-0.843-0.07780.2221-0.0581-0.05310.33640.09070.3139-2.203548.8397-0.686
69.56743.76687.05914.18633.56997.41150.0591-0.97310.58020.2268-0.1219-0.1085-0.9107-0.48120.10830.4670.0601-0.02440.3403-0.09480.2819-29.057239.612613.5959
73.38030.42870.33593.22060.30742.81120.0396-0.1294-0.17040.18140.1329-0.0545-0.3082-0.1241-0.14270.25150.0309-0.01950.16690.00990.1924-32.974930.57614.6811
85.41881.77910.84254.79320.05973.0714-0.1003-0.25020.26790.2811-0.005-0.0688-0.11160.01070.02720.2971-0.0205-0.06510.1618-0.02220.2144-22.768931.838813.5909
91.4331-0.5141.36272.67480.84712.04230.0228-0.50990.03460.4661-0.13450.2706-0.1057-0.157-0.06570.3134-0.00730.00370.2145-0.02390.2051-24.351425.589415.1795
107.08924.81080.80657.0571.31682.4167-0.0922-0.27690.12120.085-0.03960.054-0.33290.18430.05040.2292-0.0389-0.05230.15320.00430.2005-14.937427.86167.83
111.49660.2875-0.04281.32330.52431.77210.0858-0.1348-0.0195-0.0519-0.1722-0.0972-0.2191-0.06090.04370.254-0.0058-0.02430.1549-0.00240.2177-24.643328.15033.4925
127.46310.9556-5.85590.2457-0.75634.6056-0.2792-0.1397-0.70420.0180.0150.00620.37630.06520.18880.2709-0.0181-0.00940.20460.01710.2765-34.978917.85614.4845
137.05552.26652.20772.08370.23442.048-0.0869-0.19690.15240.24740.12010.0051-0.2864-0.03240.05920.2910.0409-0.02040.2238-0.00660.185-27.740829.864614.6443
148.15921.08371.62642.4027-0.33263.0715-0.5277-1.1120.90280.63030.142-0.0941-1.0272-0.08520.23450.5378-0.009-0.08390.3503-0.11720.2793-23.164835.408320.4788
157.0242.7692.4912.02024.63488.9617-0.185-0.1291-0.16120.04220.00920.6225-0.1138-0.4899-0.04390.2981-0.01660.00220.29090.06340.295-40.47823.44357.6296
161.92830.1532-0.32825.1014-1.92193.34850.06790.293-0.2735-0.2748-0.1601-0.14160.16830.3110.16970.2282-0.01020.01830.2609-0.05350.2285-6.165510.5525-4.3537
174.26571.1127-1.30663.0984-0.48784.4194-0.1722-0.13980.11270.22570.1561-0.02050.04990.1995-0.01310.26820.0243-0.01810.15590.0120.2207-7.666910.96017.3763
182.9911-0.45070.11332.8963-0.19771.98570.0129-0.2704-0.09340.2452-0.0759-0.3024-0.09160.30310.04090.2223-0.0288-0.04710.17290.00920.2074-10.515618.74646.0987
190.9161-1.17820.00964.6844-2.3022.07890.06420.2289-0.2057-0.2095-0.08280.22510.00880.13310.02630.2308-0.0268-0.00640.1768-0.03370.2427-13.574813.7147-1.593
208.90730.7944-0.00623.7911-0.262.85460.30440.49170.7571-0.3004-0.3693-0.3933-0.53040.29070.0790.3202-0.02650.01320.34850.07830.2851-6.556925.7081-9.2112
214.12981.2051-3.74084.2349-2.79749.4103-0.2272-0.2046-0.15920.46540.2571-0.25340.29650.21740.12930.29770.0209-0.03850.24250.00790.2573-2.34111.62437.9401
222.1924-0.3023-0.4843.7776-2.06894.2067-0.10290.4250.1696-0.3017-0.032-0.48320.1160.28410.14020.2028-0.03210.00860.3340.03170.2967-0.326815.575-2.7921
233.3656-1.39483.28241.80290.15935.062-0.1226-0.6332-0.4660.10430.23250.51530.725-0.4184-0.05640.4414-0.1114-0.12070.32840.10620.3639-3.288521.836727.5846
243.77413.6583-2.21467.7792-2.10286.10640.2630.7157-0.6543-0.26350.3353-0.31770.03080.8201-0.45780.21720.0547-0.11220.3845-0.11730.378916.449334.331330.4419
258.2065.20160.85414.97431.56641.97630.19820.07490.0086-0.00810.10370.22050.750.21-0.37930.3991-0.0345-0.15340.24890.0250.28863.405824.397624.0458
264.82922.5052.08614.67761.33624.66130.2028-0.2922-0.32570.0190.0113-0.0372-0.0571-0.3202-0.05630.2359-0.0899-0.07370.22740.04080.212-5.346429.951522.9424
274.68911.39991.82762.5947-0.33593.2321-0.0229-0.0106-0.0124-0.04280.0464-0.1129-0.22930.0149-0.02940.2579-0.0783-0.05780.17270.0210.1691-0.919336.253817.3285
285.98714.78241.50185.47521.3424.9661-0.25750.43830.1779-0.5320.35340.0540.01940.5044-0.13670.2845-0.039-0.04420.2414-0.01720.21176.798732.356718.0748
291.46980.23120.990.23660.91993.14980.05330.1096-0.0853-0.13890.2057-0.05020.10020.3181-0.15450.2436-0.0373-0.04950.2377-0.02060.21785.912933.397225.4902
306.50982.33245.33793.16641.89388.91940.652-0.9293-0.63660.3024-0.44860.21520.5347-0.947-0.45580.329-0.1069-0.06530.39830.07460.2909-11.04127.891726.1771
317.90755.17520.92193.70550.09584.5714-0.1750.2832-0.1207-0.16740.347-0.1157-0.3430.4515-0.08080.2212-0.0038-0.05280.2822-0.08080.240712.086135.671934.4971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 27 )A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 38 )A28 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 81 )A39 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 82 through 89 )A82 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 90 through 116 )A90 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 7 )B1 - 7
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 8 through 27 )B8 - 27
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 28 through 39 )B28 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 52 )B40 - 52
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 53 through 59 )B53 - 59
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 60 through 81 )B60 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 82 through 89 )B82 - 89
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 90 through 98 )B90 - 98
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 99 through 109 )B99 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 110 through 116 )B110 - 116
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 27 )C1 - 27
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 28 through 38 )C28 - 38
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 39 through 63 )C39 - 63
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 64 through 81 )C64 - 81
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 82 through 89 )C82 - 89
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 90 through 103 )C90 - 103
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 104 through 116 )C104 - 116
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1 through 7 )D1 - 7
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 8 through 17 )D8 - 17
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 18 through 26 )D18 - 26
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 27 through 45 )D27 - 45
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 46 through 63 )D46 - 63
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 64 through 73 )D64 - 73
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 74 through 97 )D74 - 97
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 98 through 109 )D98 - 109
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 110 through 117 )D110 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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