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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dat | ||||||
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タイトル | ETS1 in complex with synthetic SRR mimic | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / ETS1 / transcription factor / complex / autoinhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding ...Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perez-Borrajero, C. / Okon, M. / Lin, C.S. / Scheu, K. / Murphy, M.E.P. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Biophysical Basis for Phosphorylation-Enhanced DNA-Binding Autoinhibition of the ETS1 Transcription Factor. 著者: Perez-Borrajero, C. / Lin, C.S. / Okon, M. / Scheu, K. / Graves, B.J. / Murphy, M.E.P. / McIntosh, L.P. #1: ![]() タイトル: Phaser crystallographic software 著者: McCoy, A.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 281.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16268.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2408.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: MES, PEG 3350, lithium sulfate / PH範囲: 8.5-9.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→39.19 Å / Num. obs: 37109 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 41.3150443825 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 1.898 / Num. unique all: 754 / Num. unique obs: 8714 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6DA1 解像度: 2.35002638783→39.1884261038 Å / SU ML: 0.331559828187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33390682013 / 位相誤差: 36.1255414302 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.9959072805 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35002638783→39.1884261038 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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