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万見
- PDB-6da7: Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6da7
タイトルCrystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway of Streptomyces griseochromogenes with apo form at 1.83 A resolution (I222)
要素UbiD-like decarboxylase
キーワードLYASE / TtnD / decarboxylase / tautomycetin biosynthesis / prFMN binding / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrrole-2-carboxylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Pyrrole-2-carboxylic acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Han, L. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Miller, M.D. / Soman, J. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM098248 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of TtnD, a Prenylated FMN-Dependent Decarboxylase from the Tautomycetin Biosynthetic Pathway.
著者: Annaval, T. / Han, L. / Rudolf, J.D. / Xie, G. / Yang, D. / Chang, C.Y. / Ma, M. / Crnovcic, I. / Miller, M.D. / Soman, J. / Xu, W. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.
履歴
登録2018年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,70222
ポリマ－54,7831
非ポリマー1,91921
水4,197233
1
A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子

A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子

A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子

A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,80988
ポリマ－219,1344
非ポリマー7,67684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area39180 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area60510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.352, 114.387, 194.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

GOL

21A-521-

UNL

31A-521-

UNL

41A-763-

HOH

51A-812-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UbiD-like decarboxylase / TtnD decarboxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway of Streptomyces griseochromogenes


分子量: 54783.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseochromogenes (バクテリア)
遺伝子: ttnD
Plasmid details: ttnD gene cloned in pCDFDuet-1 between EcoRI and HindIII sites
プラスミド: pBS13033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C6ZCR8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

-
非ポリマー , 5種, 254分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Colour: clear / マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40.0 v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH); 0.10 M HEPES, pH=7.0; 0.20 M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
Experiment crystal grow comp
ConcComp nameComp-IDCrystal-IDSol-ID
18.6 mg/mlprotein11macromolecule
10. mMTetraethylammonium hydroxide, TEAOH21macromolecule
20. mMNaCl31macromolecule
10. mMKCl41macromolecule
40.0 percent_volume_by_volumepentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)51precipitant
0.1 MHEPES61precipitant
0.2 Msodium thiocyanate71precipitant
Experiment crystal grow sol
Crystal-IDSol-IDpHVolume (Å3)
1macromolecule7.50.3 µL
1precipitant70.3 µL
1reservoir70.3 mL
Experiment crystal cryo treatmentCooling details: Direct immersion in liquid nitrogen.
Final solution details: 20% glycerol in precipitant solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→26.77 Å / Num. obs: 52018 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.858 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueΧ2% possible all
1.83-1.887.21.7680.42698237470.5340.6991.9031.7681.397.6
1.88-1.937.41.3640.62743236890.6390.5351.4661.3641.7100
1.93-1.987.40.9930.82675036090.7690.391.0670.9932.3100
1.98-2.047.40.7451.12600734950.8410.2920.8010.7453100
2.04-2.117.40.5861.32532534060.9040.230.630.5863.8100
2.11-2.197.50.461.72478533240.9290.180.4940.464.8100
2.19-2.277.40.3422.32354931610.9630.1340.3680.3426.3100
2.27-2.367.50.2692.92296830800.9750.1050.2890.2698100
2.36-2.477.50.2133.72193329420.9860.0840.2290.2139.9100
2.47-2.597.50.1714.62105228200.9890.0670.1840.17112.1100
2.59-2.737.40.1365.82000226870.9930.0530.1460.13614.9100
2.73-2.897.40.1047.51900225520.9960.0410.1120.10418.8100
2.89-3.097.40.07410.51779623990.9980.0290.0790.07425.4100
3.09-3.347.40.05414.21647222250.9990.0210.0580.05434100
3.34-3.667.40.03719.61537220840.9990.0150.040.03746.1100
3.66-4.097.30.02824.613782189310.0110.030.02860.1100
4.09-4.727.30.02131.112177167610.0080.0230.02172.7100
4.72-5.787.20.02132.210364144410.0080.0220.02170.5100
5.78-8.1870.0233.17875112710.0080.0210.0272.4100
8.18-47.66.30.01636.4415665810.0070.0170.01683.898.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.25 Å47.6 Å
Translation7.25 Å47.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DA6

6da6


解像度: 1.83→26.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
詳細: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. HEPES FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER IS BOUND ...詳細: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. HEPES FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER IS BOUND IN THE pr-FMN BINDING SITE. 4. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) IS MODELED. THERE ARE 2 UNL'S BOUND IN THE TETRAMER. THE SHAPE LOOKS LIKE BENZOATE OR NIACIN. THE SITE IS ON A CRYSTALLOGRPAHIC TWO-FOLD AXIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1999 3.84 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.19 52003 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 166.49 Å2 / Biso mean: 44.26 Å2 / Biso min: 14.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7263 Å20 Å20 Å2
2---4.0143 Å20 Å2
3---4.7407 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→26.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3553 0 133 237 3923
Biso mean--60.64 53.33 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1693SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1171HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7646HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion489SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8303SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7646HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13849HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.63
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 144 3.84 %
Rwork0.3397 3602 -
all0.341 3746 -
obs--98.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52780.26050.42930.31580.4861.68450.0035-0.404-0.05220.29780.065-0.04720.05650.0523-0.0686-0.02860.0181-0.0070.1227-0.1021-0.13247.979218.413441.5785
20.76480.20170.43740.60930.36530.8399-0.0585-0.07230.10830.03620.05090.0212-0.27340.03370.00760.0143-0.0113-0.00560.0392-0.1229-0.06628.356730.622229.7647
30.317-0.02630.05880.31560.09370.9787-0.0485-0.09730.0354-0.01720.04150.0236-0.1138-0.04830.007-0.0620.0222-0.00330.0788-0.0178-0.0289-4.880610.460813.5367
42.3222-1.61191.56591.4414-2.72181.376-0.09070.16430.25270.33660.14620.33920.03060.022-0.0554-0.11380.08510.11320.14360.0891-0.0332-20.9084-6.04133.9157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|44 }A0 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|45 - A|309 }A45 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|310 - A|460 }A310 - 460
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|461 - A|485 }A461 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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