PDB-6da6: Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6da6

タイトル

Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway of Streptomyces griseochromogenes, apo form at 2.6 A resolution (P212121)

要素

UbiD-like decarboxylase

キーワード

LYASE / TtnD / decarboxylase / tautomycetin biosynthesis / prFMN binding / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrrole-2-carboxylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces griseochromogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Han, L. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Miller, M.D. / Soman, J. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of TtnD, a Prenylated FMN-Dependent Decarboxylase from the Tautomycetin Biosynthetic Pathway.
著者: Annaval, T. / Han, L. / Rudolf, J.D. / Xie, G. / Yang, D. / Chang, C.Y. / Ma, M. / Crnovcic, I. / Miller, M.D. / Soman, J. / Xu, W. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B.

履歴

登録	2018年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6da6.cif.gz	723.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6da6.ent.gz	598.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6da6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6da6_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6da6_full_validation.pdf.gz	506.1 KB	表示
XML形式データ	6da6_validation.xml.gz	63.3 KB	表示
CIF形式データ	6da6_validation.cif.gz	87.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6da6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/6da6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6da7C 6da9C 4wisS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6da9-1 6da7-1 2fdv-d 2fdw-d 2fdy-d 1t5o-d 2pg5-d 3t3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NatPro-GO.121069 TargetTrack: MCSG-APC109476

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UbiD-like decarboxylase

B: UbiD-like decarboxylase

C: UbiD-like decarboxylase

D: UbiD-like decarboxylase

ヘテロ分子

221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, GEL FILTRATION SUPPORTS THE ASSIGNEMNT OF A TETRAMER AS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY.

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.215, 137.117, 284.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	UbiD-like decarboxylase / TtnD decarboxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway of Streptomyces griseochromogenes 分子量: 54783.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseochromogenes (バクテリア) 遺伝子: ttnD Plasmid details: ttnD gene cloned in pCDFDuet-1 between EcoRI and HindIII sites プラスミド: pBS13033 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C6ZCR8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

Colour: clear / マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40.0 v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH); 0.10 M HEPES, pH=7.0; 0.20 M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

Experiment crystal grow comp

Conc	Comp name	Comp-ID	Crystal-ID	Sol-ID
18.6 mg/ml	protein	1	1	macromolecule
10. mM	Tetraethylammonium hydroxide, TEAOH	2	1	macromolecule
20. mM	NaCl	3	1	macromolecule
10. mM	KCl	4	1	macromolecule
10.0 %(w/v)	PEG 4000	5	1	precipitant
0.062 M	MES	6	1	precipitant
0.038 M	imidazole	7	1	precipitant
0.030 M	calcium chloride	8	1	precipitant
0.030 M	magnesium chloride	9	1	precipitant
20. percent_volume_by_volume	glycerol	10	1	precipitant

Experiment crystal grow sol

Crystal-ID	Sol-ID	pH	Volume (Å³)
1	macromolecule	7.5	0.3 µL
1	precipitant	6.5	0.3 µL
1	reservoir	6.5	0.3 mL

Experiment crystal cryo treatment

Cooling details: Direct immersion in liquid nitrogen.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.59→48.87 Å / Num. obs: 65796 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 65.14 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.162 / Χ²: 0.967 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 512250

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.59-2.66	7.6	1.314	0.6	35564	4706	0.579	0.504	1.409	1.314	1.7	96.9
2.66-2.73	8	1.158	0.7	36881	4632	0.683	0.436	1.238	1.158	2	100
2.73-2.81	7.9	0.947	0.8	36354	4578	0.754	0.358	1.013	0.947	2.5	100
2.81-2.9	8	0.752	1	34924	4390	0.823	0.284	0.804	0.752	3.2	100
2.9-2.99	7.9	0.614	1.2	34453	4341	0.889	0.231	0.656	0.614	4	100
2.99-3.1	7.9	0.496	1.5	32939	4145	0.917	0.187	0.531	0.496	5	100
3.1-3.22	7.9	0.407	1.8	31701	4001	0.945	0.153	0.436	0.407	6.1	100
3.22-3.35	7.9	0.304	2.4	30903	3917	0.963	0.115	0.325	0.304	8.2	100
3.35-3.5	7.9	0.226	3.2	29181	3685	0.98	0.085	0.241	0.226	11	100
3.5-3.67	7.9	0.172	4.1	27993	3552	0.987	0.065	0.184	0.172	14	100
3.67-3.86	7.8	0.13	5.5	26851	3429	0.993	0.049	0.139	0.13	17.9	100
3.86-4.1	7.8	0.099	7.2	25329	3253	0.996	0.038	0.106	0.099	22.4	100
4.1-4.38	7.8	0.078	9.1	23479	3023	0.997	0.03	0.084	0.078	27	100
4.38-4.73	7.7	0.065	10.9	21804	2834	0.998	0.025	0.069	0.065	31.2	100
4.73-5.18	7.7	0.062	11.5	20227	2621	0.998	0.024	0.067	0.062	30	100
5.18-5.8	7.7	0.064	11.3	18485	2403	0.998	0.025	0.069	0.064	27.8	100
5.8-6.69	7.6	0.053	13.6	16360	2161	0.998	0.021	0.057	0.053	30.7	100
6.69-8.2	7.4	0.04	17.8	13437	1807	0.999	0.015	0.042	0.04	38.3	100
8.2-11.59	7.1	0.026	24.3	10329	1462	0.999	0.011	0.029	0.026	51.7	100
11.59-48.87	5.9	0.027	21.5	5085	856	0.999	0.011	0.029	0.027	42.1	98.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	48.87 Å
Translation	3 Å	48.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIS

4wis

解像度: 2.59→26.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.696 / SU R_free Blow DPI: 0.272
詳細: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. LSSR TARGET RESTRAINTS TO THE HIGHER ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.227	1998	3.04 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.196	65644	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 263.34 Å² / B_iso mean: 71.61 Å² / B_iso min: 19.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.252 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.8759 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3761 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.59→26.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14205	0	117	233	14555
B_iso mean	-	-	69.39	46.66	-
残基数	-	-	-	-	1852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	6226	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	4495	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	28976	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1918	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	30711	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	28976	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	52581	HARMONIC	2	1.06
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.55
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				14.46

LS精密化シェル

解像度: 2.59→2.66 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	142	3.02 %
R_work	0.2143	4556	-
all	0.215	4698	-
obs	-	-	96.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0293	-0.1237	0.4031	0.5435	-1.0167	0.3709	0.0463	0.0584	-0.0742	0.1072	-0.0145	0.0523	0.1662	0.0842	-0.0318	-0.0676	0.0373	-0.0171	-0.0493	0.0251	0.0256	-3.689	-18.4275	79.2574
2	0.4702	0.1368	-0.0055	0.0886	-0.0372	0.464	0.1557	0.0275	0.1009	0.0934	-0.0732	-0.0678	0.0391	-0.0574	-0.0825	-0.0762	0.0017	0.0046	-0.0733	0.0178	0.0659	-4.6913	-1.717	80.0629
3	0.3245	-0.1189	0.2335	0.3884	0.04	0.4892	-0.0418	-0.0303	-0.054	0.0272	0.046	0.0252	-0.0506	-0.0258	-0.0042	-0.1328	-0.0309	0.0102	0.0081	0.0491	0.0402	-19.9985	-6.191	55.0056
4	1.629	1.1613	-0.0809	3.2324	-2.8656	0	-0.0823	0.0032	-0.1632	-0.035	-0.1286	0.3144	-0.0835	0.0182	0.2108	-0.291	0.0007	0.1245	-0.1222	0.1821	0.3521	-32.8748	-33.5105	57.9777
5	1.3229	-1.8067	0.0095	0.0737	-0.291	0.4894	0.3574	0.2416	0.033	-0.2556	-0.5418	-0.0596	-0.214	-0.1012	0.1844	-0.0704	-0.0044	-0.0086	0.0732	0.1065	-0.1261	-30.9554	38.8276	24.2112
6	0.46	-0.6386	-0.4243	0.6395	0.4709	0.2345	-0.0223	0.0788	0.0325	0.0843	-0.051	-0.0448	-0.0827	-0.0114	0.0733	-0.029	-0.0431	-0.023	-0.0393	0.01	-0.0313	-30.3972	38.097	40.9746
7	0	-0.0843	0.1547	0.2877	0.092	0.3294	-0.0164	-0.0392	-0.0658	-0.0331	0.01	-0.0345	-0.1108	-0.0006	0.0064	-0.0865	-0.0691	0.0147	0.0324	0.0356	-0.012	-13.6095	14.7506	35.1675
8	2.2643	4.7431	1.7849	0	-2.8498	3.7719	-0.2898	-0.384	-0.0984	-0.4234	0.2701	0.1398	-0.0312	0.6761	0.0197	-0.0929	-0.304	0.0977	0.2258	0.0993	-0.2443	-0.4142	19.4819	8.0615
9	0	-0.0446	1.2577	0	-1.7581	0.2841	0.0868	-0.4404	-0.4657	-0.0397	0.0163	0.3788	-0.0863	0.2607	-0.1031	-0.2975	0.0019	0.1452	-0.2682	0.201	0.5241	-19.1227	-46.1916	52.894
10	0.4019	-0.5793	-0.1003	0.3829	0.1505	0	0.2213	0.079	-0.6076	-0.0093	-0.3117	0.1925	-0.2363	0.1877	0.0904	-0.2189	0.1057	-0.0177	-0.2257	-0.2093	0.4391	-21.3516	-46.0841	36.3507
11	0.2073	-0.1838	-0.2779	0.3075	-0.4536	0.1328	-0.0284	0.0187	-0.0563	-0.0402	-0.0098	-0.0018	0.0222	0.0185	0.0382	-0.1339	-0.0298	0.0339	0.0018	0.0048	0.0711	-9.4459	-19.4902	39.1018
12	1.4622	-1.0684	1.8501	0.5632	-2.8548	5.9629	-0.2617	0.3359	0.18	0.0727	0.298	-0.0449	0.3	0.5644	-0.0363	-0.1973	0.222	0.0209	0.0944	0.0835	0.0295	8.7262	-20.2371	64.194
13	0.7925	2.072	-2.7688	0	-2.8017	0.0947	-0.2617	0.3335	0.3417	-0.0333	0.7062	0.3633	-0.2964	0.3948	-0.4445	-0.1319	-0.304	-0.0957	0.4116	0.2247	-0.3165	-13.2235	15.1192	-4.9872
14	0	1.3619	1.6414	0	1.3933	0.9359	-0.2723	1.0256	-0.3949	0.3256	0.8162	0.1559	-0.2337	0.4944	-0.5439	-0.2094	-0.304	-0.0641	0.5405	-0.304	-0.2102	-11.2241	-1.8721	-5.767
15	0.0881	0.2943	0.2513	0.2819	-0.0658	0.4004	-0.0673	0.0404	-0.0317	-0.0677	0.0712	-0.0137	0.0194	-0.0599	-0.0039	-0.118	-0.0836	0.0214	0.0686	0.0014	-0.0194	-23.4038	-0.7753	20.9238
16	2.3698	-0.6959	-0.5244	4.1304	-2.9558	0	-0.0849	0.3058	-0.411	0.0586	-0.4487	0.1429	-0.2435	-0.118	0.5336	-0.164	-0.0001	-0.1132	0.19	-0.1989	-0.1173	-42.3203	23.231	21.0101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|0 - A\|44 }	A	0 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|45 - A\|309 }	A	45 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|310 - A\|461 }	A	310 - 461
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|462 - A\|485 }	A	462 - 485
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|0 - B\|44 }	B	0 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|45 - B\|309 }	B	45 - 309
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|310 - B\|461 }	B	310 - 461
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|462 - B\|485 }	B	462 - 485
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|0 - C\|44 }	C	0 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ C\|45 - C\|309 }	C	45 - 309
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ C\|310 - C\|461 }	C	310 - 461
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ C\|462 - C\|485 }	C	462 - 485
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ D\|2 - D\|44 }	D	2 - 44
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ D\|45 - D\|309 }	D	45 - 309
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ D\|310 - D\|461 }	D	310 - 461
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ D\|462 - D\|485 }	D	462 - 485

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)